sequence.hh

   1 #ifndef _MUSSA_SEQUENCE_H_
   2 #define _MUSSA_SEQUENCE_H_
   3 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   4 //  http://mussa.caltech.edu/
   5 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   6
   7 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   8 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   9 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
  10 // file for more information, or contact Tristan directly.
  11
  12
  13 //                        ----------------------------------------
  14 //                           ---------- sequence.hh -----------
  15 //                        ----------------------------------------
  16
  17
  18 #include <fstream>
  19 #include <list>
  20 #include <string>
  21 #include <vector>
  22
  23 // Sequence data class
  24
  25 using namespace std;
  26
  27 struct annot
  28 {
  29   int start, end;
  30   std::string name, type;
  31 };
  32
  33 class Sequence
  34 {
  35   friend class ConnView;
  36   friend class SeqView;
  37   private:
  38     std::string sequence;
  39     std::string header;
  40     std::string species;
  41     int species_num;
  42
  43     std::list<annot> annots;
  44
  45     void motif_scan(std::string a_motif, std::vector<int> * motif_match_starts);
  46     std::string rc_motif(std::string a_motif);
  47     std::string motif_validate(std::string a_motif);
  48
  49   public:
  50     Sequence();
  51     std::string load_fasta(std::string file_path, int seq_num,
  52                     int start_index, int end_index);
  53     std::string load_annot(std::string file_path, int start_index, int end_index);
  54     std::string seq();
  55     std::string subseq(int start, int end);
  56     const char * c_seq();
  57     std::string rev_comp();
  58     int len();
  59     std::string hdr();
  60     void set_seq(std::string a_seq);
  61     std::vector<int> find_motif(std::string a_motif);
  62     std::string sp_name();
  63     void clear();
  64     void save(std::fstream &save_file);
  65     void load_museq(std::string load_file_path, int seq_num);
  66 };
  67 #endif