qui/PathWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/PathScene.hpp"
  14 #include "qui/PathWindow.hpp"
  15 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  16 #include "mussa_exceptions.hpp"
  17
  18 #include <iostream>
  19
  20 using namespace std;
  21
  22 PathWindow::PathWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  23   QMainWindow(parent),
  24   analysis(analysis_),
  25   path_view(this),
  26   mussaViewTB("Path Views"),
  27   zoomBox(),
  28   threshold(),
  29   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  30 {
  31   setupActions();
  32   setupMainMenu();
  33
  34   //This next setWhatsThis function prevents
  35   // a segfault when using WhatsThis feature with
  36   // opengl widget.
  37   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  38   setCentralWidget(&path_view);
  39
  40   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  41
  42   zoomBox.setWhatsThis("zoom magnification factor");
  43   zoomBox.setRange(2,1000);
  44   mussaViewTB.addWidget(&zoomBox);
  45   connect(&zoomBox, SIGNAL(valueChanged(int)),
  46           &path_view.scene, SLOT(setZoom(int)));
  47
  48   threshold.setRange(19, 30);
  49   threshold.setThreshold(19);
  50   //scene->setClipPlane(20);
  51   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  52   //connect(threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  53   //        scene, SLOT(setClipPlane(int)));
  54   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  55   //        &scene, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  56   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  57
  58   addToolBar(&mussaViewTB);
  59
  60   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  61   updateAnalysis();
  62 }
  63
  64 void PathWindow::setupActions()
  65 {
  66   // we really don't want to run this more than once.
  67   assert (closeAction == 0);
  68
  69   // the ever popular about box
  70   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
  71   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
  72   aboutAction->setIcon(QIcon("icons/info.png"));
  73
  74   // add exit
  75   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
  76   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
  77   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
  78   closeAction->setIcon(QIcon("icons/exit.png"));
  79
  80   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
  81   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  82           this, SLOT(createNewAnalysis()));
  83   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/filenew.png"));
  84
  85   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
  86   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  87           this, SLOT(createSubAnalysis()));
  88
  89   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
  90   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
  91           this, SLOT(loadMotifList()));
  92
  93   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
  94   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
  95           this, SLOT(loadMupa()));
  96
  97   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
  98   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  99           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 100   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 101
 102   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 103   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 104           this, SLOT(saveMotifList()));
 105   saveMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/filesave.png"));
 106
 107   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 108   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 109           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 110   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 111   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 112
 113   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 114   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 115           this, SLOT(toggleMotifs()));
 116   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 117   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon("icons/motif_icon.png"));
 118   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 119                                    "You can load motif annotations via "
 120                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 121
 122   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 123   whatsThisAction->setIcon(QIcon("icons/help.png"));
 124
 125   //Save pixel map action
 126   saveOpenGlPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 127   connect(saveOpenGlPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 128           this, SLOT(promptSaveOpenGlPixmap()));
 129   saveOpenGlPixmapAction->setIcon(QIcon("icons/image2.png"));
 130 }
 131
 132 void PathWindow::setupMainMenu()
 133 {
 134   // we need to run setupActions first
 135   assert (closeAction != 0);
 136
 137   QMenu *newMenu;
 138   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 139   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 140   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 141   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 142   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 143   newMenu->addSeparator();
 144   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 145   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 146   newMenu->addSeparator();
 147   newMenu->addAction(saveOpenGlPixmapAction);
 148   newMenu->addSeparator();
 149   newMenu->addAction(closeAction);
 150
 151   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 152   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 153
 154   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 155   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 156   newMenu->addSeparator();
 157   newMenu->addAction(aboutAction);
 158 }
 159
 160 void PathWindow::about()
 161 {
 162   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"),
 163       tr("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 164          "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 165          "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n"));
 166 }
 167
 168 void PathWindow::createNewAnalysis()
 169 {
 170   NotImplementedBox();
 171 }
 172
 173 void PathWindow::createSubAnalysis()
 174 {
 175   NotImplementedBox();
 176 }
 177
 178
 179 void PathWindow::loadMotifList()
 180 {
 181   QString caption("Load a motif list");
 182   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 183   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 184                                                    caption,
 185                                                    QDir::currentPath(),
 186                                                    filter);
 187   // user hit cancel?
 188   if (path.isNull())
 189     return;
 190   // try to load safely
 191   try {
 192     analysis->load_motifs(path.toStdString());
 193   } catch (runtime_error e) {
 194     QString msg("Unable to load ");
 195     msg += path;
 196     msg += "\n";
 197     msg += e.what();
 198     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 199   }
 200   assert (analysis != 0);
 201 }
 202
 203 void PathWindow::saveMotifList()
 204 {
 205   NotImplementedBox();
 206 }
 207
 208 void PathWindow::loadMupa()
 209 {
 210   QString caption("Load a mussa parameter file");
 211   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 212   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 213                                                    caption,
 214                                                    QDir::currentPath(),
 215                                                    filter);
 216   // user hit cancel?
 217   if (mupa_path.isNull())
 218     return;
 219   // try to load safely
 220   try {
 221     Mussa *m = new Mussa;
 222     m->load_mupa_file(mupa_path.toStdString());
 223     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 224     // only switch mussas if we loaded without error
 225     delete analysis;
 226     analysis = m;
 227     updateAnalysis();
 228   } catch (mussa_load_error e) {
 229     QString msg("Unable to load ");
 230     msg += mupa_path;
 231     msg += "\n";
 232     msg += e.what();
 233     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 234   }
 235   assert (analysis != 0);
 236 }
 237
 238 void PathWindow::loadSavedAnalysis()
 239 {
 240   QString caption("Load a previously run analysis");
 241   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 242                                                         caption,
 243                                                         QDir::currentPath());
 244   // user hit cancel?
 245   if (muway_dir.isNull())
 246     return;
 247   // try to safely load
 248   try {
 249     Mussa *m = new Mussa;
 250     m->load(muway_dir.toStdString());
 251     // only switch mussas if we loaded without error
 252     delete analysis;
 253     analysis = m;
 254     updateAnalysis();
 255   } catch (mussa_load_error e) {
 256     QString msg("Unable to load ");
 257     msg += muway_dir;
 258     msg += "\n";
 259     msg += e.what();
 260     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 261   }
 262   assert (analysis != 0);
 263 }
 264
 265 void PathWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 266 {
 267   if (analysis->get_threshold() != threshold) {
 268     analysis->set_soft_thres(threshold);
 269     analysis->nway();
 270     updateLinks();
 271     update();
 272   }
 273 }
 274
 275 void PathWindow::showMussaToolbar()
 276 {
 277   if (mussaViewTB.isVisible())
 278     mussaViewTB.hide();
 279   else
 280     mussaViewTB.show();
 281 }
 282
 283 void PathWindow::toggleMotifs()
 284 {
 285   NotImplementedBox();
 286 }
 287
 288 void PathWindow::NotImplementedBox()
 289 {
 290   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 291 }
 292
 293 void PathWindow::promptSaveOpenGlPixmap()
 294 {
 295   QSize size;
 296   size = path_view.scene.size();
 297   //Image Save Dialog
 298   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&path_view.scene, this);
 299   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 300   int result = imageSaveDialog.exec();
 301   cout << "Result: " << result << "\n";
 302 }
 303
 304 void PathWindow::updateAnalysis()
 305 {
 306   cout << "analysis updated" << endl;
 307   path_view.scene.clear();
 308   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 309   for(vector<Sequence>::const_iterator seq_i = seqs.begin();
 310       seq_i != seqs.end();
 311       ++seq_i)
 312   {
 313     path_view.scene.push_sequence(*seq_i);
 314   }
 315   updateLinks();
 316 }
 317
 318 void PathWindow::updateLinks()
 319 {
 320   path_view.scene.clear_links();
 321   bool reversed = false;
 322   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 323
 324   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 325   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 326   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 327       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 328       ++path_itor)
 329   {
 330     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 331     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 332     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 333     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 334     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 335     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 336
 337     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 338     vector<int> normalized_path;
 339     normalized_path.reserve(track_len);
 340     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 341     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 342     {
 343       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 344       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 345       // track of the score we can put grab the depth here.
 346       //
 347       // are we reverse complimented?
 348       if ( x>=0) {
 349         reversed = false;
 350       } else {
 351         reversed = true;
 352         x = -x; // make positive
 353       }
 354       normalized_path.push_back(x);
 355       rc_flags.push_back(reversed);
 356     }
 357     path_view.scene.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 358   }
 359 }
 360