mussa_gui_subana.cc

   1 #include "mussa_gui_subana.hh"
   2
   3
   4 void
   5 do_subana_cb(Fl_Button* o, void* v)
   6 {
   7   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
   8   T->real_do_subana();
   9 }
  10
  11
  12 // passes the parameters to the mussa class object and orders it to run
  13 void
  14 SubanaWindow::real_do_subana()
  15 {
  16   int i;
  17   string a_sequence, err_msg;
  18
  19   // <-- need a check here to make sure all vars have a valid value
  20
  21   an_analysis->clear();
  22   an_analysis->set_name(ana_name);
  23   an_analysis->set_seq_num(seq_num);
  24   an_analysis->set_window(window);
  25   an_analysis->set_threshold(threshold);
  26
  27   for(i=0; i < seq_num; i++)
  28   {
  29     a_sequence = the_Seqs[i].seq();
  30     cout << a_sequence.length() << endl;
  31     a_sequence = a_sequence.substr(sub_seq_starts[i],
  32                                    sub_seq_ends[i] - sub_seq_starts[i] );
  33     cout << a_sequence.length() << endl;
  34     an_analysis->add_a_seq(a_sequence);
  35   }
  36
  37   err_msg = an_analysis->analyze(0,0, 't', 0.0);
  38
  39   cout << "Feel the tribal beat\n";
  40   if (!(err_msg == ""))
  41   {
  42     //fl_alert(err_msg.c_str());
  43     cout << err_msg;
  44   }
  45
  46   all_done = true;
  47
  48   hide();
  49 }
  50
  51
  52
  53 // *** subsequence start select
  54
  55 void
  56 sub_start_in_cb1(Fl_Input* o, void* v)
  57 {
  58   sub_seq_data_instance * blah = (sub_seq_data_instance *) v;
  59   SubanaWindow* T= blah->sw_ptr;
  60   T->real_sub_start_in_cb(o,blah->index);
  61 }
  62
  63 void
  64 SubanaWindow::real_sub_start_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  65 {
  66   sub_seq_starts[i] = atoi(o->value());
  67 }
  68
  69 // *** subsequence end select
  70
  71 void
  72 sub_end_in_cb1(Fl_Input* o, void* v)
  73 {
  74   sub_seq_data_instance * blah = (sub_seq_data_instance *) v;
  75   SubanaWindow* T= blah->sw_ptr;
  76   T->real_sub_end_in_cb(o,blah->index);
  77 }
  78
  79 void
  80 SubanaWindow::real_sub_end_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  81 {
  82   sub_seq_ends[i] = atoi(o->value());
  83
  84 }
  85
  86 // *** input analysis name
  87
  88 void
  89 set_ana_name_cb1(Fl_Input* o, void* v)
  90 {
  91   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
  92   T->real_set_ana_name_cb(o);
  93 }
  94
  95 void
  96 SubanaWindow::real_set_ana_name_cb(Fl_Input* o)
  97 {
  98   ana_name = o->value();
  99 }
 100
 101 // *** input window size
 102
 103 void
 104 set_win_size_cb1(Fl_Input* o, void* v)
 105 {
 106   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 107   T->real_set_win_size_cb(o);
 108 }
 109
 110 void
 111 SubanaWindow::real_set_win_size_cb(Fl_Input* o)
 112 {
 113   window = atoi(o->value());
 114 }
 115
 116 // *** input threshold
 117
 118 void
 119 set_threshold_cb1(Fl_Input* o, void* v)
 120 {
 121   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 122   T->real_set_threshold_cb(o);
 123 }
 124
 125 void
 126 SubanaWindow::real_set_threshold_cb(Fl_Input* o)
 127 {
 128   threshold = atoi(o->value());
 129 }
 130
 131
 132 bool
 133 SubanaWindow::done()
 134 {
 135   return all_done;
 136 }
 137
 138
 139 SubanaWindow::SubanaWindow(int w, int h, const char* title,Mussa *the_analysis,
 140                            vector<Sequence> some_Seqs):Fl_Window(w,h,title)
 141 {
 142   string a_name;
 143
 144   color(FL_WHITE);
 145
 146   an_analysis = the_analysis;
 147   the_Seqs = some_Seqs;
 148   all_done = false;
 149
 150   begin();
 151
 152   name_input = new Fl_Input(135, 10, w-140, 30, "SubAnalysis Name ");
 153   name_input->value("");
 154   //name_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 155   name_input->box(FL_BORDER_BOX);
 156   name_input->callback((Fl_Callback*)set_ana_name_cb1, this);
 157
 158   // add in radio buttons for win_append and thres_append eventually
 159   win_append = true;
 160   thres_append = true;
 161
 162   win_input = new Fl_Input(135,45,100,30, "Window: ");
 163   win_input->value("");
 164   win_input->callback((Fl_Callback*)set_win_size_cb1, this);
 165
 166   thres_input = new Fl_Input(320,45,100,30, "Threshold: ");
 167   thres_input->value("");
 168   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_threshold_cb1, this);
 169
 170   // button to launch the analysis
 171   test = new Fl_Button(w-100,h-30,100,30,"Do Analysis");
 172   test->callback((Fl_Callback*)do_subana_cb, this);
 173
 174   // test button to make sure setup data is being stored
 175   test = new Fl_Button(w-200,h-30,100,30,"show setup");
 176   test->callback((Fl_Callback*)print_cb, this);
 177
 178   // add all the inputs for the sub sequence starts & ends
 179   int i;
 180
 181   seq_num = the_Seqs.size();
 182
 183   seq_scroll = new Fl_Scroll(5,80,w-10,h-115);
 184   seq_scroll->color(FL_WHITE);
 185
 186   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 187   {
 188     sub_seq_starts.push_back(0);
 189     sub_seq_ends.push_back(0);
 190     a_name = the_Seqs[i].sp_name();
 191     cout << a_name << endl;
 192     add_seq_input(i, a_name);
 193   }
 194   seq_scroll->box(FL_DOWN_FRAME);
 195   //add(seq_scroll);
 196   //redraw();
 197
 198   end();
 199   //resizable(this);
 200   show();
 201 }
 202
 203
 204 SubanaWindow::~SubanaWindow(){}
 205
 206
 207 void
 208 SubanaWindow::add_seq_input(int i, string a_name)
 209 {
 210   Fl_Input *start_input, *end_input;
 211
 212
 213   // this remembers what seq index each input is associated with
 214   sub_seq_data_instance * something;
 215   something = new sub_seq_data_instance;
 216   something->sw_ptr = this;
 217   something->index = i;
 218
 219
 220   // subsequence select, index of first bp wanted
 221   start_input = new Fl_Input(150, 85+(i*35), 70, 30, "start index: ");
 222   start_input->value("");
 223   start_input->callback((Fl_Callback*)sub_start_in_cb1, (void*) something);
 224
 225   // subsequence select, index of last bp wanted
 226   end_input = new Fl_Input(300, 85+(i*35), 70, 30, "end index: ");
 227   end_input->value("");
 228   end_input->callback((Fl_Callback*)sub_end_in_cb1, (void*) something);
 229
 230   seq_scroll->add(start_input);
 231   seq_scroll->add(end_input);
 232 }
 233
 234 /*
 235   cout << "fee\n";
 236   cout << "fie\n";
 237   cout << "foe\n";
 238   cout << "fum\n";
 239 */
 240
 241 void SubanaWindow::print_cb(Fl_Button* o, void* v)
 242 {
 243   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 244   T->print_cb_real(o,v);
 245 }
 246
 247
 248 void SubanaWindow::print_cb_real(Fl_Button* , void*)
 249 {
 250   cout << "ana_name: " << ana_name << endl;
 251   cout << "win: " << window << endl;
 252   cout << "thres: " << threshold << endl;
 253   cout << "seq_num: " << seq_num << endl;
 254   //cout << "win_add: " << win_append << end;
 255   //cout << "thres_add: " << thres_append << endl;
 256
 257   int i;
 258
 259
 260
 261   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 262   {
 263     //cout << seq_files[i] << endl;
 264     //cout << annot_files[i] << endl;
 265     //cout << "fasta: " << fasta_indices[i];
 266     cout << " start: " << sub_seq_starts[i];
 267     cout << " end: " << sub_seq_ends[i] << endl;
 268     cout << "blargle!\n";
 269   }
 270   cout << "end of inputs\n" << endl;
 271 }