tests/Makefile

   1 all: ex1.glf ex1.pileup.gz ex1.bam.bai ex1.glfview.gz \
   2         ex2.sam.gz ex2.sam ex1.sam \
   3         ex2.bam \
   4         ex3.bam ex3.bam.bai \
   5         ex4.bam ex4.bam.bai \
   6         ex5.bam ex5.bam.bai \
   7         ex6.bam
   8
   9 ex2.sam.gz: ex1.bam ex1.bam.bai
  10                 samtools view -h ex1.bam | gzip > ex2.sam.gz
  11
  12 %.bam: %.sam ex1.fa.fai
  13         samtools import ex1.fa.fai $< $@
  14
  15 %.sam: %.sam.gz
  16         gunzip < $< > $@
  17
  18 ex1.fa.fai:ex1.fa
  19                 samtools faidx ex1.fa
  20 ex1.bam:ex1.sam.gz ex1.fa.fai
  21                 samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
  22 %.bam.bai:%.bam
  23                 samtools index $<
  24 ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
  25                 samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
  26 ex1.glf:ex1.bam ex1.fa
  27                 samtools pileup -gf ex1.fa ex1.bam > ex1.glf
  28 ex1.glfview.gz:ex1.glf
  29                 samtools glfview ex1.glf | gzip > ex1.glfview.gz
  30
  31 clean:
  32                 rm -fr *.bam *.bai *.glf* *.fai *.pileup* *~ calDepth *.dSYM pysam_*.sam ex2.sam ex2.sam.gz ex1.sam