qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <QMainWindow>
   5 #include <QPixmap>
   6 #include <QSpinBox>
   7 #include <QToolBar>
   8
   9 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  10 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  11
  12 class QAction;
  13 class Mussa;
  14
  15 class MussaWindow : public QMainWindow
  16 {
  17   Q_OBJECT
  18
  19 public:
  20   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  21
  22 public slots:
  23   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  24   void about();
  25
  26   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  27   //\@{
  28   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  29   void createNewAnalysis();
  30   //! launch a sub analysis
  31   void createSubAnalysis();
  32   //\@}
  33
  34   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  35   //\@{
  36   //! load motifs
  37   void loadMotifList();
  38   void saveMotifList();
  39   void toggleMotifs();
  40   //\@}
  41
  42   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  43   void loadMupa();
  44   //! load a previously run analysis
  45   void loadSavedAnalysis();
  46   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  47   void setSoftThreshold(int thres);
  48
  49   void showMussaToolbar();
  50
  51 protected:
  52   Mussa *analysis;
  53   // display our wonderful mussa output
  54   SequenceBrowserWidget browser;
  55   QToolBar mussaViewTB;
  56   QSpinBox zoomBox;
  57   ThresholdWidget threshold;
  58
  59   QAction *aboutAction;
  60   QAction *closeAction;
  61   QAction *createNewAnalysisAction;
  62   QAction *createSubAnalysisAction;
  63   QAction *loadMotifListAction;
  64   QAction *loadMupaAction;
  65   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  66   QAction *saveMotifListAction;
  67   QAction *showMussaViewToolbarAction;
  68   QAction *toggleMotifsAction;
  69   QAction *whatsThisAction;
  70   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  71
  72   //! initialze the actions
  73   void setupActions();
  74   //! initialize this windows menu object
  75   void setupMainMenu();
  76   //! stub function to fill in QActions
  77   void NotImplementedBox();
  78   //! update the SequenceBrowser with our analysis
  79   void updateAnalysis();
  80   //! update the view of conserved windows
  81   void updateLinks();
  82 };
  83
  84 #endif