mussa_gui_load_window.cc

   1 #include "mussa_gui_load_window.hh"
   2
   3 bool
   4 SetupWindow::done()
   5 {
   6   return all_done;
   7 }
   8
   9
  10 void
  11 do_analysis_cb(Fl_Button* o, void* v)
  12 {
  13   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
  14   T->real_do_analysis();
  15 }
  16
  17
  18 // passes the parameters to the mussa class object and orders it to run
  19 void
  20 SetupWindow::real_do_analysis()
  21 {
  22   int i;
  23   string err_msg;
  24
  25   // <-- need a check here to make sure all vars have a valid value
  26
  27   an_analysis->clear();
  28   an_analysis->set_name(ana_name);
  29   an_analysis->set_seq_num(seq_num);
  30   an_analysis->set_window(window);
  31   an_analysis->set_threshold(threshold);
  32
  33   for(i=0; i < seq_num; i++)
  34     an_analysis->set_seq_info(seq_files[i], annot_files[i], fasta_indices[i],
  35                               sub_seq_starts[i], sub_seq_ends[i]);
  36
  37   err_msg = an_analysis->analyze(0,0, 't', 0.0);
  38   //cout << "Feel the tribal beat\n";
  39   if (!(err_msg == ""))
  40   {
  41     //fl_alert(err_msg.c_str());
  42     cout << err_msg;
  43   }
  44
  45   all_done = true;
  46
  47   hide();
  48 }
  49
  50
  51 void
  52 choose_seq_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
  53 {
  54   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  55   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  56   T->real_choose_seq_file_cb(blah->index);
  57 }
  58
  59
  60 void
  61 SetupWindow::real_choose_seq_file_cb(int i)
  62 {
  63   char *picked_file;
  64   string a_file_path;
  65
  66   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  67   a_file_path = picked_file;
  68   seq_files[i] = a_file_path;
  69   seq_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
  70 }
  71
  72
  73 void
  74 seq_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
  75 {
  76   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  77   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  78   T->real_seq_file_in_cb(o,blah->index);
  79 }
  80
  81
  82 void
  83 SetupWindow::real_seq_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  84 {
  85   seq_files[i] = o->value();
  86   // leaving this as a reminder that bools will need to be set to determine
  87   // if all needed fields have been filled with some value before an analysis
  88   // is attempted
  89   //(*the_motifs)[i].dirty = true;
  90 }
  91
  92 //char *picked_file;
  93 //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  94
  95 // *** Annot file selection
  96
  97 void
  98 choose_annot_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
  99 {
 100   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 101   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 102   T->real_choose_annot_file_cb(blah->index);
 103 }
 104
 105
 106 void
 107 SetupWindow::real_choose_annot_file_cb(int i)
 108 {
 109   char *picked_file;
 110   string a_file_path;
 111
 112   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 113   a_file_path = picked_file;
 114   annot_files[i] = a_file_path;
 115   annot_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
 116 }
 117
 118 void
 119 annot_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 120 {
 121   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 122   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 123   T->real_annot_file_in_cb(o,blah->index);
 124 }
 125
 126 void
 127 SetupWindow::real_annot_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 128 {
 129   annot_files[i] = o->value();
 130 }
 131
 132
 133 // *** fasta index selection
 134
 135 void
 136 fa_index_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 137 {
 138   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 139   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 140   T->real_fa_index_in_cb(o,blah->index);
 141 }
 142
 143 void
 144 SetupWindow::real_fa_index_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 145 {
 146   fasta_indices[i] = atoi(o->value());
 147 }
 148
 149 // *** subsequence start select
 150
 151 void
 152 sub_start_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 153 {
 154   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 155   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 156   T->real_sub_start_in_cb(o,blah->index);
 157 }
 158
 159 void
 160 SetupWindow::real_sub_start_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 161 {
 162   sub_seq_starts[i] = atoi(o->value());
 163 }
 164
 165 // *** subsequence end select
 166
 167 void
 168 sub_end_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 169 {
 170   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 171   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 172   T->real_sub_end_in_cb(o,blah->index);
 173 }
 174
 175 void
 176 SetupWindow::real_sub_end_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 177 {
 178   sub_seq_ends[i] = atoi(o->value());
 179
 180 }
 181
 182 // *** input analysis name
 183
 184 void
 185 set_ana_name_cb(Fl_Input* o, void* v)
 186 {
 187   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 188   T->real_set_ana_name_cb(o);
 189 }
 190
 191 void
 192 SetupWindow::real_set_ana_name_cb(Fl_Input* o)
 193 {
 194   ana_name = o->value();
 195 }
 196
 197 // *** input window size
 198
 199 void
 200 set_win_size_cb(Fl_Input* o, void* v)
 201 {
 202   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 203   T->real_set_win_size_cb(o);
 204 }
 205
 206 void
 207 SetupWindow::real_set_win_size_cb(Fl_Input* o)
 208 {
 209   window = atoi(o->value());
 210 }
 211
 212 // *** input threshold
 213
 214 void
 215 set_threshold_cb(Fl_Input* o, void* v)
 216 {
 217   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 218   T->real_set_threshold_cb(o);
 219 }
 220
 221 void
 222 SetupWindow::real_set_threshold_cb(Fl_Input* o)
 223 {
 224   threshold = atoi(o->value());
 225 }
 226
 227 void
 228 set_seq_num_cb(Fl_Input* o, void* v)
 229 {
 230   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 231   T->real_set_seq_num_cb(o);
 232 }
 233
 234 // *** input number of sequences, add appropriate inputs for each sequence
 235
 236 void
 237 SetupWindow::real_set_seq_num_cb(Fl_Input* o)
 238 {
 239   int i;
 240
 241   seq_num = atoi(o->value());
 242   seq_inputs.clear();
 243   annot_inputs.clear();
 244
 245   seq_scroll = new Fl_Scroll(5,80,w()-10,h()-115);
 246   seq_scroll->color(FL_WHITE);
 247
 248   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 249   {
 250     seq_files.push_back("");
 251     annot_files.push_back("");
 252     fasta_indices.push_back(1);
 253     sub_seq_starts.push_back(0);
 254     sub_seq_ends.push_back(0);
 255     add_seq_input(i);
 256   }
 257   seq_scroll->box(FL_DOWN_FRAME);
 258   add(seq_scroll);
 259   redraw();
 260 }
 261
 262
 263 SetupWindow::SetupWindow(int w, int h, const char* title, Mussa *the_analysis):Fl_Window(w,h,title)
 264 {
 265   color(FL_WHITE);
 266
 267   an_analysis = the_analysis;
 268   all_done = false;
 269
 270   begin();
 271
 272   name_input = new Fl_Input(110, 10, w-120, 30, "Analysis Name ");
 273   name_input->value("");
 274   //name_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 275   name_input->box(FL_BORDER_BOX);
 276   name_input->callback((Fl_Callback*)set_ana_name_cb, this);
 277
 278   // add in radio buttons for win_append and thres_append eventually
 279   win_append = true;
 280   thres_append = true;
 281
 282   win_input = new Fl_Input(65,45,100,30, "Window ");
 283   win_input->value("");
 284   win_input->callback((Fl_Callback*)set_win_size_cb, this);
 285
 286   thres_input = new Fl_Input(250,45,100,30, "Threshold ");
 287   thres_input->value("");
 288   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_threshold_cb, this);
 289
 290   seq_num_input = new Fl_Input(430,45,100, 30, "Seq Num ");
 291   seq_num_input->value("");
 292   seq_num_input->callback((Fl_Callback*)set_seq_num_cb, this);
 293
 294   // button to launch the analysis
 295   test = new Fl_Button(w-100,h-30,100,30,"Do Analysis");
 296   test->callback((Fl_Callback*)do_analysis_cb, this);
 297
 298   // test button to make sure setup data is being stored
 299   test = new Fl_Button(w-200,h-30,100,30,"show setup");
 300   test->callback((Fl_Callback*)print_cb, this);
 301
 302   // generic input, keeping around as template for future additions
 303   //_input = new Fl_Input(0, , 30, "");
 304   //_input->value("");
 305   //_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 306   //_input->callback((Fl_Callback*)set__cb, this);
 307
 308   end();
 309   //resizable(this);
 310   show();
 311 }
 312
 313
 314 SetupWindow::~SetupWindow(){}
 315
 316
 317 void
 318 SetupWindow::add_seq_input(int i)
 319 {
 320   Fl_Input *fasta_input, *start_input, *end_input;
 321   Fl_Button *seq_browse, *annot_browse;
 322
 323
 324   // this remembers what seq index each input is associated with
 325   seq_data_instance * something;
 326   something = new seq_data_instance;
 327   something->sw_ptr = this;
 328   something->index = i;
 329
 330
 331   // setup sequence file input for text input or file browsing
 332   seq_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 85+(i*105), w()-165, 30, "seq "));
 333   seq_inputs[i]->value("");
 334   seq_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)seq_file_in_cb, (void*) something);
 335
 336   seq_browse = new Fl_Button(w()-105, 85+(i*105), 80, 30, "Browse");
 337   seq_browse->callback((Fl_Callback*)choose_seq_file_cb, (void*) something);
 338
 339   // setup annotation file input for text input or file browsing
 340   annot_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 120+(i*105), w()-165, 30, "annot "));
 341   annot_inputs[i]->value("");
 342   annot_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)annot_file_in_cb,(void*)something);
 343
 344   annot_browse = new Fl_Button(w()-105, 120+(i*105), 80, 30, "Browse");
 345   annot_browse->callback((Fl_Callback*)choose_annot_file_cb, (void*)something);
 346
 347   // index of fasta seq wanted if more than 1 seq in file
 348   fasta_input = new Fl_Input(90, 155+(i*105), 50, 30, "fasta index");
 349   fasta_input->value("");
 350   fasta_input->callback((Fl_Callback*)fa_index_in_cb, (void*) something);
 351
 352   // subsequence select, index of first bp wanted
 353   start_input = new Fl_Input(225, 155+(i*105), 50, 30, "start index");
 354   start_input->value("");
 355   start_input->callback((Fl_Callback*)sub_start_in_cb, (void*) something);
 356
 357   // subsequence select, index of last bp wanted
 358   end_input = new Fl_Input(355, 155+(i*105), 50, 30, "end index");
 359   end_input->value("");
 360   end_input->callback((Fl_Callback*)sub_end_in_cb, (void*) something);
 361
 362   seq_scroll->add(seq_inputs[i]);
 363   seq_scroll->add(seq_browse);
 364   seq_scroll->add(annot_inputs[i]);
 365   seq_scroll->add(annot_browse);
 366   seq_scroll->add(fasta_input);
 367   seq_scroll->add(start_input);
 368   seq_scroll->add(end_input);
 369 }
 370
 371 /*
 372   cout << "fee\n";
 373   cout << "fie\n";
 374   cout << "foe\n";
 375   cout << "fum\n";
 376 */
 377
 378 void SetupWindow::print_cb(Fl_Button* o, void* v)
 379 {
 380   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 381   T->print_cb_real(o,v);
 382 }
 383
 384
 385 void SetupWindow::print_cb_real(Fl_Button* , void*)
 386 {
 387   cout << "ana_name: " << ana_name << endl;
 388   cout << "win: " << window << endl;
 389   cout << "thres: " << threshold << endl;
 390   cout << "seq_num: " << seq_num << endl;
 391   //cout << "win_add: " << win_append << end;
 392   //cout << "thres_add: " << thres_append << endl;
 393
 394   int i;
 395
 396
 397
 398   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 399   {
 400     cout << seq_files[i] << endl;
 401     cout << annot_files[i] << endl;
 402     cout << "fasta: " << fasta_indices[i];
 403     cout << " start: " << sub_seq_starts[i];
 404     cout << " end: " << sub_seq_ends[i] << endl;
 405     cout << "blargle!\n";
 406   }
 407   cout << "end of inputs\n" << endl;
 408 }