move strand into seqspan

[mussa.git] / alg / test / test_alphabet.cpp

diff --git a/alg/test/test_alphabet.cpp b/alg/test/test_alphabet.cpp
index 5f7d9f3ae03f8bab8b6a82e235b515881f92001a..854c1b3b24c01f189a5ea0326bec63b12c6f9728 100644 (file)
--- a/alg/test/test_alphabet.cpp
+++ b/alg/test/test_alphabet.cpp
@@ -26,4 +26,150 @@ BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_equality)
 {
   Alphabet a(Alphabet::reduced_dna_alphabet());
   BOOST_CHECK_EQUAL( a, Alphabet::reduced_dna_alphabet() );
+}
+
+/*
+BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_invalid )
+{
+  Alphabet a1 = Alphabet::get_alphabet(empty_alphabet);
+  BOOST_CHECK_THROW(a1.get_complement_map(), mussa_error);
+
+  Alphabet a2 = Alphabet::get_alphabet(protein_alphabet);
+  BOOST_CHECK_THROW(a2.create_complement_map(), mussa_error);
+}
+*/
+
+BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_reduced_dna)
+{
+  Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_dna_alphabet);
+  
+  std::string rc_map = a.get_complement_map();
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'T');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 't');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], 'A');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], 'a');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
+}
+
+BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_reduced_rna)
+{
+  Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_rna_alphabet);
+  
+  std::string rc_map = a.get_complement_map();
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'U');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 'u');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], 'A');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], 'a');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
+}
+
+BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_dna)
+{
+  Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(dna_alphabet);
+  
+  std::string rc_map = a.get_complement_map();
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'T');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 't');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], 'A');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], 'a');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['R'], 'Y');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['r'], 'y');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Y'], 'R');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['y'], 'r');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['S'], 'S');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['s'], 's');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['W'], 'W');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['w'], 'w');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['K'], 'M');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['k'], 'm');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['M'], 'K');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['m'], 'k');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['B'], 'V');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['b'], 'v');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['V'], 'B');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['v'], 'b');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['D'], 'H');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['d'], 'h');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['H'], 'D');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['h'], 'd');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['N'], 'N');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['n'], 'n');
+
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
+}
+
+BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_rna)
+{
+  Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(rna_alphabet);
+  
+  std::string rc_map = a.get_complement_map();
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'U');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 'u');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], 'A');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], 'a');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['R'], 'Y');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['r'], 'y');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Y'], 'R');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['y'], 'r');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['S'], 'S');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['s'], 's');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['W'], 'W');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['w'], 'w');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['K'], 'M');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['k'], 'm');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['M'], 'K');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['m'], 'k');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['B'], 'V');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['b'], 'v');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['V'], 'B');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['v'], 'b');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['D'], 'H');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['d'], 'h');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['H'], 'D');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['h'], 'd');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['N'], 'N');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['n'], 'n');
+
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
+  BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
+}
+
+
+//enum AlphabetRef { reduced_nucleic_alphabet,   nucleic_alphabet, };
+BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_reverse_complement )
+{
+  Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_dna_alphabet);
+  std::string seq("AAAAGCT");
+  std::string known_rc_seq("AGCTTTT");
+  boost::shared_ptr<std::string> new_seq(a.reverse_complement(seq));
+  
+  BOOST_CHECK_EQUAL(*new_seq, known_rc_seq);
+  
 }
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