qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef _PATH_WIDGET_H_
   2 #define _PATH_WIDGET_H_
   3 #include <vector>
   4
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QDir>
   8 #include <QScrollArea>
   9 #include <QSize>
  10 #include <QWidget>
  11
  12 #include "alg/sequence.hpp"
  13 #include "alg/glsequence.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  15 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserSidebar.hpp"
  16
  17 //! the master widget that makes a useful Sequence Browser
  18 class SequenceBrowserWidget : public QScrollArea
  19 {
  20   Q_OBJECT
  21
  22 public:
  23   SequenceBrowserWidget(boost::shared_ptr<QDir>, QWidget *parent=0);
  24
  25   //! return the popup menu for the glcanvas (reference stored internally)
  26   QMenu *getPopupMenu();
  27   //! return our fasta copy action (reference stored internally)
  28   QAction *getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  29   //! return our string copy action (reference stored internally)
  30   QAction *getCopySelectedSequenceAsStringAction();
  31   //! return sequence properties edit action
  32   QAction *getEditSequencePropertiesAction();
  33
  34   QSize sizeHint() const;
  35
  36   //! copy selected track regions into a list of SequenceLocations
  37   void copySelectedTracksAsSeqLocation(std::list<SequenceLocation>& );
  38
  39   //! return current zoom size
  40   double zoom();
  41
  42   //! reset all of our stored data back to the empty state
  43   void clear();
  44
  45   /* Attach sequences to our browser, its best to attach them all
  46    * at once, as otherwise the Sidebar has some rendering trouble
  47    * as it draw and redraws the SequenceDescriptions in the various
  48    * positions.
  49    */
  50   void setSequences(
  51       const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  52       boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm);
  53   void setSequences(std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences);
  54   const std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences() const;
  55
  56   //! reset just the links we're displaying
  57   void clear_links();
  58   //! set per species links
  59   void link(const std::vector<int> &path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  60   // return set of pathids defined by order of link calls
  61   const std::set<int> selectedPaths() const;
  62   void centerOnPath(const std::vector<int>& paths);
  63
  64 public slots:
  65   //! copy selected sequence
  66   void copySelectedSequenceAsFasta();
  67
  68   //! set the zoom level of our browser
  69   void setZoom(double);
  70   //! zoom to fit the whole scene on the screen
  71   double zoomOut();
  72   //! zoom to sequence
  73   double zoomToSequence();
  74
  75   void updatePosition();
  76   //! ask the user where to save an image of the current browser view
  77   void promptSaveBrowserPixmap();
  78
  79   void update();
  80
  81 signals:
  82   //! emit when someone copies basepairs
  83   void basepairsCopied(size_t);
  84
  85 private:
  86   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
  87   ScrollableSequenceBrowser *scrollable_browser;
  88   SequenceBrowserSidebar *left_sidebar;
  89   SequenceBrowserSidebar *right_sidebar;
  90   QHBoxLayout *layout;
  91   QWidget *layout_container;
  92
  93   //! sequences created by a setSequences(vector<Sequences>) call
  94   /*! I need to save them so i can free them to avoid a memory leak
  95    */
  96   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > converted_sequences;
  97 };
  98 #endif