sequence.hh

   1 //                        ----------------------------------------
   2 //                           ---------- sequence.hh -----------
   3 //                        ----------------------------------------
   4
   5
   6 #include <iostream>
   7 #include <iomanip>
   8 #include <list>
   9 #include <vector>
  10 #include <string>
  11 #include <fstream>
  12 #include <stdlib.h>
  13 #include <algorithm>
  14
  15 // Sequence data class
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 struct annot
  20 {
  21   int start, end;
  22   string name, type;
  23 };
  24
  25 class Sequence
  26 {
  27   friend class ConnView;
  28   friend class SeqView;
  29   private:
  30     string sequence;
  31     int length;
  32     string header;
  33     string species;
  34     int species_num;
  35
  36
  37     list<annot> annots;
  38
  39     void motif_scan(string a_motif, vector<int> * motif_match_starts);
  40     string rc_motif(string a_motif);
  41     string motif_validate(string a_motif);
  42
  43   public:
  44     Sequence();
  45     string load_fasta(string file_path, int seq_num,
  46                     int start_index, int end_index);
  47     string load_annot(string file_path, int start_index, int end_index);
  48     string seq();
  49     string subseq(int start, int end);
  50     const char * c_seq();
  51     string rev_comp();
  52     int len();
  53     string hdr();
  54     void set_seq(string a_seq);
  55     vector<int> find_motif(string a_motif);
  56     string sp_name();
  57     void clear();
  58     void save(fstream &save_file);
  59     void load_museq(string load_file_path, int seq_num);
  60 };