qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QMainWindow>
   8 #include <QPixmap>
   9 #include <QProgressDialog>
  10 #include <QSpinBox>
  11 #include <QToolBar>
  12
  13 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  14 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  15 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  16 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  17 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  18 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  19 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  20
  21
  22 class QAction;
  23 class QLabel;
  24 class QStringList;
  25 class Mussa;
  26 class QAssistantClient;
  27
  28 class MussaWindow : public QMainWindow
  29 {
  30   Q_OBJECT
  31
  32 public:
  33   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  34   ~MussaWindow();
  35
  36   //! reset any attached window
  37   void clear();
  38
  39   //! switch to a new analysis
  40   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  41 public slots:
  42   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  43   void about();
  44
  45   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  46   //\@{
  47   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  48   void createNewAnalysis();
  49   //! launch a sub analysis
  50   void createSubAnalysis();
  51   //\@}
  52
  53   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  54   //\@{
  55   //! load motifs
  56   void editMotifs();
  57   void loadMotifList();
  58   void saveMotifList();
  59   void toggleMotifs();
  60   //\@}
  61
  62   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  63   void loadMupa();
  64   //! load a previously run analysis
  65   void loadSavedAnalysis();
  66   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  67   void setSoftThreshold(int thres);
  68   //! update progress bar
  69   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  70
  71   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  72   void newMussaWindow();
  73
  74   void showMussaToolbar();
  75
  76   //! open new window showing our alignment
  77   void viewMussaAlignment();
  78
  79   //! display mussagl manual
  80   void showManual();
  81
  82   void assistantError(const QString message);
  83
  84 signals:
  85   void changedAnnotations();
  86
  87 protected:
  88   Mussa *analysis;
  89   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
  90   MotifEditor *motif_editor;
  91   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  92   SubanalysisWindow subanalysis_window;
  93
  94   // display our wonderful mussa output
  95   SequenceBrowserWidget browser;
  96   QToolBar mussaViewTB;
  97   ZoomWidget zoom;
  98   ThresholdWidget threshold;
  99   QProgressDialog *progress_dialog;
 100
 101   QAction *aboutAction;
 102   QAction *closeAction;
 103   QAction *createNewAnalysisAction;
 104   QAction *createSubAnalysisAction;
 105   QAction *editMotifsAction;
 106   QAction *loadMotifListAction;
 107   QAction *loadMupaAction;
 108   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 109   QAction *mussaManualAssistantAction;
 110   QAction *newMussaWindowAction;
 111   QAction *saveMotifListAction;
 112   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 113   QAction *toggleMotifsAction;
 114   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 115   QAction *whatsThisAction;
 116   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 117
 118   QAssistantClient *manualAssistant;
 119
 120   //! initialze the actions
 121   void setupActions();
 122   //! initialize this windows menu object
 123   void setupMainMenu();
 124   //! initialize assistant client
 125   void setupAssistant();
 126   //! stub function to fill in QActions
 127   void NotImplementedBox();
 128
 129 protected slots:
 130   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 131   void updateAnalysis();
 132   //! update the view of conserved windows
 133   void updateLinks();
 134   //! update annotations?
 135   void updateAnnotations();
 136 };
 137
 138 #endif