mussa_nway.cc

   1 //                        ----------------------------------------
   2 //                         ---------- mussa_nway.cc  -----------
   3 //                        ----------------------------------------
   4
   5 #include "mussa_nway.hh"
   6 /*
   7       cout << "fee\n";
   8       cout << "fie\n";
   9       cout << "foe\n";
  10       cout << "fum\n";
  11 */
  12
  13
  14 Nway_Paths::Nway_Paths()
  15 {
  16 }
  17
  18 void
  19 Nway_Paths::setup(int sp_num)
  20 {
  21   species_num = sp_num;
  22   pathz.clear();
  23 }
  24
  25
  26 void
  27 Nway_Paths::path_search(vector<vector<FLPs> > all_comparisons, vector<int> path, int depth)
  28 {
  29   list<int> new_nodes, trans_check_nodes;
  30   list<int>::iterator new_nodes_i, new_nodes_end;
  31   int i;
  32   bool trans_check_good;
  33
  34   new_nodes = all_comparisons[depth - 1][depth].matches(path[depth-1]);
  35   new_nodes_i = new_nodes.begin();
  36   new_nodes_end = new_nodes.end();
  37   while(new_nodes_i != new_nodes_end)
  38   {
  39     //cout << "    * species " << depth << " node: " << *new_nodes_i << endl;
  40     // check transitivity with previous nodes in path
  41     for(i = 0; i < depth - 1; i++)
  42     {
  43       trans_check_good = true;
  44       trans_check_nodes = all_comparisons[i][depth].matches(path[i]);
  45       if ( (trans_check_nodes.end() == find(trans_check_nodes.begin(),
  46                                             trans_check_nodes.end(),
  47                                             *new_nodes_i) ) &&
  48            (trans_check_nodes.end() == find(trans_check_nodes.begin(),
  49                                            trans_check_nodes.end(),
  50                                            *new_nodes_i * -1) ) )
  51         trans_check_good = false;
  52     }
  53
  54     if (trans_check_good)
  55     {
  56       if ( path[depth-1] >= 0)
  57         path.push_back(*new_nodes_i);
  58       else
  59         path.push_back(*new_nodes_i * -1);
  60       if (depth < species_num - 1)
  61         path_search(all_comparisons, path, depth + 1);
  62       else
  63         pathz.push_back(path);
  64       path.pop_back();
  65     }
  66     ++new_nodes_i;
  67   }
  68 }
  69 //          cout << "    ****I have the power...\n";
  70
  71 /* use this if I ever get the friggin seqcomp match lists to sort...
  72       if (binary_search(trans_check_nodes.begin(), trans_check_nodes.end(),
  73                         *new_nodes_i))
  74 */
  75
  76 void
  77 Nway_Paths::find_paths_r(vector<vector<FLPs> > all_comparisons)
  78 {
  79   vector<int> path;
  80   int win_i, window_num;
  81   list<int> new_nodes;
  82   list<int>::iterator new_nodes_i, new_nodes_end;
  83
  84   pathz.clear();
  85   window_num = all_comparisons[0][1].win_num();
  86   cout << window_num << endl;
  87   // loop thru all windows in first species
  88   for (win_i = 0; win_i < window_num; win_i++)
  89   {
  90     path.clear();
  91     path.push_back(win_i);
  92     new_nodes = all_comparisons[0][1].matches(path[0]);
  93     new_nodes_i = new_nodes.begin();
  94     new_nodes_end = new_nodes.end();
  95     //if (new_nodes_i != new_nodes_end)
  96     //cout << "* species 0 node: " << win_i << endl;
  97     //  cout << "foookin hell\n";
  98     path.push_back(0);
  99     while(new_nodes_i != new_nodes_end)
 100     {
 101       //cout << "  * species 1 node: " << *new_nodes_i << endl;
 102       path[1] = *new_nodes_i;
 103       path_search(all_comparisons, path, 2);
 104       ++new_nodes_i;
 105     }
 106   }
 107 }
 108
 109
 110 void
 111 Nway_Paths::add_path(vector<int> loaded_path)
 112 {
 113   pathz.push_back(loaded_path);
 114 }
 115
 116
 117 void
 118 Nway_Paths::save(string save_file_path)
 119 {
 120   fstream save_file;
 121   list<vector<int> >::iterator path_i, paths_end;
 122   vector<int> a_path;
 123   int i;
 124
 125   save_file.open(save_file_path.c_str(), ios::out);
 126
 127   //save_file << "<Seqcomp type=" << ana_type << " win=" << window_size;
 128   //save_file << " thres=" << hard_threshold << ">\n";
 129
 130   path_i = pathz.begin();
 131   paths_end = pathz.end();
 132   if (path_i == paths_end)
 133     cout << "Arrrrrrgggghhhhhh\n";
 134   while(path_i != paths_end)
 135   {
 136     a_path = *path_i;
 137     //cout << a_path.size() << endl;
 138     for(i = 0; i < species_num; ++i)
 139       save_file << i << "," << a_path[i] << " ";
 140     save_file << endl;
 141     ++path_i;
 142   }
 143
 144 //save_file << "</Mussa>\n";
 145   save_file.close();
 146 }
 147
 148 void
 149 Nway_Paths::save_old(string save_file_path)
 150 {
 151   fstream save_file;
 152   list<vector<int> >::iterator path_i, paths_end;
 153   vector<int> a_path;
 154   int i;
 155
 156   save_file.open(save_file_path.c_str(), ios::app);
 157
 158   path_i = pathz.begin();
 159   paths_end = pathz.end();
 160   while(path_i != paths_end)
 161   {
 162     a_path = *path_i;
 163     //cout << a_path.size() << endl;
 164     for(i = 0; i < species_num; ++i)
 165       save_file << i << "," << a_path[i] << " ";
 166     save_file << endl;
 167     ++path_i;
 168   }
 169   save_file.close();
 170 }
 171
 172
 173 /*
 174 void
 175 Nway_Paths::find_paths(vector<vector<FLPs> > all_comparisons)
 176 {
 177   int win_i, sp_i;
 178   vector<list<list<int> > > path_src_tree;
 179   list<int> new_nodes;
 180   list<int>::iterator node_i, node_end;
 181   <list<list<int> > >::iterator branch_i, branch_end;
 182
 183   pathz.clear();
 184   path_src_tree.reserve(species_num - 1);
 185
 186
 187   // loop thru all windows in first species
 188   for (win_i = 0; win_i < window_num; win_i++)
 189   {
 190     // clear the path search tree
 191     for(i = 0; i < species_num; i++)
 192       path_src_tree[i].clear();
 193
 194     // top level kept empty even tho implicity has one entry of the first
 195     // species at this window - why bother, adds a little speed
 196
 197     // get connection list for first species, creating a list of nodes
 198     // of second species connected to the first species at this window
 199     new_nodes = all_comparisons[0][1];
 200     path_src_tree[1].push_back(new_nodes);
 201
 202     // loop thru rest of species for this window to see if any paths of matches
 203     // go across all species
 204     // if path search tree becomes empty, break out of loop, no reason to search further
 205     sp_i = 1;
 206     while ((sp_i < species_num) && (path tree not empty))
 207     {
 208       branch_i = path_src_tree[1].begin();
 209       branch_end = path_src_tree[1].end();
 210       while (branch_i != branch_end)
 211       {
 212         node_i = branch_i->begin();
 213         node_end = branch_i->end();
 214       }
 215
 216
 217       // loop over all current nodes
 218          // get connection list for each node
 219          // loop over each previous node in list
 220             // get those nodes connection list
 221             // intersect previous node connections with current
 222
 223       ++sp_i;
 224     }
 225
 226     // insert any of the paths found into the master list of paths
 227
 228     // add no paths if tmp_pathz is empty...
 229   }
 230 }
 231
 232 void Nway_Paths::refine()
 233 {
 234 }
 235
 236 void Nway_Paths::print()
 237 {
 238   list<list<int> >::iterator pathz_i;
 239
 240   cout << "printing list of lists\n";
 241   for (pathz_i = pathz.begin(); pathz_i != pathz.end(); ++pathz_i)
 242   {
 243     for (path_i = pathz_i->begin(); path_i != pathz_i->end(); ++path_i)
 244       cout << *path_i << " ";
 245     cout << endl;
 246   }
 247 }
 248 */
 249
 250
 251
 252