tests/Makefile

   1 all: ex1.pileup.gz ex1.bam.bai \
   2         ex2.sam.gz ex2.sam ex1.sam \
   3         ex2.bam \
   4         ex3.bam ex3.bam.bai \
   5         ex4.bam ex4.bam.bai \
   6         ex5.bam ex5.bam.bai \
   7         ex6.bam \
   8         ex8.bam ex8.bam.bai \
   9         ex9_nofail.bam.bai \
  10         ex9_fail.bam.bai \
  11         ex10.bam ex10.bam.bai
  12
  13 ex2.sam.gz: ex1.bam ex1.bam.bai
  14                 samtools view -h ex1.bam | gzip > ex2.sam.gz
  15
  16 %.bam: %.sam ex1.fa.fai
  17         samtools import ex1.fa.fai $< $@
  18
  19 %.sam: %.sam.gz
  20         gunzip < $< > $@
  21
  22 ex1.fa.fai:ex1.fa
  23                 samtools faidx ex1.fa
  24 ex1.bam:ex1.sam.gz ex1.fa.fai
  25                 samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
  26 %.bam.bai:%.bam
  27                 samtools index $<
  28 ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
  29                 samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
  30
  31 clean:
  32         rm -fr *.bam *.bai *.fai *.pileup* \
  33                 *~ calDepth *.dSYM pysam_*.sam \
  34         ex2.sam ex2.sam.gz ex1.sam