mussa_gui_seq_view.hh

   1 #include "mussa_gui_load_window.hh"
   2
   3 #include <math.h>
   4 #include <FL/Fl_Box.H>
   5 #include <FL/fl_draw.H>
   6
   7 class SeqView : public Fl_Box
   8 {
   9   public:
  10     SeqView(int x_top,int y_top,int x_bot,int y_bot) :
  11       Fl_Box(x_top,y_top,x_bot,y_bot)
  12     {
  13       x_max = x_bot;
  14       y_max = y_bot;
  15       x_min = x_top;
  16       y_min = y_top;
  17       show_bars = true;
  18       show_motifs = true;
  19     }
  20
  21     void setup(string name, int sq_num, vector<Sequence> *some_seqs,
  22                list<vector<int> > some_paths, vector<int> some_lens,
  23                vector<motif> *some_motifs);
  24     void align_offsets(int align_num);
  25     void toggle_align(int align_num);
  26     void toggle_bars();
  27     void toggle_motifs();
  28
  29   private:
  30     string ana_name;
  31     int seq_num;
  32     int base_window_len;
  33
  34   //this data is passed as pointers to the instantiated classes
  35     vector<Sequence> *S;
  36   //list of paths in selection box
  37     list<vector<int> > P;
  38     vector<int> seq_lens;
  39   //pointer to passed motif data
  40     vector<motif> *the_motifs;
  41
  42     int x_max, y_max, x_min, y_min;
  43     int y_seq_incre;
  44     int index_pad;
  45     vector<int> seq_align_offsets;
  46     vector<string> raw_sequence;
  47     bool dragging;
  48     int drag_change, scroll_offset;
  49     bool show_bars, show_motifs;
  50     vector<bool> show_aligns;
  51
  52     void resize(int new_x, int new_y, int new_w, int new_h);
  53     void draw();
  54     void draw_motifs(double ch_width);
  55     void draw_sequence(double ch_width);
  56     void draw_match_lines(double ch_width);
  57     void draw_indices(double ch_width);
  58     int handle(int e);
  59     void reporter(string id, int value);
  60 };