mussa_gui_subana.cc

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "mussa_gui_subana.hh"
  12
  13 #include <iostream>
  14 using namespace std;
  15
  16 void
  17 do_subana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  18 {
  19   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
  20   T->real_do_subana();
  21 }
  22
  23
  24 // passes the parameters to the mussa class object and orders it to run
  25 void
  26 SubanaWindow::real_do_subana()
  27 {
  28   int i;
  29   string a_sequence, err_msg;
  30
  31   // <-- need a check here to make sure all vars have a valid value
  32
  33   an_analysis->clear();
  34   an_analysis->set_name(ana_name);
  35   an_analysis->set_seq_num(seq_num);
  36   an_analysis->set_window(window);
  37   an_analysis->set_threshold(threshold);
  38
  39   for(i=0; i < seq_num; i++)
  40   {
  41     a_sequence = the_Seqs[i].seq();
  42     cout << a_sequence.length() << endl;
  43     a_sequence = a_sequence.substr(sub_seq_starts[i],
  44                                    sub_seq_ends[i] - sub_seq_starts[i] );
  45     cout << a_sequence.length() << endl;
  46     an_analysis->add_a_seq(a_sequence);
  47   }
  48
  49   err_msg = an_analysis->analyze(0,0, 't', 0.0);
  50
  51   cout << "Feel the tribal beat\n";
  52   if (!(err_msg == ""))
  53   {
  54     //fl_alert(err_msg.c_str());
  55     cout << err_msg;
  56   }
  57
  58   all_done = true;
  59
  60   hide();
  61 }
  62
  63
  64
  65 // *** subsequence start select
  66
  67 void
  68 sub_start_in_cb1(Fl_Input* o, void* v)
  69 {
  70   sub_seq_data_instance * blah = (sub_seq_data_instance *) v;
  71   SubanaWindow* T= blah->sw_ptr;
  72   T->real_sub_start_in_cb(o,blah->index);
  73 }
  74
  75 void
  76 SubanaWindow::real_sub_start_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  77 {
  78   sub_seq_starts[i] = atoi(o->value());
  79 }
  80
  81 // *** subsequence end select
  82
  83 void
  84 sub_end_in_cb1(Fl_Input* o, void* v)
  85 {
  86   sub_seq_data_instance * blah = (sub_seq_data_instance *) v;
  87   SubanaWindow* T= blah->sw_ptr;
  88   T->real_sub_end_in_cb(o,blah->index);
  89 }
  90
  91 void
  92 SubanaWindow::real_sub_end_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  93 {
  94   sub_seq_ends[i] = atoi(o->value());
  95
  96 }
  97
  98 // *** input analysis name
  99
 100 void
 101 set_ana_name_cb1(Fl_Input* o, void* v)
 102 {
 103   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 104   T->real_set_ana_name_cb(o);
 105 }
 106
 107 void
 108 SubanaWindow::real_set_ana_name_cb(Fl_Input* o)
 109 {
 110   ana_name = o->value();
 111 }
 112
 113 // *** input window size
 114
 115 void
 116 set_win_size_cb1(Fl_Input* o, void* v)
 117 {
 118   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 119   T->real_set_win_size_cb(o);
 120 }
 121
 122 void
 123 SubanaWindow::real_set_win_size_cb(Fl_Input* o)
 124 {
 125   window = atoi(o->value());
 126 }
 127
 128 // *** input threshold
 129
 130 void
 131 set_threshold_cb1(Fl_Input* o, void* v)
 132 {
 133   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 134   T->real_set_threshold_cb(o);
 135 }
 136
 137 void
 138 SubanaWindow::real_set_threshold_cb(Fl_Input* o)
 139 {
 140   threshold = atoi(o->value());
 141 }
 142
 143
 144 bool
 145 SubanaWindow::done()
 146 {
 147   return all_done;
 148 }
 149
 150
 151 SubanaWindow::SubanaWindow(int w, int h, const char* title,Mussa *the_analysis,
 152                            vector<Sequence> some_Seqs):Fl_Window(w,h,title)
 153 {
 154   string a_name;
 155
 156   color(FL_WHITE);
 157
 158   an_analysis = the_analysis;
 159   the_Seqs = some_Seqs;
 160   all_done = false;
 161
 162   // initialize parameters
 163   ana_name = "";
 164   window = -1;
 165   threshold = -1;
 166
 167   begin();
 168
 169   name_input = new Fl_Input(135, 10, w-140, 30, "SubAnalysis Name ");
 170   name_input->value("");
 171   //name_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 172   name_input->box(FL_BORDER_BOX);
 173   name_input->callback((Fl_Callback*)set_ana_name_cb1, this);
 174
 175   // add in radio buttons for win_append and thres_append eventually
 176   win_append = true;
 177   thres_append = true;
 178
 179   win_input = new Fl_Input(135,45,100,30, "Window: ");
 180   win_input->value("");
 181   win_input->callback((Fl_Callback*)set_win_size_cb1, this);
 182
 183   thres_input = new Fl_Input(320,45,100,30, "Threshold: ");
 184   thres_input->value("");
 185   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_threshold_cb1, this);
 186
 187   // button to launch the analysis
 188   test = new Fl_Button(w-100,h-30,100,30,"Do Analysis");
 189   test->callback((Fl_Callback*)do_subana_cb, this);
 190
 191   // test button to make sure setup data is being stored
 192   test = new Fl_Button(w-200,h-30,100,30,"show setup");
 193   test->callback((Fl_Callback*)print_cb, this);
 194
 195   // add all the inputs for the sub sequence starts & ends
 196   int i;
 197
 198   seq_num = the_Seqs.size();
 199
 200   seq_scroll = new Fl_Scroll(5,80,w-10,h-115);
 201   seq_scroll->color(FL_WHITE);
 202
 203   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 204   {
 205     sub_seq_starts.push_back(0);
 206     sub_seq_ends.push_back(0);
 207     a_name = the_Seqs[i].sp_name();
 208     cout << a_name << endl;
 209     add_seq_input(i, a_name);
 210   }
 211   seq_scroll->box(FL_DOWN_FRAME);
 212   //add(seq_scroll);
 213   //redraw();
 214
 215   end();
 216   //resizable(this);
 217   show();
 218 }
 219
 220
 221 SubanaWindow::~SubanaWindow(){}
 222
 223
 224 void
 225 SubanaWindow::add_seq_input(int i, string a_name)
 226 {
 227   Fl_Input *start_input, *end_input;
 228
 229
 230   // this remembers what seq index each input is associated with
 231   sub_seq_data_instance * something;
 232   something = new sub_seq_data_instance;
 233   something->sw_ptr = this;
 234   something->index = i;
 235
 236
 237   // subsequence select, index of first bp wanted
 238   start_input = new Fl_Input(150, 85+(i*35), 70, 30, "start index: ");
 239   start_input->value("");
 240   start_input->callback((Fl_Callback*)sub_start_in_cb1, (void*) something);
 241
 242   // subsequence select, index of last bp wanted
 243   end_input = new Fl_Input(300, 85+(i*35), 70, 30, "end index: ");
 244   end_input->value("");
 245   end_input->callback((Fl_Callback*)sub_end_in_cb1, (void*) something);
 246
 247   seq_scroll->add(start_input);
 248   seq_scroll->add(end_input);
 249 }
 250
 251 /*
 252   cout << "fee\n";
 253   cout << "fie\n";
 254   cout << "foe\n";
 255   cout << "fum\n";
 256 */
 257
 258 void SubanaWindow::print_cb(Fl_Button* o, void* v)
 259 {
 260   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 261   T->print_cb_real(o,v);
 262 }
 263
 264
 265 void SubanaWindow::print_cb_real(Fl_Button* , void*)
 266 {
 267   cout << "ana_name: " << ana_name << endl;
 268   cout << "win: " << window << endl;
 269   cout << "thres: " << threshold << endl;
 270   cout << "seq_num: " << seq_num << endl;
 271   //cout << "win_add: " << win_append << end;
 272   //cout << "thres_add: " << thres_append << endl;
 273
 274   int i;
 275
 276
 277
 278   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 279   {
 280     //cout << seq_files[i] << endl;
 281     //cout << annot_files[i] << endl;
 282     //cout << "fasta: " << fasta_indices[i];
 283     cout << " start: " << sub_seq_starts[i];
 284     cout << " end: " << sub_seq_ends[i] << endl;
 285     cout << "blargle!\n";
 286   }
 287   cout << "end of inputs\n" << endl;
 288 }