qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QCloseEvent>
   8 #include <QDir>
   9 #include <QMainWindow>
  10 #include <QPixmap>
  11 #include <QProgressDialog>
  12 #include <QSpinBox>
  13 #include <QToolBar>
  14
  15 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  16 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  17 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  18 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  19 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  20 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  21 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  22
  23
  24 class QAction;
  25 class QLabel;
  26 class QStringList;
  27 class Mussa;
  28 class QAssistantClient;
  29
  30 class MussaWindow : public QMainWindow
  31 {
  32   Q_OBJECT
  33
  34 public:
  35   MussaWindow(MussaRef analysis, QWidget *parent=0);
  36
  37   //! reset any attached window
  38   void clear();
  39
  40   //! switch to a new analysis
  41   void setAnalysis(MussaRef new_analysis);
  42
  43   //! ask the user what to do if we're going to lose data
  44   //! returns true if getting rid of this analysis is safe
  45   bool isClearingAnalysisSafe();
  46
  47 public slots:
  48   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  49   void about();
  50
  51   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  52   //\@{
  53   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  54   void createNewAnalysis();
  55   //! launch a sub analysis
  56   void createSubAnalysis();
  57   //! save an analysis
  58   void saveAnalysis();
  59   //! save an analysis after prompting for new name
  60   void saveAnalysisAs();
  61   //! set the window modified flag
  62   void updateAnalysisModified(bool);
  63   //! try to conver the mussa analysis_path to a title
  64   void updateTitle();
  65   //\@}
  66
  67   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  68   //\@{
  69   //! load motifs
  70   void editMotifs();
  71   void loadMotifList();
  72   void saveMotifList();
  73   void toggleMotifs();
  74   //\@}
  75
  76   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  77   void loadMupa();
  78   //! load a previously run analysis
  79   void loadSavedAnalysis();
  80   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  81   void setSoftThreshold(int thres);
  82   //! update progress bar
  83   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  84
  85   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  86   void newMussaWindow();
  87
  88   void showMussaToolbar();
  89   //! display how many base pairs were copied on the status bar
  90   void showBasePairsCopied(size_t);
  91
  92
  93   //! open new window showing our alignment
  94   void viewMussaAlignment();
  95
  96   //! display mussagl manual
  97   void showManual();
  98
  99   void assistantError(const QString message);
 100
 101 signals:
 102   void changedAnnotations();
 103   void changedMotifs();
 104
 105 protected:
 106   //! shared_ptr to our analysis
 107   MussaRef analysis;
 108   //! the default directory we should loand and save from
 109   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
 110   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
 111   MotifEditor *motif_editor;
 112   MussaSetupDialog *setup_analysis_dialog;
 113   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
 114
 115   // display our wonderful mussa output
 116   SequenceBrowserWidget *browser;
 117   QToolBar *mussaViewTB;
 118   ZoomWidget *zoom;
 119   ThresholdWidget *threshold;
 120   QProgressDialog *progress_dialog;
 121
 122   QAction *aboutAction;
 123   QAction *closeAction;
 124   QAction *createNewAnalysisAction;
 125   QAction *createSubAnalysisAction;
 126   QAction *saveAnalysisAction;
 127   QAction *saveAnalysisAsAction;
 128   QAction *editMotifsAction;
 129   QAction *loadMotifListAction;
 130   QAction *loadMupaAction;
 131   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 132   QAction *mussaManualAssistantAction;
 133   QAction *newMussaWindowAction;
 134   QAction *saveMotifListAction;
 135   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 136   QAction *toggleMotifsAction;
 137   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 138   QAction *whatsThisAction;
 139   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 140
 141   QAssistantClient *manualAssistant;
 142
 143   //! initialze the actions
 144   void setupActions();
 145   //! handle close events (AKA prompt if we should save)
 146   void closeEvent(QCloseEvent *event);
 147   //! initialize this windows menu object
 148   void setupMainMenu();
 149   //! initialize assistant client
 150   void setupAssistant();
 151   //! stub function to fill in QActions
 152   void NotImplementedBox();
 153
 154 protected slots:
 155   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 156   void updateAnalysis();
 157   //! update the view of conserved windows
 158   void updateLinks();
 159   //! update annotations?
 160   void updateAnnotations();
 161 };
 162
 163 #endif