mussa_nway_refine.cc

   1 PathList
   2 ExtendPathWindows(PathList raw_list)
   3 {
   4   // to keep track of everything, this function acts like a finite state
   5   // automata:  3 bitfields: reset, extending, scanning - ie 8 states
   6   int reset = 0, extending = 0, scanning = 0;
   7
   8   int species_num = raw_list.SpeciesNum();
   9   int win_num = raw_list.WinNum();
  10
  11   int *cur_path, *next_path;
  12
  13   cur_path = new int[species_num];
  14   next_path = new int[species_num];
  15
  16   raw_list.ResetIndex();
  17
  18   while (no more windows avaible)
  19   {
  20     //cur_indices[0] + ref_ext == next_indices[0] + 1:
  21
  22     // state 000 - start/nominal search
  23     //
  24     if !reset && !extending && !scanning
  25     {
  26       if cur_path[0] == next_path[0]
  27       {
  28         scanning = 1;                   // go to state 001
  29         raw_list.IncreIndex();
  30       }
  31       else if cur_path[0] + 1 == next_path[0]
  32       {
  33         extending = 1;                  // go to state 010
  34         win_ext = 1;
  35         raw_list.SetDirty();
  36         raw_list.IncreIndex();
  37       }
  38       else
  39         reset = 1;                      // go to state 100
  40     }
  41
  42     // state 001 - scanning for ext window thru possible interleaving
  43     //
  44     else if !reset && !extending && scanning
  45     {
  46       if cur_path[0] == next_path[0]
  47         raw_list.IncreIndex();
  48       else if cur_path[0] + 1 == next_path[0]
  49       {
  50         extending = 1;                  // go to state 011
  51         win_ext = 1;
  52         raw_list.SetDirty();
  53         raw_list.IncreIndex();
  54       }
  55       else
  56         reset = 1;                      // go to state 101
  57     }
  58
  59     // state 010 - extending window with no interleaving
  60     //
  61     else if !reset && extending && !scanning
  62     {
  63       if (cur_path[0] + win_ext) == next_path[0]
  64       {
  65         extending = 1;                  // go to state 011
  66         raw_list.IncreIndex();
  67       }
  68       else if (cur_path[0] + win_ext + 1) == next_path[0]
  69       {
  70         win_ext++;
  71         raw_list.SetDirty();
  72         raw_list.IncreIndex();
  73       }
  74       else
  75         reset = 1;                      // go to state 110
  76     }
  77
  78     // state 011 - extending window with interleaving
  79     //
  80     else if !reset && extending && scanning
  81     {
  82       if (cur_path[0] + win_ext) == next_path[0]
  83         raw_list.IncreIndex();
  84       else if (cur_path[0] + win_ext + 1) == next_path[0]
  85       {
  86         win_ext++;
  87         raw_list.SetDirty();
  88         raw_list.IncreIndex();
  89       }
  90       else
  91         reset = 1;                      // go to state 111
  92     }
  93
  94
  95     // reset condition states, return to 000 after taking appropiate action
  96
  97     // state 100 - no extended window, no scanning happened
  98     // save basic window to extended window list
  99     if reset && !extending && !scanning
 100     {
 101       // return to start/nominal search state
 102       reset = 0;
 103     }
 104
 105     // state 101 - no extended window, scanned for interleaving
 106     // save basic window to extended window list, return to first clean
 107     else if reset && !extending && scanning
 108     {
 109       // return to start/nominal search state
 110       reset = 0;
 111       scanning = 0;
 112     }
 113
 114     // state 110 - extended window, no interleaving
 115     // calc extended window, save to extended window list
 116     else if reset && extending && !scanning
 117     {
 118       // return to start/nominal search state
 119       reset = 0;
 120       extending = 0;
 121     }
 122
 123     // state 111 - extended window, interleaved
 124     // calc extended window, save to ext win list, return to first clean
 125     else if reset && extending && scanning
 126     {
 127       // return to start/nominal search state
 128       reset = 0;
 129       extending = 0;
 130       scanning = 0;
 131      }
 132
 133   return ext_win;
 134 }