qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  22     boost::shared_ptr<QDir> default_dir_,
  23     QWidget *parent
  24 )
  25   : QScrollArea(parent),
  26     left_sidebar(0),
  27     scrollable_browser(0),
  28     right_sidebar(0),
  29     layout(0),
  30     layout_container(0)
  31 {
  32   default_dir = default_dir_;
  33
  34   layout_container = new QWidget(this);
  35   layout = new QHBoxLayout(layout_container);
  36   left_sidebar = new SequenceBrowserSidebar(layout_container);
  37   scrollable_browser = new ScrollableSequenceBrowser(layout_container);
  38   right_sidebar = new SequenceBrowserSidebar(layout_container);
  39
  40   layout->addWidget(left_sidebar, 0);
  41   layout->addWidget(scrollable_browser, 1);
  42   layout->addWidget(right_sidebar, 0);
  43
  44   layout_container->setLayout(layout);
  45   setWidget(layout_container);
  46   setWidgetResizable(true);
  47
  48   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  49   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(viewportChanged()),
  50           this, SLOT(updatePosition()));
  51   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  52           this, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)));
  53
  54   // Send the signal mouseWheelZoom signal from seq browser upward.
  55   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(mouseWheelZoom(double)),
  56           this, SIGNAL(mouseWheelZoom(double)));
  57 }
  58
  59 QSize SequenceBrowserWidget::sizeHint() const
  60 {
  61   // don't trust the layouts size computation
  62   // use some heavy handed brute force to compute
  63   // the correct size so our stupid scrollable_browser
  64   // will show the full viewport.
  65   QSize left = left_sidebar->sizeHint();
  66   QSize center = scrollable_browser->sizeHint();
  67   QSize right = right_sidebar->sizeHint();
  68
  69   int width = left.width()+center.width()+right.width();
  70   width += 2 * layout->margin();
  71   if (layout->spacing() > 0) {
  72     width += layout->spacing() * 3;
  73   }
  74   return QSize(width, center.height());
  75 }
  76
  77 void SequenceBrowserWidget::clear()
  78 {
  79   converted_sequences.clear();
  80   scrollable_browser->browser().clear();
  81
  82   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
  83   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
  84   for(size_t i = 0; i != left_sidebar->size(); ++i)
  85   {
  86     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  87                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  88     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  89                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  90   }
  91   left_sidebar->clear();
  92   right_sidebar->clear();
  93 }
  94
  95 QMenu *SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  96 {
  97   return scrollable_browser->browser().getPopupMenu();
  98 }
  99
 100 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsStringAction()
 101 {
 102   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsStringAction();
 103 }
 104
 105 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
 106 {
 107   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
 108 }
 109
 110 QAction *SequenceBrowserWidget::getEditSequencePropertiesAction()
 111 {
 112   return scrollable_browser->browser().getEditSequencePropertiesAction();
 113 }
 114
 115 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
 116 {
 117   scrollable_browser->browser().copySelectedSequenceAsFasta();
 118 }
 119
 120 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 121     std::list<SequenceLocation>& locations
 122 )
 123 {
 124   scrollable_browser->browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
 125 }
 126
 127 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 128     const std::vector<SequenceRef >& new_sequences,
 129     AnnotationColorsRef cm)
 130 {
 131   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 132   clear();
 133   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = new_sequences.begin();
 134       seq_i != new_sequences.end();
 135       ++seq_i)
 136   {
 137     // Blech *(*seq_i) is dereferencing the shared_ptr stored in the iterator.
 138     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
 139     converted_sequences.push_back(gs);
 140     browser.push_sequence(gs);
 141   }
 142   left_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 143   right_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 144
 145   // connect the text change signals to each other
 146   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 147   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 148   for(size_t i = 0; i != new_sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 149   {
 150     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 151             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 152     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 153             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 154   }
 155
 156   updatePosition();
 157 }
 158
 159 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 160   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 161 )
 162 {
 163   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 164   clear();
 165   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 166       seq_i != sequences.end();
 167       ++seq_i)
 168   {
 169     browser.push_sequence(*seq_i);
 170   }
 171   left_sidebar->setSequences(sequences);
 172   right_sidebar->setSequences(sequences);
 173   updatePosition();
 174 }
 175
 176 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 177 {
 178   return scrollable_browser->browser().sequences();
 179 }
 180
 181 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 182 {
 183   scrollable_browser->browser().clear_links();
 184 }
 185
 186 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 187                                  const std::vector<bool>& isRC,
 188                                  int length)
 189 {
 190   scrollable_browser->browser().link(path, isRC, length);
 191   scrollable_browser->browser().update();
 192 }
 193
 194 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 195 {
 196   return scrollable_browser->browser().selectedPaths();
 197 }
 198
 199 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 200 {
 201   scrollable_browser->browser().centerOnPath(paths);
 202   updatePosition();
 203 }
 204
 205 /* This could theoretically be pushed down to some set
 206  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 207  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 208  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 209  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 210  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 211  * And so though this could be better the typical use cases
 212  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 213  * or mussa output
 214  */
 215 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 216 {
 217   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 218   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 219   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 220   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 221   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 222   {
 223     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 224     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 225   }
 226   scrollable_browser->browser().update();
 227   scrollable_browser->updateScrollBar();
 228 }
 229
 230 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 231 {
 232   QSize size;
 233   size = scrollable_browser->browser().size();
 234   //Image Save Dialog
 235   ImageSaveDialog imageSaveDialog(default_dir, scrollable_browser, this);
 236   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 237   imageSaveDialog.exec();
 238 }
 239
 240 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 241 {
 242   return scrollable_browser->browser().zoom();
 243 }
 244
 245 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 246 {
 247   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomOut();
 248   scrollable_browser->updateScrollBar();
 249   return zoom_level;
 250 }
 251
 252 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 253 {
 254   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomToSequence();
 255   scrollable_browser->updateScrollBar();
 256   return zoom_level;
 257 }
 258
 259 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 260 {
 261   scrollable_browser->browser().setZoom(z);
 262 }
 263
 264 void SequenceBrowserWidget::update()
 265 {
 266   QWidget::update();
 267   scrollable_browser->browser().update();
 268 }