qui/MussaWindow.cpp

   1 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3 #include "version.hpp"
   4
   5 #include <QAction>
   6 #include <QApplication>
   7 #include <QAssistantClient>
   8 #include <QCloseEvent>
   9 #include <QDesktopServices>
  10 #include <QDir>
  11 #include <QFileDialog>
  12 #include <QHBoxLayout>
  13 #include <QIcon>
  14 #include <QMenuBar>
  15 #include <QMessageBox>
  16 #include <QScrollBar>
  17 #include <QStatusBar>
  18 #include <QString>
  19 #include <QStringList>
  20 #include <QUrl>
  21 #include <QWhatsThis>
  22
  23 #include <memory>
  24 #include <iterator>
  25 #include <iostream>
  26
  27 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  28 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  29 #include <boost/filesystem/convenience.hpp>
  30 namespace fs = boost::filesystem;
  31 #include <boost/bind.hpp>
  32
  33 using namespace std;
  34
  35 static void init_resources() {
  36   static bool resources_loaded = false;
  37   if (not resources_loaded) {
  38     Q_INIT_RESOURCE(icons);
  39     resources_loaded = true;
  40   }
  41 }
  42
  43 MussaWindow::MussaWindow(MussaRef analysis_, QWidget *parent) :
  44   QMainWindow(parent),
  45   analysis(analysis_),
  46   motif_editor(0),
  47   setup_analysis_dialog(0),
  48   browser(0),
  49   mussaViewTB(0),
  50   zoom(0),
  51   threshold(0),
  52   progress_dialog(0),
  53   aboutAction(0),
  54   closeAction(0),
  55   createNewAnalysisAction(0),
  56   createSubAnalysisAction(0),
  57   editMotifsAction(0),
  58   loadMotifListAction(0),
  59   loadMupaAction(0),
  60   loadSavedAnalysisAction(0),
  61   mussaManualAssistantAction(0),
  62   newMussaWindowAction(0),
  63   saveMotifListAction(0),
  64   showMussaViewToolbarAction(0),
  65   toggleMotifsAction(0),
  66   saveBrowserPixmapAction(0),
  67   whatsThisAction(0),
  68   viewMussaAlignmentAction(0),
  69   manualAssistant(0)
  70 {
  71   init_resources();
  72   setupWidgets();
  73   setupActions();
  74   setupAssistant();
  75   setupMainMenu();
  76
  77   setWindowIcon(QIcon(":/icons/mussa.png"));
  78   default_dir.reset(new QDir(QDir::home().absolutePath()));
  79
  80   setCentralWidget(browser);
  81   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  82   // to call update()
  83   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), browser, SLOT(update()));
  84   connect(this, SIGNAL(changedMotifs()), this, SLOT(updateAnnotations()));
  85   connect(browser, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  86           this, SLOT(showBasePairsCopied(size_t)));
  87   connect(zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  88           browser, SLOT(setZoom(double)));
  89   mussaViewTB->addWidget(zoom);
  90
  91   // threshold range is set in updateAnalysis
  92   connect(threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  93           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  94   mussaViewTB->addWidget(threshold);
  95
  96   addToolBar(mussaViewTB);
  97
  98   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  99
 100   // FIXME: we should start refactoring the connect call to updateAnalysis or something
 101   if (analysis) {
 102     connect(analysis.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 103             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 104     connect(analysis.get(), SIGNAL(isModified(bool)),
 105             this, SLOT(updateAnalysisModified(bool)));
 106   }
 107   updateTitle();
 108   updateAnalysis();
 109 }
 110
 111 void MussaWindow::setAnalysis(MussaRef new_analysis)
 112 {
 113   if (new_analysis != 0) {
 114     // only switch mussas if we loaded without error
 115     clear();
 116     analysis.swap(new_analysis);
 117     updateTitle();
 118     updateAnalysis();
 119   }
 120 }
 121
 122 void MussaWindow::setupActions()
 123 {
 124   // we really don't want to run this more than once.
 125   assert (closeAction == 0);
 126
 127   // the ever popular about box
 128   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 129   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 130   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 131
 132   // add exit
 133   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 134   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 135   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 136   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 137
 138   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Create &New Analysis"), this);
 139   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 140           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 141   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 142   createNewAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_N);
 143
 144   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Add to Subanalysis"), this);
 145   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 146           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 147
 148   saveAnalysisAction = new QAction(tr("&Save Analysis"), this);
 149   connect(saveAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 150           this, SLOT(saveAnalysis()));
 151   saveAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 152   saveAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_S);
 153
 154   saveAnalysisAsAction = new QAction(tr("Save Analysis &As"), this);
 155   connect(saveAnalysisAsAction, SIGNAL(triggered()),
 156           this, SLOT(saveAnalysisAs()));
 157   saveAnalysisAsAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 158
 159   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 160   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 161
 162   loadMotifListAction = new QAction(tr("Open Motif List"), this);
 163   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 164           this, SLOT(loadMotifList()));
 165   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 166
 167   loadMupaAction = new QAction(tr("Create Analysis from File"), this);
 168   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 169           this, SLOT(loadMupa()));
 170   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 171
 172   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("&Open Existing &Analysis"), this);
 173   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 174           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 175   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 176   loadSavedAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_O);
 177
 178   mussaManualAssistantAction = new QAction(tr("Mussagl Manual..."), this);
 179   mussaManualAssistantAction->setIcon(QIcon(":/icons/contents.png"));
 180   connect(mussaManualAssistantAction, SIGNAL(triggered()),
 181                 this, SLOT(showManual()));
 182
 183   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 184   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 185   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 186           this, SLOT(newMussaWindow()));
 187   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 188
 189   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 190   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 191           this, SLOT(saveMotifList()));
 192   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 193
 194   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 195   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 196           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 197   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 198   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 199
 200   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 201   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 202           this, SLOT(toggleMotifs()));
 203   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 204   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 205   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 206                                    "You can load motif annotations via "
 207                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 208
 209   //Save pixel map action
 210   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 211   if (browser) {
 212     connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 213             browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 214     saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 215   }
 216
 217   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View sequence alignment"), this);
 218   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 219           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 220   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 221                                             "showing alignment of the seqcomp "
 222                                             "defined paths"));
 223
 224   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 225   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 226
 227
 228 }
 229
 230 void MussaWindow::closeEvent(QCloseEvent *event)
 231 {
 232   if(isClearingAnalysisSafe()) {
 233     event->accept();
 234   } else {
 235     event->ignore();
 236   }
 237 }
 238
 239 void MussaWindow::setupMainMenu()
 240 {
 241   // we need to run setupActions first
 242   assert (closeAction != 0);
 243
 244   QMenu *newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 245
 246   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 247   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 248   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 249   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 250   newMenu->addAction(saveAnalysisAction);
 251   newMenu->addAction(saveAnalysisAsAction);
 252   newMenu->addSeparator();
 253   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 254   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 255   newMenu->addSeparator();
 256   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 257   newMenu->addSeparator();
 258   newMenu->addAction(closeAction);
 259
 260   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Edit"));
 261   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 262   if (browser) newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsStringAction());
 263   if (browser) newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsFastaAction());
 264   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 265   if (browser) newMenu->addAction(browser->getEditSequencePropertiesAction());
 266
 267   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 268   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 269   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 270
 271   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 272   newMenu->addAction(mussaManualAssistantAction);
 273   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 274   newMenu->addSeparator();
 275   newMenu->addAction(aboutAction);
 276
 277   // add some extra features to the context menu
 278   if (browser) {
 279     QMenu *popupMenu = browser->getPopupMenu();
 280     if (popupMenu) {
 281       popupMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 282       popupMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 283     }
 284   }
 285 }
 286
 287 void MussaWindow::setupWidgets()
 288 {
 289   setup_analysis_dialog = new MussaSetupDialog;
 290   subanalysis_window.reset(new SubanalysisWindow(analysis));
 291   browser = new SequenceBrowserWidget(default_dir);
 292   mussaViewTB = new QToolBar("Path Views", this);
 293   zoom = new ZoomWidget(mussaViewTB);
 294   threshold = new ThresholdWidget(mussaViewTB);
 295 }
 296
 297 void MussaWindow::setupAssistant()
 298 {
 299 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 300   QStringList manualAssistantArgs;
 301   manualAssistantArgs = QStringList();
 302   manualAssistantArgs << "-profile" << "./doc/manual/mussagl_manual.adp";
 303   manualAssistant = new QAssistantClient("assistant", this);
 304   manualAssistant->setArguments(manualAssistantArgs);
 305   connect(manualAssistant, SIGNAL(error(QString)),
 306           this, SLOT(assistantError(QString)));
 307 #endif
 308 }
 309
 310 void MussaWindow::about()
 311 {
 312   QString msg;
 313   msg += "Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n";
 314   msg += "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n";
 315   msg += "Diane Trout, Tristan De Buysscher, Brandon King\n";
 316   msg += "Version: ";
 317   msg += mussa_version;
 318   msg += "\n";
 319   msg += "OpenGL: ";
 320   msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 321   msg += "\n";
 322   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 323 }
 324
 325 void MussaWindow::clear()
 326 {
 327   if (motif_editor != 0) {
 328     motif_editor->hide();
 329     delete motif_editor;
 330   }
 331
 332   aligned_windows.clear();
 333   browser->clear();
 334 }
 335
 336 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 337 {
 338   try {
 339     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 340     // but this should work for the moment.
 341     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 342
 343     if (setup_analysis_dialog->exec()) {
 344       setAnalysis(setup_analysis_dialog->getMussa());
 345     }
 346   } catch(mussa_error e) {
 347     QString msg(e.what());
 348     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 349   }
 350 }
 351
 352 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 353 {
 354   list<SequenceLocation> result;
 355   SequenceLocationModel& model = subanalysis_window->getModel();
 356   browser->copySelectedTracksAsSeqLocation(result);
 357   for(list<SequenceLocation>::iterator result_itor = result.begin();
 358       result_itor != result.end();
 359       ++result_itor)
 360   {
 361     model.push_back(*result_itor);
 362   }
 363
 364   if (not subanalysis_window->isVisible()) {
 365     subanalysis_window->show();
 366   }
 367 }
 368
 369 void MussaWindow::saveAnalysis()
 370 {
 371   // if we've got an analysis
 372   if (analysis and not analysis->empty()) {
 373     // if it doesn't have a name we need to pick one
 374     if (analysis->get_analysis_path().empty()) {
 375       saveAnalysisAs();
 376     } else {
 377       // if we've got a name, has it changed any?
 378       // this doesn't work when a sequence changes something (like its
 379       // name)
 380       //else if (analysis->is_dirty())
 381       try {
 382         analysis->save();
 383       } catch (std::exception e) {
 384         QMessageBox::critical(this,
 385                               tr("Mussa Save Error"),
 386                               tr(e.what()),
 387                               QMessageBox::Ok, 0, 0);
 388   }
 389
 390     }
 391   }
 392 }
 393
 394 void MussaWindow::saveAnalysisAs()
 395 {
 396   std::auto_ptr<QFileDialog> dialog(new QFileDialog(this));
 397   dialog->setAcceptMode(QFileDialog::AcceptSave);
 398   dialog->setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 399   dialog->setDirectory(*default_dir);
 400
 401   QStringList fileNames;
 402   if (not dialog->exec()) {
 403     return;
 404   }
 405   fileNames = dialog->selectedFiles();
 406
 407   if (fileNames.size() != 1) {
 408     return;
 409   }
 410   try {
 411     fs::path save_path(fileNames[0].toStdString(), fs::native);
 412     // do you want to overwrite?
 413     if (fs::exists(save_path) and
 414         QMessageBox::question(
 415           this,
 416           tr("Overwrite File? -- Mussa"),
 417           tr("A file called %1 already exists"
 418              "do you want to overwrite it?")
 419              .arg(fileNames[0]),
 420           tr("&Yes"), tr("&No"),
 421           QString(), 0, 1)
 422         ) {
 423       return;
 424     }
 425     analysis->save(save_path);
 426     fs::path normalized_path = (save_path / "..").normalize();
 427     default_dir->setPath(normalized_path.native_directory_string().c_str());
 428   } catch (std::exception e) {
 429     QMessageBox::critical(this,
 430                           tr("Mussa Save Error"),
 431                           tr(e.what()),
 432                           QMessageBox::Ok, 0, 0);
 433   }
 434 }
 435
 436 bool MussaWindow::isClearingAnalysisSafe()
 437 {
 438   if (analysis and not analysis->empty() and analysis->is_dirty()) {
 439     switch (QMessageBox::question(
 440       this,
 441       tr("Save Unsaved Changes -- Mussa"),
 442       tr("There are unsaved changes,\ndo you want to save?"),
 443       tr("&Yes"), tr("&No"), tr("&Cancel"),
 444       0, 2)) {
 445     case 0:
 446       // save
 447       saveAnalysis();
 448       break;
 449     case 1:
 450       // don't save
 451       break;
 452     case 2:
 453       // don't replace
 454       return false;
 455       break;
 456     default:
 457       // error
 458       throw runtime_error("isClearingAnalysis QMesageBox failure");
 459     }
 460   }
 461   // if we're here we've been saved and can replace
 462   return true;
 463 }
 464
 465 void MussaWindow::editMotifs()
 466 {
 467   if (not motif_editor) {
 468     motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 469     connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 470             this, SLOT(updateAnnotations()));
 471   }
 472   motif_editor->show();
 473 }
 474
 475 void MussaWindow::loadMotifList()
 476 {
 477   QString caption("Mussa Load Motifs");
 478   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 479   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 480                                               caption,
 481                                               default_dir->absolutePath(),
 482                                               filter);
 483   // user hit cancel?
 484   if (path.isNull())
 485     return;
 486   // try to load safely
 487   try {
 488     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 489     analysis->load_motifs(converted_path);
 490     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 491     emit changedMotifs();
 492   } catch (std::exception e) {
 493     QString msg("Unable to load ");
 494     msg += path;
 495     msg += "\n";
 496     msg += e.what();
 497     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 498   }
 499 }
 500
 501 void MussaWindow::saveMotifList()
 502 {
 503   QString caption("Mussa Save Motifs");
 504   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 505   QString path = QFileDialog::getSaveFileName(this,
 506                                               caption,
 507                                               default_dir->absolutePath(),
 508                                               filter);
 509   // user hit cancel?
 510   if (path.isNull())
 511     return;
 512   // try to load safely
 513   try {
 514     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 515     if (fs::extension(converted_path).size() == 0) {
 516       // no extension, so add one
 517       fs::path base_path = converted_path.branch_path();
 518       fs::path filename(converted_path.leaf() + ".mtl", fs::native);
 519       converted_path = base_path / filename;
 520     }
 521     analysis->save_motifs(converted_path);
 522     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 523   } catch (std::exception e) {
 524     QString msg("Unable to save ");
 525     msg += path;
 526     msg += "\n";
 527     msg += e.what();
 528     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 529   }}
 530
 531 void MussaWindow::loadMupa()
 532 {
 533   QString caption("Load a mussa parameter file");
 534   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 535   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(
 536                          this,
 537                          caption,
 538                          default_dir->absolutePath(),
 539                          filter
 540                       );
 541   // user hit cancel?
 542   if (mupa_path.isNull())
 543     return;
 544   // try to load safely
 545   try {
 546     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 547     // but this should work for the moment.
 548     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 549
 550     MussaRef m = Mussa::init();
 551     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 552     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 553             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 554     m->load_mupa_file(converted_path);
 555     m->analyze();
 556     setAnalysis(m);
 557     updateTitle();
 558     // grab the path ignoring the mupa file portion
 559     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 560   } catch (mussa_load_error e) {
 561     QString msg("Unable to load ");
 562     msg += mupa_path;
 563     msg += "\n";
 564     msg += e.what();
 565     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 566   }
 567   assert (analysis != 0);
 568 }
 569
 570 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 571 {
 572   QString caption("Load a previously run analysis");
 573   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(
 574                         this,
 575                         caption,
 576                         default_dir->absolutePath()
 577                       );
 578   // user hit cancel?
 579   if (muway_dir.isNull())
 580     return;
 581   // try to safely load
 582   try {
 583     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 584     // but this should work for the moment.
 585     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 586
 587     MussaRef m = Mussa::init();
 588     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 589     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 590             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 591     m->load(converted_path);
 592     // only switch mussas if we loaded without error
 593     if (analysis->empty()) {
 594       // our current window is empty so load and replace.
 595       setAnalysis(m);
 596       updateTitle();
 597       default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 598     } else {
 599       MussaWindow *win = new MussaWindow(m);
 600       updateTitle();
 601       win->default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 602       win->show();
 603     }
 604   } catch (boost::filesystem::filesystem_error e) {
 605     QString msg("Unable to load ");
 606     msg += muway_dir;
 607     msg += "\n";
 608     msg += e.what();
 609     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 610   } catch (mussa_load_error e) {
 611     QString msg("Unable to load ");
 612     msg += muway_dir;
 613     msg += "\n";
 614     msg += e.what();
 615     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 616   }
 617   assert (analysis != 0);
 618 }
 619
 620 void MussaWindow::newMussaWindow()
 621 {
 622   MussaWindow *win = new MussaWindow(Mussa::init());
 623   win->default_dir = default_dir;
 624   win->show();
 625 }
 626
 627 void MussaWindow::setSoftThreshold(int value)
 628 {
 629   if (analysis->get_soft_threshold() != value) {
 630     threshold->setEnabled( false );
 631     analysis->set_soft_threshold(value);
 632     analysis->nway();
 633     updateLinks();
 634     update();
 635     threshold->setEnabled( true );
 636   }
 637 }
 638
 639 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 640 {
 641   if (mussaViewTB->isVisible())
 642     mussaViewTB->hide();
 643   else
 644     mussaViewTB->show();
 645 }
 646
 647 void MussaWindow::showBasePairsCopied(size_t bp_copied)
 648 {
 649   QString msg("Copied ");
 650   QString num;
 651   num.setNum(bp_copied);
 652   msg += num + " base pairs";
 653   statusBar()->showMessage(msg, 5000);
 654 }
 655
 656
 657 void MussaWindow::toggleMotifs()
 658 {
 659   NotImplementedBox();
 660 }
 661
 662 void MussaWindow::showManual()
 663 {
 664 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 665   if (manualAssistant) {
 666     manualAssistant->openAssistant();
 667   } else {
 668     QMessageBox::warning(this,
 669                          tr("Mussa Help Error"),
 670                          tr("QtAssistant not setup correctly"),
 671                          QMessageBox::Ok,
 672                          QMessageBox::NoButton,
 673                          QMessageBox::NoButton);
 674   }
 675 #else
 676   QUrl manual_url("http://woldlab.caltech.edu/~king/mussagl_manual/");
 677   if (not QDesktopServices::openUrl(manual_url)) {
 678     QMessageBox::warning(this,
 679                          tr("Mussa Help Error"),
 680                          tr("Unable to launch webbrowser"),
 681                          QMessageBox::Ok,
 682                          QMessageBox::NoButton,
 683                          QMessageBox::NoButton);
 684   }
 685 #endif //QT_QTASSISTANT_FOUND
 686 }
 687
 688 void MussaWindow::assistantError(QString message)
 689 {
 690   //std::cout << "QAssistantError: " << message.toStdString() << "\n";
 691   QMessageBox::warning ( this, "Warning: Mussagl Manual", message,
 692                          QMessageBox::Ok,
 693                          QMessageBox::NoButton);
 694 }
 695
 696 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 697 {
 698   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 699 }
 700
 701 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 702 {
 703   const set<int>& selected_paths = browser->selectedPaths();
 704   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 705     QMessageBox::warning(this,
 706                          QObject::tr("mussa"),
 707                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 708                                      "first"));
 709   } else {
 710     MussaAlignedWindowRef ma_win(
 711       new MussaAlignedWindow(analysis, default_dir, selected_paths, subanalysis_window)
 712     );
 713
 714     aligned_windows.push_back(ma_win);
 715     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 716             aligned_windows.back().get(), SLOT(update()));
 717     aligned_windows.back()->show();
 718   }
 719 }
 720
 721 void MussaWindow::updateAnalysis()
 722 {
 723   const Mussa::vector_sequence_type& seqs = analysis->sequences();
 724   browser->setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 725   assert(browser->sequences().size() == analysis->size());
 726
 727   // setRange eventually emits something that causes updateLinks to be called
 728   // but it's possible for us to not have had a chance to set out sequences
 729   // yet.
 730   threshold->setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 731   updateLinks();
 732   browser->zoomOut();
 733   zoom->setValue(browser->zoom());
 734 }
 735
 736 void MussaWindow::updateAnnotations()
 737 {
 738   // motifs were changed in the sequences by
 739   // Mussa::update_sequences_motifs
 740   emit changedAnnotations();
 741   browser->update();
 742 }
 743
 744 void MussaWindow::updateLinks()
 745 {
 746   if(browser->sequences().size() == 0) {
 747     // we don't have any sequences load so we have no business setting links
 748     return;
 749   }
 750
 751   browser->clear_links();
 752   bool reversed = false;
 753   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 754
 755   typedef list<ConservedPath> conserved_paths;
 756   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 757   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 758       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 759       ++path_itor)
 760   {
 761     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 762     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 763     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 764     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 765     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 766     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 767
 768     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 769     vector<int> normalized_path;
 770     normalized_path.reserve(track_len);
 771     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 772     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 773     {
 774       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 775       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 776       // track of the score we can put grab the depth here.
 777       //
 778       // are we reverse complimented?
 779       if ( x>=0) {
 780         reversed = false;
 781       } else {
 782         reversed = true;
 783         // make positive
 784         x = -x;
 785       }
 786       normalized_path.push_back(x);
 787       rc_flags.push_back(reversed);
 788     }
 789     browser->link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 790   }
 791   browser->update();
 792 }
 793
 794 void
 795 MussaWindow::updateProgress(const QString& description, int current, int max)
 796 {
 797   // if we're done
 798   if (current == max) {
 799     if (progress_dialog != 0) {
 800       progress_dialog->hide();
 801       delete progress_dialog;
 802       progress_dialog = 0;
 803     }
 804   } else {
 805     // if we're starting, create the dialog
 806     if (progress_dialog == 0) {
 807       QString cancel("Cancel");
 808       progress_dialog = new QProgressDialog(description, cancel, current, max, this);
 809       progress_dialog->show();
 810     } else {
 811       // just update the dialog
 812       progress_dialog->setValue(current);
 813     }
 814   }
 815   qApp->processEvents();
 816 }
 817
 818 void MussaWindow::updateAnalysisModified(bool is_modified)
 819 {
 820   setWindowModified(is_modified);
 821 }
 822
 823 void MussaWindow::updateTitle()
 824 {
 825   if (analysis) {
 826     QString title(analysis->get_title().c_str());
 827     title += "[*]";
 828     setWindowTitle(title);
 829   }
 830 }