qui/MussaAlignedWindow.hpp

   1 #ifndef MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   2 #define MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   3
   4 #include <set>
   5
   6 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   7
   8 #include <QMainWindow>
   9 #include <QMenu>
  10 #include <QToolBar>
  11 #include "alg/mussa.hpp"
  12 #include "qui/IntAction.hpp"
  13 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  15
  16 //! Show sequence alignments
  17 class MussaAlignedWindow : public QMainWindow
  18 {
  19   Q_OBJECT
  20
  21 public:
  22   //! construct an aligned window for an analysis and selected paths
  23   /*! \param analysis is a shared_ptr to a mussa analysis
  24    *  \param paths is a set of "paths" AKA integer offsets into the sequences stored in mussa
  25    *  \param parent is the typical Qt pointer to a parent widget
  26    */
  27   MussaAlignedWindow(MussaRef analysis, const std::set<int>& paths, QWidget *parent=0);
  28
  29 public slots:
  30   //! use selected_paths[pathid] to set the starting position of our sequence
  31   void setAlignment(int pathid);
  32   //! toggle whether or not to show the aligned basepairs of a window
  33   void toggleViewAlignment(int alignment_index);
  34
  35   //! just force updating the window
  36   void update();
  37
  38 protected:
  39   // figure out what Alignments we have (needed for setupAlignmentMenus)
  40   void setSelectedPaths(MussaRef m, const std::set<int>& sel_paths);
  41   // create our cations
  42   void setupActions();
  43   // create our menus
  44   void setupMenus();
  45   //! set menus (must be called after setSelectedPaths)
  46   void setupAlignmentMenus();
  47   void computeMatchLines();
  48
  49   MussaRef analysis;
  50   //std::vector<Sequence> sequences;
  51   //const std::set<int>& selected_paths;
  52   std::vector<ConservedPath> selected_paths;
  53   std::vector<bool> view_paths;
  54   SequenceBrowserWidget browser;
  55   QMenu pick_align_menu;
  56   QMenu view_align_menu;
  57
  58   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  59
  60   std::vector <IntAction *> pick_actions;
  61   std::vector <IntAction *> view_actions;
  62   ZoomWidget *zoom;
  63   QToolBar *alignTB;
  64 };
  65 #endif