qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QPixmap>
   8 #include <QSpinBox>
   9 #include <QToolBar>
  10
  11 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  12 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  13 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  15 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  16 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  17
  18
  19 class QAction;
  20 class QLabel;
  21 class Mussa;
  22
  23 class MussaWindow : public QMainWindow
  24 {
  25   Q_OBJECT
  26
  27 public:
  28   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  29   ~MussaWindow();
  30
  31   //! switch to a new analysis
  32   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  33 public slots:
  34   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  35   void about();
  36
  37   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  38   //\@{
  39   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  40   void createNewAnalysis();
  41   //! launch a sub analysis
  42   void createSubAnalysis();
  43   //\@}
  44
  45   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  46   //\@{
  47   //! load motifs
  48   void editMotifs();
  49   void loadMotifList();
  50   void saveMotifList();
  51   void toggleMotifs();
  52   //\@}
  53
  54   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  55   void loadMupa();
  56   //! load a previously run analysis
  57   void loadSavedAnalysis();
  58   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  59   void setSoftThreshold(int thres);
  60
  61   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  62   void newMussaWindow();
  63
  64   void showMussaToolbar();
  65
  66   //! open new window showing our alignment
  67   void viewMussaAlignment();
  68
  69 signals:
  70   void changedAnnotations();
  71
  72 protected:
  73   Mussa *analysis;
  74   std::list<MussaAlignedWindow *> aligned_windows;
  75   MotifEditor *motif_editor;
  76   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  77
  78   // display our wonderful mussa output
  79   SequenceBrowserWidget browser;
  80   QToolBar mussaViewTB;
  81   ZoomWidget zoom;
  82   ThresholdWidget threshold;
  83
  84   QAction *aboutAction;
  85   QAction *closeAction;
  86   QAction *createNewAnalysisAction;
  87   QAction *createSubAnalysisAction;
  88   QAction *editMotifsAction;
  89   QAction *loadMotifListAction;
  90   QAction *loadMupaAction;
  91   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  92   QAction *newMussaWindowAction;
  93   QAction *saveMotifListAction;
  94   QAction *showMussaViewToolbarAction;
  95   QAction *toggleMotifsAction;
  96   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  97   QAction *whatsThisAction;
  98   QAction *viewMussaAlignmentAction;
  99
 100   //! initialze the actions
 101   void setupActions();
 102   //! initialize this windows menu object
 103   void setupMainMenu();
 104   //! stub function to fill in QActions
 105   void NotImplementedBox();
 106
 107 protected slots:
 108   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 109   void updateAnalysis();
 110   //! update the view of conserved windows
 111   void updateLinks();
 112   //! update annotations?
 113   void updateAnnotations();
 114 };
 115
 116 #endif