qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QCloseEvent>
   8 #include <QDir>
   9 #include <QMainWindow>
  10 #include <QPixmap>
  11 #include <QProgressDialog>
  12 #include <QSpinBox>
  13 #include <QToolBar>
  14
  15 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  16 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  17 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  18 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  19 #include "qui/subanalysis/SubanalysisWindow.hpp"
  20 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  21 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  22
  23
  24 class QAction;
  25 class QLabel;
  26 class QStringList;
  27 class Mussa;
  28 class QAssistantClient;
  29 class MussaWindow;
  30
  31 typedef boost::shared_ptr<MussaWindow> MussaWindowRef;
  32
  33 class MussaWindow : public QMainWindow
  34 {
  35   Q_OBJECT
  36
  37 public:
  38   MussaWindow(MussaRef analysis, QWidget *parent=0);
  39
  40 public:
  41   //! reset any attached window
  42   void clear();
  43
  44   //! switch to a new analysis
  45   void setAnalysis(MussaRef new_analysis);
  46
  47   //! ask the user what to do if we're going to lose data
  48   //! returns true if getting rid of this analysis is safe
  49   bool isClearingAnalysisSafe();
  50
  51 public slots:
  52   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  53   void about();
  54
  55   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  56   //\@{
  57   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  58   void createNewAnalysis();
  59   //! launch a sub analysis
  60   void createSubAnalysis();
  61   //! save an analysis
  62   void saveAnalysis();
  63   //! save an analysis after prompting for new name
  64   void saveAnalysisAs();
  65   //! set the window modified flag
  66   void updateAnalysisModified(bool);
  67   //! try to conver the mussa analysis_path to a title
  68   void updateTitle();
  69   //\@}
  70
  71   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  72   //\@{
  73   //! load motifs
  74   void editMotifs();
  75   void loadMotifList();
  76   void saveMotifList();
  77   void toggleMotifs();
  78   //\@}
  79
  80   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  81   void loadMupa();
  82   //! load a previously run analysis
  83   void loadSavedAnalysis();
  84   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  85   void setSoftThreshold(int thres);
  86   //! update progress bar
  87   void updateProgress(const QString& description, int cur, int max);
  88
  89   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  90   void newMussaWindow();
  91
  92   void showMussaToolbar();
  93   //! display how many base pairs were copied on the status bar
  94   void showBasePairsCopied(size_t);
  95
  96
  97   //! open new window showing our alignment
  98   void viewMussaAlignment();
  99
 100   //! display mussagl manual
 101   void showManual();
 102
 103   void assistantError(const QString message);
 104
 105 signals:
 106   void changedAnnotations();
 107   void changedMotifs();
 108
 109 protected:
 110   //! shared_ptr to our analysis
 111   MussaRef analysis;
 112   //! the default directory we should loand and save from
 113   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
 114   std::list<MussaAlignedWindowRef> aligned_windows;
 115   MotifEditor *motif_editor;
 116   MussaSetupDialog *setup_analysis_dialog;
 117   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
 118
 119   // display our wonderful mussa output
 120   SequenceBrowserWidget *browser;
 121   QToolBar *mussaViewTB;
 122   ZoomWidget *zoom;
 123   ThresholdWidget *threshold;
 124   QProgressDialog *progress_dialog;
 125
 126   QAction *aboutAction;
 127   QAction *closeAction;
 128   QAction *createNewAnalysisAction;
 129   QAction *createSubAnalysisAction;
 130   QAction *saveAnalysisAction;
 131   QAction *saveAnalysisAsAction;
 132   QAction *editMotifsAction;
 133   QAction *loadMotifListAction;
 134   QAction *loadMupaAction;
 135   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 136   QAction *mussaManualAssistantAction;
 137   QAction *newMussaWindowAction;
 138   QAction *saveMotifListAction;
 139   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 140   QAction *toggleMotifsAction;
 141   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 142   QAction *whatsThisAction;
 143   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 144
 145   QAssistantClient *manualAssistant;
 146
 147   //! initialze the actions
 148   void setupActions();
 149   //! handle close events (AKA prompt if we should save)
 150   void closeEvent(QCloseEvent *event);
 151   //! initialize this windows menu object
 152   void setupMainMenu();
 153   //! initialize all of our widgets
 154   void setupWidgets();
 155   //! initialize assistant client
 156   void setupAssistant();
 157   //! stub function to fill in QActions
 158   void NotImplementedBox();
 159
 160 protected slots:
 161   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 162   void updateAnalysis();
 163   //! update the view of conserved windows
 164   void updateLinks();
 165   //! update annotations?
 166   void updateAnnotations();
 167 };
 168
 169 #endif