mussa_gui_conn_window.cc

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "mussa_gui_conn_window.hh"
  12
  13 #include <iostream>
  14 using namespace std;
  15
  16 void
  17 load_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  18 {
  19   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
  20   T->real_load_ana_cb();
  21 }
  22
  23
  24 void
  25 ConnWindow::real_load_ana_cb()
  26 {
  27   char *picked_file;
  28   string a_file_path;
  29   string err_msg;
  30
  31   cout << "Load!  Load!  Load, ye yellow-bellied seadogs!\n";
  32   //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  33   picked_file = fl_dir_chooser("Find an Analysis", "", 1);
  34   if (picked_file != NULL)
  35   {
  36     a_file_path = picked_file;
  37     cout << "doo wah diddy diddy dum diddy doo\n";
  38     cout << a_file_path << endl;
  39
  40     // load the analysis
  41     an_analysis = new Mussa();
  42     err_msg = an_analysis->load(a_file_path);
  43     //.substr(0,a_file_path.find(".mu")));
  44
  45     if (err_msg == "")
  46     {
  47       // relabel window with the analysis name
  48       window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
  49       label((const char*)window_name.c_str());
  50       // show the user the analysis
  51       conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
  52                       an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
  53                       &(an_analysis->the_paths));
  54       conn_box->scale_paths();
  55     }
  56     else
  57     {
  58       fl_alert(err_msg.c_str());
  59       cout << err_msg << endl;
  60     }
  61   }
  62 }
  63
  64
  65 void
  66 do_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  67 {
  68   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
  69   T->real_do_ana_cb();
  70 }
  71
  72
  73 void
  74 ConnWindow::real_do_ana_cb()
  75 {
  76   char *picked_file;
  77   string a_file_path;
  78   string err_msg;
  79
  80   picked_file = fl_file_chooser("Analysis Config File", "", "", 1);
  81   if (picked_file != NULL)
  82   {
  83     a_file_path = picked_file;
  84
  85     an_analysis = new Mussa();
  86     err_msg = an_analysis->load_mupa_file(a_file_path);
  87
  88     if (err_msg == "")
  89     {
  90       err_msg = an_analysis->analyze(0, 0, 't', 0.0);
  91     }
  92
  93     if (err_msg == "")
  94     {
  95       // relabel window with the analysis name
  96       window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
  97       label((const char*)window_name.c_str());
  98       // show the user the analysis
  99       conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
 100                       an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
 101                       &(an_analysis->the_paths));
 102       conn_box->scale_paths();
 103     }
 104     else
 105     {
 106       fl_alert(err_msg.c_str());
 107       cout << err_msg;
 108     }
 109   }
 110 }
 111
 112
 113 void
 114 setup_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
 115 {
 116   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 117   T->real_setup_ana_cb();
 118 }
 119
 120 void
 121 ConnWindow::real_setup_ana_cb()
 122 {
 123   an_analysis = new Mussa();
 124   setup_win = new SetupWindow(650,700,"Analysis Setup", an_analysis);
 125
 126   while(setup_win->visible())
 127     Fl::wait(.1);
 128   cout << "Like a warm summer day\n";
 129
 130   if (setup_win->done())
 131   {
 132     // relabel window with the analysis name
 133     window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
 134     label((const char*)window_name.c_str());
 135     // is it this easy?  what if setup window encounters an error...??
 136     conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
 137                     an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
 138                     &(an_analysis->the_paths));
 139
 140     conn_box->scale_paths();
 141   }
 142 }
 143
 144
 145 void
 146 subana_cb(Fl_Button* o, void* v)
 147 {
 148   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 149   T->real_subana_cb();
 150 }
 151
 152 void
 153 ConnWindow::real_subana_cb()
 154 {
 155   string subana_name;
 156
 157   sub_analysis = new Mussa();
 158   subana_win = new SubanaWindow(500,400,"Sub Analysis Setup", sub_analysis,
 159                                 an_analysis->the_Seqs);
 160
 161   while(subana_win->visible())
 162     Fl::wait(.1);
 163   cout << "Like a warm summer day\n";
 164
 165   if (subana_win->done())
 166   {
 167     subana_name = "SubMussa: " + sub_analysis->ana_name;
 168     sub_conn_win = new ConnWindow(w(), h(), (const char*) subana_name.c_str());
 169     cout << "Like a warm day in may\n";
 170     sub_conn_win->add_ana(sub_analysis);
 171     //Fl::visual(FL_DOUBLE|FL_INDEX);
 172     //sub_conn_box->show();
 173   }
 174 }
 175
 176
 177 void
 178 seq_show_cb(Fl_Button* o, void* v)
 179 {
 180   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 181   T->real_seq_show_cb();
 182 }
 183
 184 void
 185 ConnWindow::real_seq_show_cb()
 186 {
 187   show_seq_win = new SeqTextWin(500,400,"Seq Show", an_analysis->the_Seqs);
 188 }
 189
 190 void
 191 seq_win_spawn_cb(Fl_Button* o, void* v)
 192 {
 193   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 194   T->real_seq_win_spawn_cb();
 195 }
 196
 197 void
 198 ConnWindow::real_seq_win_spawn_cb()
 199 {
 200   conn_box->spawnSeq();
 201 }
 202
 203 void
 204 motif_find_cb(Fl_Button* o, void* v)
 205 {
 206   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 207   T->real_motif_find_cb();
 208 }
 209
 210 void
 211 ConnWindow::real_motif_find_cb()
 212 {
 213   conn_box->find_motifs();
 214 }
 215
 216 void
 217 annot_win_cb(Fl_Button* o, void* v)
 218 {
 219   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 220   T->real_annot_win_cb();
 221 }
 222
 223 void
 224 ConnWindow::real_annot_win_cb()
 225 {
 226   conn_box->annot_win();
 227 }
 228
 229
 230 // all the crap needed for dealing with the scale bars
 231 void
 232 toggle_scale_bars_cb(Fl_Button* o, void* v)
 233 {
 234   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 235   T->real_toggle_bars_cb();
 236 }
 237
 238 void
 239 ConnWindow::real_toggle_bars_cb()
 240 {
 241   conn_box->toggle_bars();
 242 }
 243
 244 void
 245 set_bar_len_cb(Fl_Input* o, void* v)
 246 {
 247   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 248   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 249   T->real_set_bar_len_cb(o);
 250 }
 251
 252 void
 253 ConnWindow::real_set_bar_len_cb(Fl_Input* o)
 254 {
 255   int new_bar_len;
 256
 257   new_bar_len = atoi(o->value());
 258   cout << "new bar len = " << new_bar_len << endl;
 259   conn_box->set_bar_interval(new_bar_len);
 260 }
 261
 262
 263 // all the crap needed for dealing with the scale lines
 264 void
 265 toggle_scale_lines_cb(Fl_Button* o, void* v)
 266 {
 267   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 268   T->real_toggle_lines_cb();
 269 }
 270
 271 void
 272 ConnWindow::real_toggle_lines_cb()
 273 {
 274   conn_box->toggle_lines();
 275 }
 276
 277 void
 278 set_line_len_cb(Fl_Input* o, void* v)
 279 {
 280   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 281   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 282   T->real_set_line_len_cb(o);
 283 }
 284
 285 void
 286 ConnWindow::real_set_line_len_cb(Fl_Input* o)
 287 {
 288   int new_line_len;
 289
 290   new_line_len = atoi(o->value());
 291   cout << "new line len = " << new_line_len << endl;
 292   conn_box->set_line_interval(new_line_len);
 293 }
 294
 295
 296 // setting new soft threshold
 297
 298 void
 299 set_soft_thres_cb(Fl_Input* o, void* v)
 300 {
 301   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 302   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 303   T->real_set_soft_thres_cb(o);
 304 }
 305
 306 void
 307 ConnWindow::real_set_soft_thres_cb(Fl_Input* o)
 308 {
 309   int new_soft_thres;
 310
 311   new_soft_thres = atoi(o->value());
 312   cout << "new soft thres = " << new_soft_thres << endl;
 313
 314   an_analysis->set_soft_thres(new_soft_thres);
 315   an_analysis->set_ana_mode('t');
 316   an_analysis->nway();
 317   conn_box->scale_paths();
 318   conn_box->redraw();
 319
 320   // hacked in stuff to save muway files at different thresholds
 321   string save_path;
 322   ostringstream append_info;
 323
 324   save_path = an_analysis->ana_name + "/"
 325     + an_analysis->ana_name.substr(0,an_analysis->ana_name.find("_t"));
 326   append_info.str("");
 327   append_info << "_t" << new_soft_thres << ".muway";
 328   //<<  "_w" << an_analysis->window
 329   save_path += append_info.str();
 330   cout << "saving as: " << save_path << endl;
 331   an_analysis->save_muway(save_path);
 332 }
 333
 334
 335
 336
 337 ConnWindow::ConnWindow(int w, int h, const char* title):
 338   Fl_Double_Window(w,h,title)
 339 {
 340   int button_len = 120;
 341   Fl_Color a_color = fl_rgb_color(150, 200, 255);
 342
 343   padding = 5;
 344
 345   begin();
 346   //fl_color(150,200,255);
 347   color(FL_WHITE);
 348   resizable(this);
 349
 350
 351   // create file menu button
 352   file_menu = new Fl_Menu_Button(padding, 2, button_len, 30, "Analysis");
 353   file_menu->color(FL_WHITE,a_color);
 354   file_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 355   file_menu->clear();
 356
 357   // add menu items
 358   file_menu->add("Do Analysis", 0, (Fl_Callback *) do_ana_cb, this);
 359   file_menu->add("Load Analysis", 0, (Fl_Callback *) load_ana_cb, this);
 360   file_menu->add("Setup Analysis", 0, (Fl_Callback *) setup_ana_cb, this);
 361   file_menu->add("Sub Analysis", 0, (Fl_Callback *) subana_cb, this);
 362
 363
 364   view_menu = new Fl_Menu_Button(padding+button_len,2, button_len, 30, "View");
 365   view_menu->color(FL_WHITE,a_color);
 366   view_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 367   view_menu->clear();
 368   view_menu->add("Sequence Zoom", 0, (Fl_Callback*) seq_win_spawn_cb, this);
 369   view_menu->add("Motif Finder", 0, (Fl_Callback*) motif_find_cb, this);
 370   view_menu->add("Annotations", 0, (Fl_Callback*) annot_win_cb, this);
 371   view_menu->add("Copy Seq", 0, (Fl_Callback*) seq_show_cb, this);
 372   view_menu->add("Toggle Bars", 0, (Fl_Callback*) toggle_scale_bars_cb, this,
 373                  FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 374   view_menu->add("Toggle Lines", 0, (Fl_Callback*) toggle_scale_lines_cb, this,
 375                  FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 376
 377   bar_input = new Fl_Input(padding+3*button_len, 2, button_len, 30, "Bar Length (bp)");
 378   bar_input->value("");
 379   bar_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 380   bar_input->callback((Fl_Callback*)set_bar_len_cb, this);
 381
 382   line_input = new Fl_Input(padding+5*button_len, 2, button_len, 30, "Line Interval (bp)");
 383   line_input->value("");
 384   line_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 385   line_input->callback((Fl_Callback*)set_line_len_cb, this);
 386
 387
 388   thres_input = new Fl_Input(padding+7*button_len, 2, button_len, 30, "Threshold");
 389   thres_input->value("");
 390   thres_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 391   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_soft_thres_cb, this);
 392
 393
 394   // create the connections box
 395   conn_box = new ConnView(padding, padding + 30, w-2*padding, h-2*padding-30);
 396   //conn_box = new ConnView(padding, padding, w-2*padding, h-2*padding);
 397
 398   end();
 399   show();
 400 }
 401
 402
 403 ConnWindow::~ConnWindow()
 404 {}
 405
 406
 407 void
 408 ConnWindow::add_ana(Mussa *the_ana)
 409 {
 410   an_analysis = the_ana;
 411
 412   // relabel window with the analysis name
 413   window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
 414   label((const char*)window_name.c_str());
 415
 416   conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
 417                   an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
 418                   &(an_analysis->the_paths));
 419   conn_box->scale_paths();
 420 }