qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef _PATH_WIDGET_H_
   2 #define _PATH_WIDGET_H_
   3 #include <vector>
   4
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QDir>
   8 #include <QScrollArea>
   9 #include <QSize>
  10 #include <QWidget>
  11
  12 #include "alg/sequence.hpp"
  13 #include "alg/glsequence.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  15 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserSidebar.hpp"
  16
  17 //! the master widget that makes a useful Sequence Browser
  18 class SequenceBrowserWidget : public QScrollArea
  19 {
  20   Q_OBJECT
  21
  22 public:
  23   SequenceBrowserWidget(boost::shared_ptr<QDir>, QWidget *parent=0);
  24
  25   //! return our wrapped browser, so we can test it.
  26   SequenceBrowser& browser() { return scrollable_browser->browser(); }
  27
  28   //! return the popup menu for the glcanvas (reference stored internally)
  29   QMenu *getPopupMenu();
  30   //! return our fasta copy action (reference stored internally)
  31   QAction *getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  32   //! return our string copy action (reference stored internally)
  33   QAction *getCopySelectedSequenceAsStringAction();
  34   //! return sequence properties edit action
  35   QAction *getEditSequencePropertiesAction();
  36
  37   QSize sizeHint() const;
  38
  39   //! copy selected track regions into a list of SequenceLocations
  40   void copySelectedTracksAsSeqLocation(std::list<SequenceLocation>& );
  41
  42   //! return current zoom size
  43   double zoom();
  44
  45   //! reset all of our stored data back to the empty state
  46   void clear();
  47
  48   /* Attach sequences to our browser, its best to attach them all
  49    * at once, as otherwise the Sidebar has some rendering trouble
  50    * as it draw and redraws the SequenceDescriptions in the various
  51    * positions.
  52    */
  53   void setSequences(
  54       const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  55       boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm);
  56   void setSequences(std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences);
  57   const std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences() const;
  58
  59   //! reset just the links we're displaying
  60   void clear_links();
  61   //! set per species links
  62   void link(const std::vector<int> &path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  63   // return set of pathids defined by order of link calls
  64   const std::set<int> selectedPaths() const;
  65   void centerOnPath(const std::vector<int>& paths);
  66
  67 public slots:
  68   //! copy selected sequence
  69   void copySelectedSequenceAsFasta();
  70
  71   //! set the zoom level of our browser
  72   void setZoom(double);
  73   //! zoom to fit the whole scene on the screen
  74   double zoomOut();
  75   //! zoom to sequence
  76   double zoomToSequence();
  77
  78   void updatePosition();
  79   //! ask the user where to save an image of the current browser view
  80   void promptSaveBrowserPixmap();
  81
  82   void update();
  83
  84 signals:
  85   //! emit when someone copies basepairs
  86   void basepairsCopied(size_t);
  87   //! emit when sequence browser alerts this widget of mouse wheel zoom event
  88   void mouseWheelZoom(double);
  89
  90 private:
  91   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
  92   ScrollableSequenceBrowser *scrollable_browser;
  93   SequenceBrowserSidebar *left_sidebar;
  94   SequenceBrowserSidebar *right_sidebar;
  95   QHBoxLayout *layout;
  96   QWidget *layout_container;
  97
  98   //! sequences created by a setSequences(vector<Sequences>) call
  99   /*! I need to save them so i can free them to avoid a memory leak
 100    */
 101   std::vector<GlSequenceRef > converted_sequences;
 102 };
 103 #endif