qui/MussaWindow.cpp

   1 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3 #include "version.hpp"
   4
   5 #include <QAction>
   6 #include <QApplication>
   7 #include <QAssistantClient>
   8 #include <QCloseEvent>
   9 #include <QDesktopServices>
  10 #include <QDir>
  11 #include <QFileDialog>
  12 #include <QHBoxLayout>
  13 #include <QIcon>
  14 #include <QMenuBar>
  15 #include <QMessageBox>
  16 #include <QScrollBar>
  17 #include <QStatusBar>
  18 #include <QString>
  19 #include <QStringList>
  20 #include <QUrl>
  21 #include <QWhatsThis>
  22
  23 #include <memory>
  24 #include <iterator>
  25 #include <iostream>
  26
  27 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  28 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  29 #include <boost/filesystem/convenience.hpp>
  30 namespace fs = boost::filesystem;
  31 #include <boost/bind.hpp>
  32
  33 using namespace std;
  34
  35 static void init_resources() {
  36   static bool resources_loaded = false;
  37   if (not resources_loaded) {
  38     Q_INIT_RESOURCE(icons);
  39     resources_loaded = true;
  40   }
  41 }
  42
  43 MussaWindow::MussaWindow(MussaRef analysis_, QWidget *parent) :
  44   QMainWindow(parent),
  45   analysis(analysis_),
  46   motif_editor(0),
  47   setup_analysis_dialog(0),
  48   browser(0),
  49   mussaViewTB(0),
  50   zoom(0),
  51   threshold(0),
  52   progress_dialog(0),
  53   aboutAction(0),
  54   closeAction(0),
  55   createNewAnalysisAction(0),
  56   createSubAnalysisAction(0),
  57   editMotifsAction(0),
  58   loadMotifListAction(0),
  59   loadMupaAction(0),
  60   loadSavedAnalysisAction(0),
  61   mussaManualAssistantAction(0),
  62   newMussaWindowAction(0),
  63   saveMotifListAction(0),
  64   showMussaViewToolbarAction(0),
  65   toggleMotifsAction(0),
  66   saveBrowserPixmapAction(0),
  67   whatsThisAction(0),
  68   viewMussaAlignmentAction(0),
  69   manualAssistant(0)
  70 {
  71   init_resources();
  72   setupWidgets();
  73   setupActions();
  74   setupAssistant();
  75   setupMainMenu();
  76
  77   setWindowIcon(QIcon(":/icons/mussa.png"));
  78   default_dir.reset(new QDir(QDir::home().absolutePath()));
  79
  80   setCentralWidget(browser);
  81   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  82   // to call update()
  83   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), browser, SLOT(update()));
  84   connect(this, SIGNAL(changedMotifs()), this, SLOT(updateAnnotations()));
  85   connect(browser, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  86           this, SLOT(showBasePairsCopied(size_t)));
  87   connect(zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  88           browser, SLOT(setZoom(double)));
  89   mussaViewTB->addWidget(zoom);
  90
  91   // threshold range is set in updateAnalysis
  92   connect(threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  93           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  94   mussaViewTB->addWidget(threshold);
  95
  96   addToolBar(mussaViewTB);
  97
  98   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  99
 100   // FIXME: we should start refactoring the connect call to updateAnalysis or something
 101   if (analysis) {
 102     connect(analysis.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 103             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 104     connect(analysis.get(), SIGNAL(isModified(bool)),
 105             this, SLOT(updateAnalysisModified(bool)));
 106   }
 107   updateTitle();
 108   updateAnalysis();
 109 }
 110
 111 void MussaWindow::setAnalysis(MussaRef new_analysis)
 112 {
 113   if (new_analysis != 0) {
 114     // only switch mussas if we loaded without error
 115     clear();
 116     analysis.swap(new_analysis);
 117     updateTitle();
 118     updateAnalysis();
 119   }
 120 }
 121
 122 void MussaWindow::setupActions()
 123 {
 124   // we really don't want to run this more than once.
 125   assert (closeAction == 0);
 126
 127   // the ever popular about box
 128   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 129   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 130   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 131
 132   // add exit
 133   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 134   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 135   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 136   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 137
 138   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Create &New Analysis"), this);
 139   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 140           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 141   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 142   createNewAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_N);
 143
 144   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Add to Subanalysis"), this);
 145   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 146           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 147
 148   saveAnalysisAction = new QAction(tr("&Save Analysis"), this);
 149   connect(saveAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 150           this, SLOT(saveAnalysis()));
 151   saveAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 152   saveAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_S);
 153
 154   saveAnalysisAsAction = new QAction(tr("Save Analysis &As"), this);
 155   connect(saveAnalysisAsAction, SIGNAL(triggered()),
 156           this, SLOT(saveAnalysisAs()));
 157   saveAnalysisAsAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 158
 159   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 160   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 161
 162   loadMotifListAction = new QAction(tr("Open Motif List"), this);
 163   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 164           this, SLOT(loadMotifList()));
 165   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 166
 167   loadMupaAction = new QAction(tr("Create Analysis from File"), this);
 168   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 169           this, SLOT(loadMupa()));
 170   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 171
 172   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("&Open Existing &Analysis"), this);
 173   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 174           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 175   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 176   loadSavedAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_O);
 177
 178   mussaManualAssistantAction = new QAction(tr("Mussagl Manual..."), this);
 179   mussaManualAssistantAction->setIcon(QIcon(":/icons/contents.png"));
 180   connect(mussaManualAssistantAction, SIGNAL(triggered()),
 181                 this, SLOT(showManual()));
 182
 183   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 184   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 185   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 186           this, SLOT(newMussaWindow()));
 187   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 188
 189   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 190   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 191           this, SLOT(saveMotifList()));
 192   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 193
 194   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 195   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 196           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 197   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 198   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 199
 200   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 201   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 202           this, SLOT(toggleMotifs()));
 203   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 204   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 205   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 206                                    "You can load motif annotations via "
 207                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 208
 209   //Save pixel map action
 210   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 211   if (browser) {
 212     connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 213             browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 214     saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 215   }
 216
 217   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View sequence alignment"), this);
 218   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 219           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 220   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 221                                             "showing alignment of the seqcomp "
 222                                             "defined paths"));
 223
 224   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 225   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 226
 227
 228 }
 229
 230 void MussaWindow::closeEvent(QCloseEvent *event)
 231 {
 232   if(isClearingAnalysisSafe()) {
 233     event->accept();
 234   } else {
 235     event->ignore();
 236   }
 237 }
 238
 239 void MussaWindow::setupMainMenu()
 240 {
 241   // we need to run setupActions first
 242   assert (closeAction != 0);
 243
 244   QMenu *newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 245
 246   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 247   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 248   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 249   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 250   newMenu->addAction(saveAnalysisAction);
 251   newMenu->addAction(saveAnalysisAsAction);
 252   newMenu->addSeparator();
 253   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 254   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 255   newMenu->addSeparator();
 256   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 257   newMenu->addSeparator();
 258   newMenu->addAction(closeAction);
 259
 260   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Edit"));
 261   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 262   if (browser) newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsStringAction());
 263   if (browser) newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsFastaAction());
 264   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 265   if (browser) newMenu->addAction(browser->getEditSequencePropertiesAction());
 266
 267   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 268   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 269   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 270
 271   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 272   newMenu->addAction(mussaManualAssistantAction);
 273   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 274   newMenu->addSeparator();
 275   newMenu->addAction(aboutAction);
 276
 277   // add some extra features to the context menu
 278   if (browser) {
 279     QMenu *popupMenu = browser->getPopupMenu();
 280     if (popupMenu) {
 281       popupMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 282       popupMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 283     }
 284   }
 285 }
 286
 287 void MussaWindow::setupWidgets()
 288 {
 289   setup_analysis_dialog = new MussaSetupDialog;
 290   subanalysis_window.reset(new SubanalysisWindow(analysis));
 291   browser = new SequenceBrowserWidget(default_dir);
 292   mussaViewTB = new QToolBar("Path Views", this);
 293   zoom = new ZoomWidget(mussaViewTB);
 294   threshold = new ThresholdWidget(mussaViewTB);
 295 }
 296
 297 void MussaWindow::setupAssistant()
 298 {
 299 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 300   QStringList manualAssistantArgs;
 301   manualAssistantArgs = QStringList();
 302   manualAssistantArgs << "-profile" << "./doc/manual/mussagl_manual.adp";
 303   manualAssistant = new QAssistantClient("assistant", this);
 304   manualAssistant->setArguments(manualAssistantArgs);
 305   connect(manualAssistant, SIGNAL(error(QString)),
 306           this, SLOT(assistantError(QString)));
 307 #endif
 308 }
 309
 310 void MussaWindow::about()
 311 {
 312   QString msg;
 313   msg += "Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n";
 314   msg += "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n";
 315   msg += "Diane Trout, Tristan De Buysscher, Brandon King\n";
 316   msg += "Version: ";
 317   msg += mussa_version;
 318   msg += "\n";
 319   msg += "OpenGL: ";
 320   msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 321   msg += "\n";
 322   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 323 }
 324
 325 void MussaWindow::clear()
 326 {
 327   aligned_windows.clear();
 328   browser->clear();
 329 }
 330
 331 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 332 {
 333   try {
 334     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 335     // but this should work for the moment.
 336     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 337
 338     if (setup_analysis_dialog->exec()) {
 339       setAnalysis(setup_analysis_dialog->getMussa());
 340     }
 341   } catch(mussa_error e) {
 342     QString msg(e.what());
 343     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 344   }
 345 }
 346
 347 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 348 {
 349   list<SequenceLocation> result;
 350   SequenceLocationModel& model = subanalysis_window->getModel();
 351   browser->copySelectedTracksAsSeqLocation(result);
 352   for(list<SequenceLocation>::iterator result_itor = result.begin();
 353       result_itor != result.end();
 354       ++result_itor)
 355   {
 356     model.push_back(*result_itor);
 357   }
 358
 359   if (not subanalysis_window->isVisible()) {
 360     subanalysis_window->show();
 361   }
 362 }
 363
 364 void MussaWindow::saveAnalysis()
 365 {
 366   // if we've got an analysis
 367   if (analysis and not analysis->empty()) {
 368     // if it doesn't have a name we need to pick one
 369     if (analysis->get_analysis_path().empty()) {
 370       saveAnalysisAs();
 371     } else {
 372       // if we've got a name, has it changed any?
 373       // this doesn't work when a sequence changes something (like its
 374       // name)
 375       //else if (analysis->is_dirty())
 376       try {
 377         analysis->save();
 378       } catch (std::exception e) {
 379         QMessageBox::critical(this,
 380                               tr("Mussa Save Error"),
 381                               tr(e.what()),
 382                               QMessageBox::Ok, 0, 0);
 383   }
 384
 385     }
 386   }
 387 }
 388
 389 void MussaWindow::saveAnalysisAs()
 390 {
 391   std::auto_ptr<QFileDialog> dialog(new QFileDialog(this));
 392   dialog->setAcceptMode(QFileDialog::AcceptSave);
 393   dialog->setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 394   dialog->setDirectory(*default_dir);
 395
 396   QStringList fileNames;
 397   if (not dialog->exec()) {
 398     return;
 399   }
 400   fileNames = dialog->selectedFiles();
 401
 402   if (fileNames.size() != 1) {
 403     return;
 404   }
 405   try {
 406     fs::path save_path(fileNames[0].toStdString(), fs::native);
 407     // do you want to overwrite?
 408     if (fs::exists(save_path) and
 409         QMessageBox::question(
 410           this,
 411           tr("Overwrite File? -- Mussa"),
 412           tr("A file called %1 already exists"
 413              "do you want to overwrite it?")
 414              .arg(fileNames[0]),
 415           tr("&Yes"), tr("&No"),
 416           QString(), 0, 1)
 417         ) {
 418       return;
 419     }
 420     analysis->save(save_path);
 421     fs::path normalized_path = (save_path / "..").normalize();
 422     default_dir->setPath(normalized_path.native_directory_string().c_str());
 423   } catch (std::exception e) {
 424     QMessageBox::critical(this,
 425                           tr("Mussa Save Error"),
 426                           tr(e.what()),
 427                           QMessageBox::Ok, 0, 0);
 428   }
 429 }
 430
 431 bool MussaWindow::isClearingAnalysisSafe()
 432 {
 433   if (analysis and not analysis->empty() and analysis->is_dirty()) {
 434     switch (QMessageBox::question(
 435       this,
 436       tr("Save Unsaved Changes -- Mussa"),
 437       tr("There are unsaved changes,\ndo you want to save?"),
 438       tr("&Yes"), tr("&No"), tr("&Cancel"),
 439       0, 2)) {
 440     case 0:
 441       // save
 442       saveAnalysis();
 443       break;
 444     case 1:
 445       // don't save
 446       break;
 447     case 2:
 448       // don't replace
 449       return false;
 450       break;
 451     default:
 452       // error
 453       throw runtime_error("isClearingAnalysis QMesageBox failure");
 454     }
 455   }
 456   // if we're here we've been saved and can replace
 457   return true;
 458 }
 459
 460 void MussaWindow::editMotifs()
 461 {
 462   if (motif_editor != 0) {
 463     motif_editor->hide();
 464     delete motif_editor;
 465   }
 466   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 467   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 468           this, SLOT(updateAnnotations()));
 469   motif_editor->show();
 470 }
 471
 472 void MussaWindow::loadMotifList()
 473 {
 474   QString caption("Mussa Load Motifs");
 475   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 476   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 477                                               caption,
 478                                               default_dir->absolutePath(),
 479                                               filter);
 480   // user hit cancel?
 481   if (path.isNull())
 482     return;
 483   // try to load safely
 484   try {
 485     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 486     analysis->load_motifs(converted_path);
 487     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 488     emit changedMotifs();
 489   } catch (std::exception e) {
 490     QString msg("Unable to load ");
 491     msg += path;
 492     msg += "\n";
 493     msg += e.what();
 494     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 495   }
 496 }
 497
 498 void MussaWindow::saveMotifList()
 499 {
 500   QString caption("Mussa Save Motifs");
 501   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 502   QString path = QFileDialog::getSaveFileName(this,
 503                                               caption,
 504                                               default_dir->absolutePath(),
 505                                               filter);
 506   // user hit cancel?
 507   if (path.isNull())
 508     return;
 509   // try to load safely
 510   try {
 511     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 512     if (fs::extension(converted_path).size() == 0) {
 513       // no extension, so add one
 514       fs::path base_path = converted_path.branch_path();
 515       fs::path filename(converted_path.leaf() + ".mtl", fs::native);
 516       converted_path = base_path / filename;
 517     }
 518     analysis->save_motifs(converted_path);
 519     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 520   } catch (std::exception e) {
 521     QString msg("Unable to save ");
 522     msg += path;
 523     msg += "\n";
 524     msg += e.what();
 525     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 526   }}
 527
 528 void MussaWindow::loadMupa()
 529 {
 530   QString caption("Load a mussa parameter file");
 531   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 532   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(
 533                          this,
 534                          caption,
 535                          default_dir->absolutePath(),
 536                          filter
 537                       );
 538   // user hit cancel?
 539   if (mupa_path.isNull())
 540     return;
 541   // try to load safely
 542   try {
 543     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 544     // but this should work for the moment.
 545     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 546
 547     MussaRef m = Mussa::init();
 548     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 549     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 550             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 551     m->load_mupa_file(converted_path);
 552     m->analyze();
 553     setAnalysis(m);
 554     updateTitle();
 555     // grab the path ignoring the mupa file portion
 556     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 557   } catch (mussa_load_error e) {
 558     QString msg("Unable to load ");
 559     msg += mupa_path;
 560     msg += "\n";
 561     msg += e.what();
 562     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 563   }
 564   assert (analysis != 0);
 565 }
 566
 567 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 568 {
 569   QString caption("Load a previously run analysis");
 570   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(
 571                         this,
 572                         caption,
 573                         default_dir->absolutePath()
 574                       );
 575   // user hit cancel?
 576   if (muway_dir.isNull())
 577     return;
 578   // try to safely load
 579   try {
 580     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 581     // but this should work for the moment.
 582     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 583
 584     MussaRef m = Mussa::init();
 585     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 586     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 587             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 588     m->load(converted_path);
 589     // only switch mussas if we loaded without error
 590     if (analysis->empty()) {
 591       // our current window is empty so load and replace.
 592       setAnalysis(m);
 593       updateTitle();
 594       default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 595     } else {
 596       MussaWindow *win = new MussaWindow(m);
 597       updateTitle();
 598       win->default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 599       win->show();
 600     }
 601   } catch (boost::filesystem::filesystem_error e) {
 602     QString msg("Unable to load ");
 603     msg += muway_dir;
 604     msg += "\n";
 605     msg += e.what();
 606     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 607   } catch (mussa_load_error e) {
 608     QString msg("Unable to load ");
 609     msg += muway_dir;
 610     msg += "\n";
 611     msg += e.what();
 612     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 613   }
 614   assert (analysis != 0);
 615 }
 616
 617 void MussaWindow::newMussaWindow()
 618 {
 619   MussaWindow *win = new MussaWindow(Mussa::init());
 620   win->default_dir = default_dir;
 621   win->show();
 622 }
 623
 624 void MussaWindow::setSoftThreshold(int value)
 625 {
 626   if (analysis->get_soft_threshold() != value) {
 627     threshold->setEnabled( false );
 628     analysis->set_soft_threshold(value);
 629     analysis->nway();
 630     updateLinks();
 631     update();
 632     threshold->setEnabled( true );
 633   }
 634 }
 635
 636 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 637 {
 638   if (mussaViewTB->isVisible())
 639     mussaViewTB->hide();
 640   else
 641     mussaViewTB->show();
 642 }
 643
 644 void MussaWindow::showBasePairsCopied(size_t bp_copied)
 645 {
 646   QString msg("Copied ");
 647   QString num;
 648   num.setNum(bp_copied);
 649   msg += num + " base pairs";
 650   statusBar()->showMessage(msg, 5000);
 651 }
 652
 653
 654 void MussaWindow::toggleMotifs()
 655 {
 656   NotImplementedBox();
 657 }
 658
 659 void MussaWindow::showManual()
 660 {
 661 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 662   if (manualAssistant) {
 663     manualAssistant->openAssistant();
 664   } else {
 665     QMessageBox::warning(this,
 666                          tr("Mussa Help Error"),
 667                          tr("QtAssistant not setup correctly"),
 668                          QMessageBox::Ok,
 669                          QMessageBox::NoButton,
 670                          QMessageBox::NoButton);
 671   }
 672 #else
 673   QUrl manual_url("http://woldlab.caltech.edu/~king/mussagl_manual/");
 674   if (not QDesktopServices::openUrl(manual_url)) {
 675     QMessageBox::warning(this,
 676                          tr("Mussa Help Error"),
 677                          tr("Unable to launch webbrowser"),
 678                          QMessageBox::Ok,
 679                          QMessageBox::NoButton,
 680                          QMessageBox::NoButton);
 681   }
 682 #endif //QT_QTASSISTANT_FOUND
 683 }
 684
 685 void MussaWindow::assistantError(QString message)
 686 {
 687   //std::cout << "QAssistantError: " << message.toStdString() << "\n";
 688   QMessageBox::warning ( this, "Warning: Mussagl Manual", message,
 689                          QMessageBox::Ok,
 690                          QMessageBox::NoButton);
 691 }
 692
 693 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 694 {
 695   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 696 }
 697
 698 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 699 {
 700   const set<int>& selected_paths = browser->selectedPaths();
 701   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 702     QMessageBox::warning(this,
 703                          QObject::tr("mussa"),
 704                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 705                                      "first"));
 706   } else {
 707     MussaAlignedWindowRef ma_win(
 708       new MussaAlignedWindow(analysis, default_dir, selected_paths, subanalysis_window)
 709     );
 710
 711     aligned_windows.push_back(ma_win);
 712     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 713             aligned_windows.back().get(), SLOT(update()));
 714     aligned_windows.back()->show();
 715   }
 716 }
 717
 718 void MussaWindow::updateAnalysis()
 719 {
 720   const Mussa::vector_sequence_type& seqs = analysis->sequences();
 721   browser->setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 722   assert(browser->sequences().size() == analysis->size());
 723
 724   // setRange eventually emits something that causes updateLinks to be called
 725   // but it's possible for us to not have had a chance to set out sequences
 726   // yet.
 727   threshold->setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 728   updateLinks();
 729   browser->zoomOut();
 730   zoom->setValue(browser->zoom());
 731 }
 732
 733 void MussaWindow::updateAnnotations()
 734 {
 735   // motifs were changed in the sequences by
 736   // Mussa::update_sequences_motifs
 737   emit changedAnnotations();
 738   browser->update();
 739 }
 740
 741 void MussaWindow::updateLinks()
 742 {
 743   if(browser->sequences().size() == 0) {
 744     // we don't have any sequences load so we have no business setting links
 745     return;
 746   }
 747
 748   browser->clear_links();
 749   bool reversed = false;
 750   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 751
 752   typedef list<ConservedPath> conserved_paths;
 753   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 754   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 755       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 756       ++path_itor)
 757   {
 758     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 759     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 760     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 761     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 762     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 763     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 764
 765     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 766     vector<int> normalized_path;
 767     normalized_path.reserve(track_len);
 768     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 769     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 770     {
 771       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 772       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 773       // track of the score we can put grab the depth here.
 774       //
 775       // are we reverse complimented?
 776       if ( x>=0) {
 777         reversed = false;
 778       } else {
 779         reversed = true;
 780         // make positive
 781         x = -x;
 782       }
 783       normalized_path.push_back(x);
 784       rc_flags.push_back(reversed);
 785     }
 786     browser->link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 787   }
 788   browser->update();
 789 }
 790
 791 void
 792 MussaWindow::updateProgress(const QString& description, int current, int max)
 793 {
 794   // if we're done
 795   if (current == max) {
 796     if (progress_dialog != 0) {
 797       progress_dialog->hide();
 798       delete progress_dialog;
 799       progress_dialog = 0;
 800     }
 801   } else {
 802     // if we're starting, create the dialog
 803     if (progress_dialog == 0) {
 804       QString cancel("Cancel");
 805       progress_dialog = new QProgressDialog(description, cancel, current, max, this);
 806       progress_dialog->show();
 807     } else {
 808       // just update the dialog
 809       progress_dialog->setValue(current);
 810     }
 811   }
 812   qApp->processEvents();
 813 }
 814
 815 void MussaWindow::updateAnalysisModified(bool is_modified)
 816 {
 817   setWindowModified(is_modified);
 818 }
 819
 820 void MussaWindow::updateTitle()
 821 {
 822   if (analysis) {
 823     QString title(analysis->get_title().c_str());
 824     title += "[*]";
 825     setWindowTitle(title);
 826   }
 827 }