qui/MussaAlignedWindow.hpp

   1 #ifndef MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   2 #define MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   3
   4 #include <set>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QMenu>
   8 #include <QToolBar>
   9 #include "alg/mussa.hpp"
  10 #include "qui/IntAction.hpp"
  11 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  13
  14 //! Show sequence alignments
  15 class MussaAlignedWindow : public QMainWindow
  16 {
  17   Q_OBJECT
  18
  19 public:
  20   //! construct an aligned window for an analysis and selected paths
  21   MussaAlignedWindow(Mussa&, const std::set<int>&, QWidget *parent=0);
  22
  23 public slots:
  24   //! use selected_paths[pathid] to set the starting position of our sequence
  25   void setAlignment(int pathid);
  26   //! toggle whether or not to show the aligned basepairs of a window
  27   void toggleViewAlignment(int alignment_index);
  28
  29   //! just force updating the window
  30   void update();
  31
  32 protected:
  33   void setSelectedPaths(Mussa &m, const std::set<int>& sel_paths);
  34   //! set menus (must be called after setSelectedPaths)
  35   void setupMenus();
  36   void computeMatchLines();
  37
  38   Mussa& analysis;
  39   //std::vector<Sequence> sequences;
  40   //const std::set<int>& selected_paths;
  41   std::vector<ExtendedConservedPath> selected_paths;
  42   std::vector<bool> view_paths;
  43   SequenceBrowserWidget browser;
  44   QMenu pick_align_menu;
  45   QMenu view_align_menu;
  46   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  47   std::vector <IntAction *> pick_actions;
  48   std::vector <IntAction *> view_actions;
  49   ZoomWidget zoom;
  50   QToolBar alignTB;
  51 };
  52 #endif