seqcomp.cc

   1 #include "flp.hh"
   2 #include <time.h>
   3 #include <iomanip>
   4
   5 int main(int argc, char **argv)
   6 {
   7   Sequence seqA, seqB;
   8   FLPs analysis;
   9   string seqA_file, seqB_file, output_file;
  10   string ana_type;
  11   int window, threshold;
  12   int seqA_len, seqB_len;
  13
  14   time_t t1, t2, begin, end;
  15   double setuptime, comp1time, comp2time, sorttime, savetime, totaltime;
  16
  17   begin = time(NULL);
  18
  19   cout << "fee fie foe fum" << endl;
  20
  21   ana_type = * ++argv;
  22   seqA_file = * ++argv;
  23   seqB_file = * ++argv;
  24   window = atoi(* ++argv);
  25   threshold = atoi(* ++argv);
  26   output_file = * ++argv;
  27
  28   t1 = time(NULL);
  29
  30   seqA.load_fasta(seqA_file, 1, 0, 0);
  31   seqA_len = seqA.len();
  32   //cout << setw(60) << seqA.hdr() << "\n";
  33
  34   seqB.load_fasta(seqB_file, 1, 0, 0);
  35   seqB_len = seqB.len();
  36   //cout << seqB.hdr() << "\n";
  37
  38
  39   cout << "Length: Seq A = " << seqA_len;
  40   cout << "; Seq B = " << seqB_len << "\n";
  41
  42   analysis.setup(ana_type, window, threshold, seqA_len, seqB_len);
  43
  44   t2 = time(NULL);
  45   setuptime = difftime(t2, t1);
  46
  47   t1 = time(NULL);
  48   analysis.seqcomp(seqA.seq(), seqB.seq(), false);
  49   t2 = time(NULL);
  50   comp1time = difftime(t2, t1);
  51
  52   t1 = time(NULL);
  53   analysis.seqcomp(seqA.seq(), seqB.rev_comp(), true);
  54   t2 = time(NULL);
  55   comp2time = difftime(t2, t1);
  56   /*
  57   t1 = time(NULL);
  58   analysis.sort();
  59   t2 = time(NULL);
  60   sorttime = difftime(t2, t1);
  61   */
  62   t1 = time(NULL);
  63   analysis.file_save(output_file);
  64   t2 = time(NULL);
  65   savetime = difftime(t2, t1);
  66
  67   end = time(NULL);
  68   totaltime = difftime(end, begin);
  69
  70   cout << "setup\tcomp\trc_comp\tsave\ttotal\n";
  71   cout << setuptime << "\t";
  72   cout << comp1time << "\t";
  73   cout << comp2time << "\t";
  74   //cout << sorttime << "\t";
  75   cout << savetime << "\t";
  76   cout << totaltime << "\n";
  77 }
  78
  79 /*
  80       cout << "fee\n";
  81       cout << "fie\n";
  82       cout << "foe  ";
  83       cout << "fum\n";
  84 */