qui/MussaWindow.cpp

   1 #include "py/python.hpp"
   2 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   3 #include "mussa_exceptions.hpp"
   4
   5 #include <QAction>
   6 #include <QApplication>
   7 #include <QAssistantClient>
   8 #include <QCloseEvent>
   9 #include <QDir>
  10 #include <QFileDialog>
  11 #include <QHBoxLayout>
  12 #include <QIcon>
  13 #include <QMenuBar>
  14 #include <QMessageBox>
  15 #include <QScrollBar>
  16 #include <QStatusBar>
  17 #include <QString>
  18 #include <QStringList>
  19 #include <QWhatsThis>
  20
  21 #include <memory>
  22 #include <iterator>
  23 #include <iostream>
  24
  25 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  26 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  27 namespace fs = boost::filesystem;
  28 #include <boost/bind.hpp>
  29
  30 using namespace std;
  31
  32 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  33   QMainWindow(parent),
  34   analysis(analysis_),
  35   motif_editor(0),
  36   setup_analysis_dialog(this),
  37   browser(this),
  38   mussaViewTB("Path Views"),
  39   zoom(),
  40   threshold(),
  41   progress_dialog(0),
  42   aboutAction(0),
  43   closeAction(0),
  44   createNewAnalysisAction(0),
  45   createSubAnalysisAction(0),
  46   editMotifsAction(0),
  47   loadMotifListAction(0),
  48   loadMupaAction(0),
  49   loadSavedAnalysisAction(0),
  50   mussaManualAssistantAction(0),
  51   newMussaWindowAction(0),
  52   saveMotifListAction(0),
  53   showMussaViewToolbarAction(0),
  54   toggleMotifsAction(0),
  55   saveBrowserPixmapAction(0),
  56   whatsThisAction(0),
  57   viewMussaAlignmentAction(0),
  58   manualAssistant(0)
  59 {
  60   setupActions();
  61   setupMainMenu();
  62   setupAssistant();
  63
  64   //This next setWhatsThis function prevents
  65   // a segfault when using WhatsThis feature with
  66   // opengl widget.
  67   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  68   setCentralWidget(&browser);
  69   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  70   // to call update()
  71   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  72
  73   //mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  74   mussaViewTB.addWidget(&zoom);
  75
  76   connect(&zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  77           &browser, SLOT(setZoom(double)));
  78
  79   // threshold range is set in updateAnalysis
  80
  81   //scene->setClipPlane(20);
  82   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  83   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  84   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  85   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  86           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  87   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  88
  89   addToolBar(&mussaViewTB);
  90
  91   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  92   connect(analysis, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  93           this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
  94   updateAnalysis();
  95 }
  96
  97 void MussaWindow::setAnalysis(Mussa *new_analysis)
  98 {
  99   if (new_analysis != 0) {
 100     // only switch mussas if we loaded without error
 101     clear();
 102     delete analysis;
 103     analysis = new_analysis;
 104     setWindowTitle(analysis->get_name().c_str());
 105     updateAnalysis();
 106   }
 107 }
 108
 109 void MussaWindow::setupActions()
 110 {
 111   // we really don't want to run this more than once.
 112   assert (closeAction == 0);
 113
 114   // the ever popular about box
 115   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 116   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 117   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 118
 119   // add exit
 120   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 121   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 122   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 123   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 124
 125   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Create Analysis"), this);
 126   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 127           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 128   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 129
 130   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Add to Subanalysis"), this);
 131   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 132           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 133
 134   saveAnalysisAction = new QAction(tr("&Save Analysis"), this);
 135   connect(saveAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 136           this, SLOT(saveAnalysis()));
 137   saveAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 138
 139   saveAnalysisAsAction = new QAction(tr("Save Analysis &As"), this);
 140   connect(saveAnalysisAsAction, SIGNAL(triggered()),
 141           this, SLOT(saveAnalysisAs()));
 142   saveAnalysisAsAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 143
 144   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 145   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 146
 147   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 148   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 149           this, SLOT(loadMotifList()));
 150   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 151
 152   loadMupaAction = new QAction(tr("Create Analysis from File"), this);
 153   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 154           this, SLOT(loadMupa()));
 155   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 156
 157   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load Existing &Analysis"), this);
 158   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 159           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 160   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 161
 162   mussaManualAssistantAction = new QAction(tr("Mussagl Manual..."), this);
 163   mussaManualAssistantAction->setIcon(QIcon(":/icons/contents.png"));
 164   connect(mussaManualAssistantAction, SIGNAL(triggered()),
 165           this, SLOT(showManual()));
 166
 167   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 168   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 169   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 170           this, SLOT(newMussaWindow()));
 171   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 172
 173   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 174   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 175           this, SLOT(saveMotifList()));
 176   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 177
 178   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 179   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 180           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 181   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 182   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 183
 184   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 185   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 186           this, SLOT(toggleMotifs()));
 187   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 188   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 189   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 190                                    "You can load motif annotations via "
 191                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 192
 193   //Save pixel map action
 194   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 195   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 196           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 197   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 198
 199   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View sequence alignment"), this);
 200   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 201           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 202   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 203                                             "showing alignment of the seqcomp "
 204                                             "defined paths"));
 205
 206   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 207   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 208
 209
 210 }
 211
 212 void MussaWindow::closeEvent(QCloseEvent *event)
 213 {
 214   if(isClearingAnalysisSafe()) {
 215     event->accept();
 216   } else {
 217     event->ignore();
 218   }
 219 }
 220
 221 void MussaWindow::setupMainMenu()
 222 {
 223   // we need to run setupActions first
 224   assert (closeAction != 0);
 225
 226   QMenu *newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 227
 228   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 229   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 230   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 231   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 232   newMenu->addAction(saveAnalysisAction);
 233   newMenu->addAction(saveAnalysisAsAction);
 234   newMenu->addSeparator();
 235   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 236   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 237   newMenu->addSeparator();
 238   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 239   newMenu->addSeparator();
 240   newMenu->addAction(closeAction);
 241
 242   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Edit"));
 243   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 244   newMenu->addAction(&browser.getCopySelectedSequenceAsFastaAction());
 245   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 246
 247   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 248   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 249   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 250
 251   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 252   newMenu->addAction(mussaManualAssistantAction);
 253   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 254   newMenu->addSeparator();
 255   newMenu->addAction(aboutAction);
 256
 257   // add some extra features to the context menu
 258   QMenu& popupMenu = browser.getPopupMenu();
 259   popupMenu.addAction(viewMussaAlignmentAction);
 260   popupMenu.addAction(createSubAnalysisAction);
 261 }
 262
 263 void MussaWindow::setupAssistant()
 264 {
 265 #if defined(QT_ASSISTANT_FOUND)
 266   QStringList manualAssistantArgs;
 267   manualAssistantArgs = QStringList();
 268   manualAssistantArgs << "-profile" << "./doc/manual/mussagl_manual.adp";
 269   manualAssistant = new QAssistantClient("assistant", this);
 270   manualAssistant->setArguments(manualAssistantArgs);
 271   connect(manualAssistant, SIGNAL(error(QString)),
 272           this, SLOT(assistantError(QString)));
 273 #endif
 274 }
 275
 276 void MussaWindow::about()
 277 {
 278   QString msg("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 279               "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 280               "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n");
 281    msg += "\n\r";
 282    msg += "Path: ";
 283    msg += QDir::currentPath();
 284    msg += "\n";
 285    msg += "OpenGL: ";
 286    msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 287    msg += "\n";
 288    QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 289 }
 290
 291 void MussaWindow::clear()
 292 {
 293   aligned_windows.clear();
 294   browser.clear();
 295 }
 296
 297 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 298 {
 299   try {
 300     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 301     // but this should work for the moment.
 302     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 303
 304     if (setup_analysis_dialog.exec()) {
 305       Mussa *m = 0;
 306       m = setup_analysis_dialog.getMussa();
 307       setAnalysis(m);
 308     }
 309   } catch(mussa_error e) {
 310     QString msg(e.what());
 311     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 312   }
 313 }
 314
 315 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 316 {
 317   list<SequenceLocation> result;
 318   SequenceLocationModel& model = subanalysis_window.getModel();
 319   browser.copySelectedTracksAsSeqLocation(result);
 320   for(list<SequenceLocation>::iterator result_itor = result.begin();
 321       result_itor != result.end();
 322       ++result_itor)
 323   {
 324     model.push_back(*result_itor);
 325   }
 326
 327   if (not subanalysis_window.isVisible()) {
 328     subanalysis_window.show();
 329   }
 330 }
 331
 332 void MussaWindow::saveAnalysis()
 333 {
 334   // if we've got an analysis
 335   if (analysis and not analysis->empty()) {
 336     // if it doesn't have a name we need to pick one
 337     if (analysis->get_analysis_path().empty()) {
 338       saveAnalysisAs();
 339     }
 340     // if we've got a name, has it changed any?
 341     else if (analysis->is_dirty()) {
 342       analysis->save();
 343     }
 344   }
 345 }
 346
 347 void MussaWindow::saveAnalysisAs()
 348 {
 349   std::auto_ptr<QFileDialog> dialog(new QFileDialog(this));
 350   dialog->setAcceptMode(QFileDialog::AcceptSave);
 351   dialog->setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 352
 353   QStringList fileNames;
 354   if (not dialog->exec()) {
 355     return;
 356   }
 357   fileNames = dialog->selectedFiles();
 358
 359   if (fileNames.size() != 1) {
 360     return;
 361   }
 362
 363   fs::path save_path(fileNames[0].toStdString());
 364   // do you want to overwrite?
 365   if (fs::exists(save_path) and
 366       QMessageBox::question(
 367         this,
 368         tr("Overwrite File? -- Mussa"),
 369         tr("A file called %1 already exists"
 370            "do you want to overwrite it?")
 371            .arg(fileNames[0]),
 372         tr("&Yes"), tr("&No"),
 373         QString(), 0, 1)
 374       ) {
 375     return;
 376   }
 377   analysis->save(save_path);
 378 }
 379
 380 bool MussaWindow::isClearingAnalysisSafe()
 381 {
 382   if (analysis and not analysis->empty() and analysis->is_dirty()) {
 383     switch (QMessageBox::question(
 384       this,
 385       tr("Save Unsaved Changes -- Mussa"),
 386       tr("There are unsaved changes,\ndo you want to save?"),
 387       tr("&Yes"), tr("&No"), tr("&Cancel"),
 388       0, 2)) {
 389     case 0:
 390       // save
 391       saveAnalysis();
 392       break;
 393     case 1:
 394       // don't save
 395       break;
 396     case 2:
 397       // don't replace
 398       return false;
 399       break;
 400     default:
 401       // error
 402       throw runtime_error("isClearingAnalysis QMesageBox failure");
 403     }
 404   }
 405   // if we're here we've been saved and can replace
 406   return true;
 407 }
 408
 409 void MussaWindow::editMotifs()
 410 {
 411   if (motif_editor != 0) {
 412     motif_editor->hide();
 413     delete motif_editor;
 414   }
 415   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 416   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 417           this, SLOT(updateAnnotations()));
 418   motif_editor->show();
 419 }
 420
 421 void MussaWindow::loadMotifList()
 422 {
 423   QString caption("Load a motif list");
 424   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 425   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 426                                                    caption,
 427                                                    QDir::currentPath(),
 428                                                    filter);
 429   // user hit cancel?
 430   if (path.isNull())
 431     return;
 432   // try to load safely
 433   try {
 434     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 435     analysis->load_motifs(converted_path);
 436   } catch (runtime_error e) {
 437     QString msg("Unable to load ");
 438     msg += path;
 439     msg += "\n";
 440     msg += e.what();
 441     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 442   }
 443   assert (analysis != 0);
 444 }
 445
 446 void MussaWindow::saveMotifList()
 447 {
 448   NotImplementedBox();
 449 }
 450
 451 void MussaWindow::loadMupa()
 452 {
 453   QString caption("Load a mussa parameter file");
 454   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 455   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 456                                                    caption,
 457                                                    QDir::currentPath(),
 458                                                    filter);
 459   // user hit cancel?
 460   if (mupa_path.isNull())
 461     return;
 462   // try to load safely
 463   try {
 464     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 465     // but this should work for the moment.
 466     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 467
 468     Mussa *m = new Mussa;
 469     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 470     connect(m, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
 471             this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
 472     m->load_mupa_file(converted_path);
 473     m->analyze();
 474     setAnalysis(m);
 475     setWindowTitle(converted_path.native_file_string().c_str());
 476   } catch (mussa_load_error e) {
 477     QString msg("Unable to load ");
 478     msg += mupa_path;
 479     msg += "\n";
 480     msg += e.what();
 481     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 482   }
 483   assert (analysis != 0);
 484 }
 485
 486 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 487 {
 488   QString caption("Load a previously run analysis");
 489   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 490                                                         caption,
 491                                                         QDir::currentPath());
 492   // user hit cancel?
 493   if (muway_dir.isNull())
 494     return;
 495   // try to safely load
 496   try {
 497     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 498     // but this should work for the moment.
 499     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 500
 501     Mussa *m = new Mussa;
 502     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 503     connect(m, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
 504             this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
 505     m->load(converted_path);
 506     // only switch mussas if we loaded without error
 507     setAnalysis(m);
 508     setWindowTitle(converted_path.native_file_string().c_str());
 509   } catch (mussa_load_error e) {
 510     QString msg("Unable to load ");
 511     msg += muway_dir;
 512     msg += "\n";
 513     msg += e.what();
 514     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 515   }
 516   assert (analysis != 0);
 517 }
 518
 519 void MussaWindow::newMussaWindow()
 520 {
 521   Mussa *a = new Mussa();
 522   MussaWindow *win = new MussaWindow(a);
 523   win->show();
 524 }
 525
 526 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 527 {
 528   if (analysis->get_soft_threshold() != threshold) {
 529     analysis->set_soft_threshold(threshold);
 530     analysis->nway();
 531     updateLinks();
 532     update();
 533   }
 534 }
 535
 536 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 537 {
 538   if (mussaViewTB.isVisible())
 539     mussaViewTB.hide();
 540   else
 541     mussaViewTB.show();
 542 }
 543
 544 void MussaWindow::toggleMotifs()
 545 {
 546   NotImplementedBox();
 547 }
 548
 549 void MussaWindow::showManual()
 550 {
 551 #if QT_QTASSISTANT_FOUND
 552   manualAssistant->openAssistant();
 553 #else
 554   try {
 555     boost::python::object webopen = get_py()["webbrowser.open"];
 556     webopen("http://woldlab.caltech.edu/~king/mussagl_manual/");
 557   } catch( boost::python::error_already_set ) {
 558     PyErr_Print();
 559   }
 560 #endif //QT_QTASSISTANT_FOUND
 561 }
 562
 563 void MussaWindow::assistantError(QString message)
 564 {
 565   //std::cout << "QAssistantError: " << message.toStdString() << "\n";
 566   QMessageBox::warning ( this, "Warning: Mussagl Manual", message,
 567                          QMessageBox::Ok,
 568                          QMessageBox::NoButton);
 569 }
 570
 571 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 572 {
 573   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 574 }
 575
 576 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 577 {
 578   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 579   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 580     QMessageBox::warning(this,
 581                          QObject::tr("mussa"),
 582                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 583                                      "first"));
 584   } else {
 585     boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> ma_win(
 586       new MussaAlignedWindow(*analysis, selected_paths)
 587     );
 588
 589     aligned_windows.push_back(ma_win);
 590     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 591             aligned_windows.back().get(), SLOT(update()));
 592     aligned_windows.back()->show();
 593   }
 594 }
 595
 596 void MussaWindow::updateAnalysis()
 597 {
 598   threshold.setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 599
 600   const Mussa::vector_sequence_type& seqs = analysis->sequences();
 601   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 602   updateLinks();
 603   browser.zoomOut();
 604   zoom.setValue(browser.zoom());
 605 }
 606
 607 void MussaWindow::updateAnnotations()
 608 {
 609   // motifs were changed in the sequences by
 610   // Mussa::update_sequences_motifs
 611   emit changedAnnotations();
 612   browser.update();
 613 }
 614
 615 void MussaWindow::updateLinks()
 616 {
 617   browser.clear_links();
 618   bool reversed = false;
 619   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 620
 621   typedef list<ConservedPath> conserved_paths;
 622   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 623   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 624       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 625       ++path_itor)
 626   {
 627     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 628     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 629     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 630     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 631     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 632     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 633
 634     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 635     vector<int> normalized_path;
 636     normalized_path.reserve(track_len);
 637     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 638     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 639     {
 640       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 641       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 642       // track of the score we can put grab the depth here.
 643       //
 644       // are we reverse complimented?
 645       if ( x>=0) {
 646         reversed = false;
 647       } else {
 648         reversed = true;
 649         // make positive
 650         x = -x;
 651       }
 652       normalized_path.push_back(x);
 653       rc_flags.push_back(reversed);
 654     }
 655     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 656   }
 657   browser.update();
 658 }
 659
 660 void
 661 MussaWindow::updateProgress(const string& description, int current, int max)
 662 {
 663   // if we're done
 664   if (current == max) {
 665     if (progress_dialog != 0) {
 666       progress_dialog->hide();
 667       delete progress_dialog;
 668       progress_dialog = 0;
 669     }
 670   } else {
 671     // if we're starting, create the dialog
 672     if (progress_dialog == 0) {
 673       QString desc(description.c_str());
 674       QString cancel("Cancel");
 675       progress_dialog = new QProgressDialog(desc, cancel, current, max, this);
 676       progress_dialog->show();
 677     } else {
 678       // just update the dialog
 679       progress_dialog->setValue(current);
 680     }
 681   }
 682   qApp->processEvents();
 683 }