sequence.hh

   1 //                        ----------------------------------------
   2 //                           ---------- sequence.hh -----------
   3 //                        ----------------------------------------
   4
   5
   6 #include <iostream>
   7 #include <list>
   8 #include <vector>
   9 #include <string>
  10 #include <fstream.h>
  11 #include <stdlib.h>
  12 #include <algorithm>
  13
  14 // Sequence data class
  15
  16 class Sequence
  17 {
  18   friend class ConnView;
  19   friend class SeqView;
  20   private:
  21     string sequence;
  22     int length;
  23     string header;
  24     string species;
  25     int species_num;
  26
  27     struct annot
  28     {
  29       int start, end;
  30       string name, type;
  31     };
  32
  33     list<annot> annots;
  34
  35
  36
  37
  38   public:
  39     Sequence();
  40     void load_fasta(string file_path, int seq_num);
  41     void load_annot(string file_path);
  42     string seq();
  43     const char * c_seq();
  44     string rev_comp();
  45     int len();
  46     string hdr();
  47     void set_seq(string a_seq);
  48   //  string species();
  49     void clear();
  50 };