debian/patches/build-so

   1 Index: samtools.debian/Makefile
   2 ===================================================================
   3 --- samtools.debian.orig/Makefile       2012-12-19 14:23:16.799622129 -0800
   4 +++ samtools.debian/Makefile    2012-12-19 14:23:21.839621951 -0800
   5 @@ -1,5 +1,5 @@
   6  CC=                    gcc
   7 -CFLAGS=                -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
   8 +CFLAGS=                -g -Wall -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc
   9  DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
  10  KNETFILE_O=    knetfile.o
  11  LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam_view.o sam.o bam_index.o \
  12 @@ -36,13 +36,13 @@
  13  .PHONY:all lib clean cleanlocal
  14  .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
  15
  16 -lib:libbam.a
  17 +lib:libbam.so.1
  18
  19  libbam.a:$(LOBJS)
  20                 $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
  21
  22  samtools:lib-recur $(AOBJS)
  23 -               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
  24 +               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) -L. -lbam -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
  25
  26  razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
  27                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
  28 @@ -76,8 +76,9 @@
  29  libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
  30                 libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
  31
  32 -libbam.so.1-local:$(LOBJS)
  33 +libbam.so.1:$(LOBJS)
  34                 $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
  35 +               ln -s $@ libbam.so
  36
  37  dylib:
  38                 @$(MAKE) cleanlocal; \