Imported Upstream version 0.5

[pysam.git] / pysam.egg-info / SOURCES.txt

diff --git a/pysam.egg-info/SOURCES.txt b/pysam.egg-info/SOURCES.txt
index 45bcda92e7a5771b41a9988695e116d1aa7ea0ba..6f8ca43c3ff766feb62846754803ec4f991333db 100644 (file)
--- a/pysam.egg-info/SOURCES.txt
+++ b/pysam.egg-info/SOURCES.txt
@@ -10,6 +10,7 @@ pysam/Pileup.py
 pysam/TabProxies.c
 pysam/TabProxies.pxd
 pysam/TabProxies.pyx
+pysam/VCF.py
 pysam/__init__.py
 pysam/csamtools.c
 pysam/csamtools.pxd
@@ -44,11 +45,12 @@ samtools/bam_endian.h
 samtools/bam_import.c.pysam.c
 samtools/bam_index.c.pysam.c
 samtools/bam_lpileup.c.pysam.c
+samtools/bam_maqcns.c.pysam.c
+samtools/bam_maqcns.h
 samtools/bam_mate.c.pysam.c
 samtools/bam_md.c.pysam.c
 samtools/bam_pileup.c.pysam.c
 samtools/bam_plcmd.c.pysam.c
-samtools/bam_reheader.c.pysam.c
 samtools/bam_rmdup.c.pysam.c
 samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c
 samtools/bam_sort.c.pysam.c
@@ -62,6 +64,8 @@ samtools/errmod.c.pysam.c
 samtools/errmod.h
 samtools/faidx.c.pysam.c
 samtools/faidx.h
+samtools/glf.c.pysam.c
+samtools/glf.h
 samtools/kaln.c.pysam.c
 samtools/kaln.h
 samtools/khash.h
@@ -74,6 +78,7 @@ samtools/kseq.h
 samtools/ksort.h
 samtools/kstring.c.pysam.c
 samtools/kstring.h
+samtools/msvc_compat.h
 samtools/phase.c.pysam.c
 samtools/pysam.h
 samtools/razf.c.pysam.c
@@ -96,13 +101,11 @@ samtools/bcftools/index.c.pysam.c
 samtools/bcftools/kfunc.c.pysam.c
 samtools/bcftools/kmin.c.pysam.c
 samtools/bcftools/kmin.h
-samtools/bcftools/mut.c.pysam.c
 samtools/bcftools/prob1.c.pysam.c
 samtools/bcftools/prob1.h
 samtools/bcftools/vcf.c.pysam.c
 samtools/misc/md5.c.pysam.c
 samtools/misc/md5.h
-samtools/misc/seqtk.c.pysam.c
 samtools/win32/xcurses.h
 samtools/win32/zconf.h
 samtools/win32/zlib.h
@@ -119,6 +122,7 @@ tabix/kseq.h
 tabix/ksort.h
 tabix/kstring.c.pysam.c
 tabix/kstring.h
+tabix/msvc_compat.h
 tabix/pysam.h
 tabix/tabix.h
 tests/00README.txt