knetfile.c
[samtools.git] / knetfile.c
1 /* The MIT License
2
3    Copyright (c) 2008 by Genome Research Ltd (GRL).
4                  2010 by Attractive Chaos <attractor@live.co.uk>
5
6    Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
7    a copy of this software and associated documentation files (the
8    "Software"), to deal in the Software without restriction, including
9    without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
10    distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
11    permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
12    the following conditions:
13
14    The above copyright notice and this permission notice shall be
15    included in all copies or substantial portions of the Software.
16
17    THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
18    EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
19    MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
20    NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
21    BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
22    ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
23    CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
24    SOFTWARE.
25 */
26
27 /* Probably I will not do socket programming in the next few years and
28    therefore I decide to heavily annotate this file, for Linux and
29    Windows as well.  -ac */
30
31 #include <time.h>
32 #include <stdio.h>
33 #include <ctype.h>
34 #include <stdlib.h>
35 #include <string.h>
36 #include <errno.h>
37 #include <unistd.h>
38 #include <sys/types.h>
39
40 #ifndef _WIN32
41 #include <netdb.h>
42 #include <arpa/inet.h>
43 #include <sys/socket.h>
44 #endif
45
46 #include "knetfile.h"
47
48 /* In winsock.h, the type of a socket is SOCKET, which is: "typedef
49  * u_int SOCKET". An invalid SOCKET is: "(SOCKET)(~0)", or signed
50  * integer -1. In knetfile.c, I use "int" for socket type
51  * throughout. This should be improved to avoid confusion.
52  *
53  * In Linux/Mac, recv() and read() do almost the same thing. You can see
54  * in the header file that netread() is simply an alias of read(). In
55  * Windows, however, they are different and using recv() is mandatory.
56  */
57
58 /* This function tests if the file handler is ready for reading (or
59  * writing if is_read==0). */
60 static int socket_wait(int fd, int is_read)
61 {
62         fd_set fds, *fdr = 0, *fdw = 0;
63         struct timeval tv;
64         int ret;
65         tv.tv_sec = 5; tv.tv_usec = 0; // 5 seconds time out
66         FD_ZERO(&fds);
67         FD_SET(fd, &fds);
68         if (is_read) fdr = &fds;
69         else fdw = &fds;
70         ret = select(fd+1, fdr, fdw, 0, &tv);
71 #ifndef _WIN32
72         if (ret == -1) perror("select");
73 #else
74         if (ret == 0)
75                 fprintf(stderr, "select time-out\n");
76         else if (ret == SOCKET_ERROR)
77                 fprintf(stderr, "select: %d\n", WSAGetLastError());
78 #endif
79         return ret;
80 }
81
82 #ifndef _WIN32
83 /* This function does not work with Windows due to the lack of
84  * getaddrinfo() in winsock. It is addapted from an example in "Beej's
85  * Guide to Network Programming" (http://beej.us/guide/bgnet/). */
86 static int socket_connect(const char *host, const char *port)
87 {
88 #define __err_connect(func) do { perror(func); freeaddrinfo(res); return -1; } while (0)
89
90         int on = 1, fd;
91         struct linger lng = { 0, 0 };
92         struct addrinfo hints, *res = 0;
93         memset(&hints, 0, sizeof(struct addrinfo));
94         hints.ai_family = AF_UNSPEC;
95         hints.ai_socktype = SOCK_STREAM;
96         /* In Unix/Mac, getaddrinfo() is the most convenient way to get
97          * server information. */
98         if (getaddrinfo(host, port, &hints, &res) != 0) __err_connect("getaddrinfo");
99         if ((fd = socket(res->ai_family, res->ai_socktype, res->ai_protocol)) == -1) __err_connect("socket");
100         /* The following two setsockopt() are used by ftplib
101          * (http://nbpfaus.net/~pfau/ftplib/). I am not sure if they
102          * necessary. */
103         if (setsockopt(fd, SOL_SOCKET, SO_REUSEADDR, &on, sizeof(on)) == -1) __err_connect("setsockopt");
104         if (setsockopt(fd, SOL_SOCKET, SO_LINGER, &lng, sizeof(lng)) == -1) __err_connect("setsockopt");
105         if (connect(fd, res->ai_addr, res->ai_addrlen) != 0) __err_connect("connect");
106         freeaddrinfo(res);
107         return fd;
108 }
109 #else
110 /* MinGW's printf has problem with "%lld" */
111 char *int64tostr(char *buf, int64_t x)
112 {
113         int cnt;
114         int i = 0;
115         do {
116                 buf[i++] = '0' + x % 10;
117                 x /= 10;
118         } while (x);
119         buf[i] = 0;
120         for (cnt = i, i = 0; i < cnt/2; ++i) {
121                 int c = buf[i]; buf[i] = buf[cnt-i-1]; buf[cnt-i-1] = c;
122         }
123         return buf;
124 }
125
126 int64_t strtoint64(const char *buf)
127 {
128         int64_t x;
129         for (x = 0; *buf != '\0'; ++buf)
130                 x = x * 10 + ((int64_t) *buf - 48);
131         return x;
132 }
133 /* In windows, the first thing is to establish the TCP connection. */
134 int knet_win32_init()
135 {
136         WSADATA wsaData;
137         return WSAStartup(MAKEWORD(2, 2), &wsaData);
138 }
139 void knet_win32_destroy()
140 {
141         WSACleanup();
142 }
143 /* A slightly modfied version of the following function also works on
144  * Mac (and presummably Linux). However, this function is not stable on
145  * my Mac. It sometimes works fine but sometimes does not. Therefore for
146  * non-Windows OS, I do not use this one. */
147 static SOCKET socket_connect(const char *host, const char *port)
148 {
149 #define __err_connect(func)                                                                             \
150         do {                                                                                                            \
151                 fprintf(stderr, "%s: %d\n", func, WSAGetLastError());   \
152                 return -1;                                                                                              \
153         } while (0)
154
155         int on = 1;
156         SOCKET fd;
157         struct linger lng = { 0, 0 };
158         struct sockaddr_in server;
159         struct hostent *hp = 0;
160         // open socket
161         if ((fd = socket(AF_INET, SOCK_STREAM, IPPROTO_TCP)) == INVALID_SOCKET) __err_connect("socket");
162         if (setsockopt(fd, SOL_SOCKET, SO_REUSEADDR, (char*)&on, sizeof(on)) == -1) __err_connect("setsockopt");
163         if (setsockopt(fd, SOL_SOCKET, SO_LINGER, (char*)&lng, sizeof(lng)) == -1) __err_connect("setsockopt");
164         // get host info
165         if (isalpha(host[0])) hp = gethostbyname(host);
166         else {
167                 struct in_addr addr;
168                 addr.s_addr = inet_addr(host);
169                 hp = gethostbyaddr((char*)&addr, 4, AF_INET);
170         }
171         if (hp == 0) __err_connect("gethost");
172         // connect
173         server.sin_addr.s_addr = *((unsigned long*)hp->h_addr);
174         server.sin_family= AF_INET;
175         server.sin_port = htons(atoi(port));
176         if (connect(fd, (struct sockaddr*)&server, sizeof(server)) != 0) __err_connect("connect");
177         // freehostent(hp); // strangely in MSDN, hp is NOT freed (memory leak?!)
178         return fd;
179 }
180 #endif
181
182 static off_t my_netread(int fd, void *buf, off_t len)
183 {
184         off_t rest = len, curr, l = 0;
185         /* recv() and read() may not read the required length of data with
186          * one call. They have to be called repeatedly. */
187         while (rest) {
188                 if (socket_wait(fd, 1) <= 0) break; // socket is not ready for reading
189                 curr = netread(fd, buf + l, rest);
190                 /* According to the glibc manual, section 13.2, a zero returned
191                  * value indicates end-of-file (EOF), which should mean that
192                  * read() will not return zero if EOF has not been met but data
193                  * are not immediately available. */
194                 if (curr == 0) break;
195                 l += curr; rest -= curr;
196         }
197         return l;
198 }
199
200 /*************************
201  * FTP specific routines *
202  *************************/
203
204 static int kftp_get_response(knetFile *ftp)
205 {
206 #ifndef _WIN32
207         unsigned char c;
208 #else
209         char c;
210 #endif
211         int n = 0;
212         char *p;
213         if (socket_wait(ftp->ctrl_fd, 1) <= 0) return 0;
214         while (netread(ftp->ctrl_fd, &c, 1)) { // FIXME: this is *VERY BAD* for unbuffered I/O
215                 //fputc(c, stderr);
216                 if (n >= ftp->max_response) {
217                         ftp->max_response = ftp->max_response? ftp->max_response<<1 : 256;
218                         ftp->response = realloc(ftp->response, ftp->max_response);
219                 }
220                 ftp->response[n++] = c;
221                 if (c == '\n') {
222                         if (n >= 4 && isdigit(ftp->response[0]) && isdigit(ftp->response[1]) && isdigit(ftp->response[2])
223                                 && ftp->response[3] != '-') break;
224                         n = 0;
225                         continue;
226                 }
227         }
228         if (n < 2) return -1;
229         ftp->response[n-2] = 0;
230         return strtol(ftp->response, &p, 0);
231 }
232
233 static int kftp_send_cmd(knetFile *ftp, const char *cmd, int is_get)
234 {
235         if (socket_wait(ftp->ctrl_fd, 0) <= 0) return -1; // socket is not ready for writing
236         if (netwrite(ftp->ctrl_fd, cmd, strlen(cmd)) < 0) {
237                 fprintf(stderr, "[%s] error sending command to socket.\n", __func__);
238                 return -1;
239         }
240         return is_get? kftp_get_response(ftp) : 0;
241 }
242
243 static int kftp_pasv_prep(knetFile *ftp)
244 {
245         char *p;
246         int v[6];
247         kftp_send_cmd(ftp, "PASV\r\n", 1);
248         for (p = ftp->response; *p && *p != '('; ++p);
249         if (*p != '(') return -1;
250         ++p;
251         sscanf(p, "%d,%d,%d,%d,%d,%d", &v[0], &v[1], &v[2], &v[3], &v[4], &v[5]);
252         memcpy(ftp->pasv_ip, v, 4 * sizeof(int));
253         ftp->pasv_port = (v[4]<<8&0xff00) + v[5];
254         return 0;
255 }
256
257
258 static int kftp_pasv_connect(knetFile *ftp)
259 {
260         char host[80], port[10];
261         if (ftp->pasv_port == 0) {
262                 fprintf(stderr, "[kftp_pasv_connect] kftp_pasv_prep() is not called before hand.\n");
263                 return -1;
264         }
265         sprintf(host, "%d.%d.%d.%d", ftp->pasv_ip[0], ftp->pasv_ip[1], ftp->pasv_ip[2], ftp->pasv_ip[3]);
266         sprintf(port, "%d", ftp->pasv_port);
267         ftp->fd = socket_connect(host, port);
268         if (ftp->fd == -1) return -1;
269         return 0;
270 }
271
272 int kftp_connect(knetFile *ftp)
273 {
274         ftp->ctrl_fd = socket_connect(ftp->host, ftp->port);
275         if (ftp->ctrl_fd == -1) return -1;
276         kftp_get_response(ftp);
277         kftp_send_cmd(ftp, "USER anonymous\r\n", 1);
278         kftp_send_cmd(ftp, "PASS kftp@\r\n", 1);
279         kftp_send_cmd(ftp, "TYPE I\r\n", 1);
280         return 0;
281 }
282
283 int kftp_reconnect(knetFile *ftp)
284 {
285         if (ftp->ctrl_fd != -1) {
286                 netclose(ftp->ctrl_fd);
287                 ftp->ctrl_fd = -1;
288         }
289         netclose(ftp->fd);
290         ftp->fd = -1;
291         return kftp_connect(ftp);
292 }
293
294 // initialize ->type, ->host, ->retr and ->size
295 knetFile *kftp_parse_url(const char *fn, const char *mode)
296 {
297         knetFile *fp;
298         char *p;
299         int l;
300         if (strstr(fn, "ftp://") != fn) return 0;
301         for (p = (char*)fn + 6; *p && *p != '/'; ++p);
302         if (*p != '/') return 0;
303         l = p - fn - 6;
304         fp = calloc(1, sizeof(knetFile));
305         fp->type = KNF_TYPE_FTP;
306         fp->fd = -1;
307         /* the Linux/Mac version of socket_connect() also recognizes a port
308          * like "ftp", but the Windows version does not. */
309         fp->port = strdup("21");
310         fp->host = calloc(l + 1, 1);
311         if (strchr(mode, 'c')) fp->no_reconnect = 1;
312         strncpy(fp->host, fn + 6, l);
313         fp->retr = calloc(strlen(p) + 8, 1);
314         sprintf(fp->retr, "RETR %s\r\n", p);
315     fp->size_cmd = calloc(strlen(p) + 8, 1);
316     sprintf(fp->size_cmd, "SIZE %s\r\n", p);
317         fp->seek_offset = 0;
318         return fp;
319 }
320 // place ->fd at offset off
321 int kftp_connect_file(knetFile *fp)
322 {
323         int ret;
324         long long file_size;
325         if (fp->fd != -1) {
326                 netclose(fp->fd);
327                 if (fp->no_reconnect) kftp_get_response(fp);
328         }
329         kftp_pasv_prep(fp);
330     kftp_send_cmd(fp, fp->size_cmd, 1);
331 #ifndef _WIN32
332     if ( sscanf(fp->response,"%*d %lld", &file_size) != 1 )
333     {
334         fprintf(stderr,"[kftp_connect_file] %s\n", fp->response);
335         return -1;
336     }
337 #else
338         const char *p = fp->response;
339         while (*p != ' ') ++p;
340         while (*p < '0' || *p > '9') ++p;
341         file_size = strtoint64(p);
342 #endif
343         fp->file_size = file_size;
344         if (fp->offset>=0) {
345                 char tmp[32];
346 #ifndef _WIN32
347                 sprintf(tmp, "REST %lld\r\n", (long long)fp->offset);
348 #else
349                 strcpy(tmp, "REST ");
350                 int64tostr(tmp + 5, fp->offset);
351                 strcat(tmp, "\r\n");
352 #endif
353                 kftp_send_cmd(fp, tmp, 1);
354         }
355         kftp_send_cmd(fp, fp->retr, 0);
356         kftp_pasv_connect(fp);
357         ret = kftp_get_response(fp);
358         if (ret != 150) {
359                 fprintf(stderr, "[kftp_connect_file] %s\n", fp->response);
360                 netclose(fp->fd);
361                 fp->fd = -1;
362                 return -1;
363         }
364         fp->is_ready = 1;
365         return 0;
366 }
367
368
369 /**************************
370  * HTTP specific routines *
371  **************************/
372
373 knetFile *khttp_parse_url(const char *fn, const char *mode)
374 {
375         knetFile *fp;
376         char *p, *proxy, *q;
377         int l;
378         if (strstr(fn, "http://") != fn) return 0;
379         // set ->http_host
380         for (p = (char*)fn + 7; *p && *p != '/'; ++p);
381         l = p - fn - 7;
382         fp = calloc(1, sizeof(knetFile));
383         fp->http_host = calloc(l + 1, 1);
384         strncpy(fp->http_host, fn + 7, l);
385         fp->http_host[l] = 0;
386         for (q = fp->http_host; *q && *q != ':'; ++q);
387         if (*q == ':') *q++ = 0;
388         // get http_proxy
389         proxy = getenv("http_proxy");
390         // set ->host, ->port and ->path
391         if (proxy == 0) {
392                 fp->host = strdup(fp->http_host); // when there is no proxy, server name is identical to http_host name.
393                 fp->port = strdup(*q? q : "80");
394                 fp->path = strdup(*p? p : "/");
395         } else {
396                 fp->host = (strstr(proxy, "http://") == proxy)? strdup(proxy + 7) : strdup(proxy);
397                 for (q = fp->host; *q && *q != ':'; ++q);
398                 if (*q == ':') *q++ = 0; 
399                 fp->port = strdup(*q? q : "80");
400                 fp->path = strdup(fn);
401         }
402         fp->type = KNF_TYPE_HTTP;
403         fp->ctrl_fd = fp->fd = -1;
404         fp->seek_offset = 0;
405         return fp;
406 }
407
408 int khttp_connect_file(knetFile *fp)
409 {
410         int ret, l = 0;
411         char *buf, *p;
412         if (fp->fd != -1) netclose(fp->fd);
413         fp->fd = socket_connect(fp->host, fp->port);
414         buf = calloc(0x10000, 1); // FIXME: I am lazy... But in principle, 64KB should be large enough.
415         l += sprintf(buf + l, "GET %s HTTP/1.0\r\nHost: %s\r\n", fp->path, fp->http_host);
416     l += sprintf(buf + l, "Range: bytes=%lld-\r\n", (long long)fp->offset);
417         l += sprintf(buf + l, "\r\n");
418         if (netwrite(fp->fd, buf, l) < 0) {
419                 fprintf(stderr, "[%s] fail write GET line.\n", __func__);
420                 return -1;
421         }
422         l = 0;
423         while (netread(fp->fd, buf + l, 1)) { // read HTTP header; FIXME: bad efficiency
424                 if (buf[l] == '\n' && l >= 3)
425                         if (strncmp(buf + l - 3, "\r\n\r\n", 4) == 0) break;
426                 ++l;
427         }
428         buf[l] = 0;
429         if (l < 14) { // prematured header
430                 netclose(fp->fd);
431                 fp->fd = -1;
432                 return -1;
433         }
434         ret = strtol(buf + 8, &p, 0); // HTTP return code
435         if (ret == 200 && fp->offset>0) { // 200 (complete result); then skip beginning of the file
436                 off_t rest = fp->offset;
437                 while (rest) {
438                         off_t l = rest < 0x10000? rest : 0x10000;
439                         rest -= my_netread(fp->fd, buf, l);
440                 }
441         } else if (ret != 206 && ret != 200) {
442                 free(buf);
443                 fprintf(stderr, "[khttp_connect_file] fail to open file (HTTP code: %d).\n", ret);
444                 netclose(fp->fd);
445                 fp->fd = -1;
446                 return -1;
447         }
448         free(buf);
449         fp->is_ready = 1;
450         return 0;
451 }
452
453 /********************
454  * Generic routines *
455  ********************/
456
457 knetFile *knet_open(const char *fn, const char *mode)
458 {
459         knetFile *fp = 0;
460         if (mode[0] != 'r') {
461                 fprintf(stderr, "[kftp_open] only mode \"r\" is supported.\n");
462                 return 0;
463         }
464         if (strstr(fn, "ftp://") == fn) {
465                 fp = kftp_parse_url(fn, mode);
466                 if (fp == 0) return 0;
467                 if (kftp_connect(fp) == -1) {
468                         knet_close(fp);
469                         return 0;
470                 }
471                 kftp_connect_file(fp);
472         } else if (strstr(fn, "http://") == fn) {
473                 fp = khttp_parse_url(fn, mode);
474                 if (fp == 0) return 0;
475                 khttp_connect_file(fp);
476         } else { // local file
477 #ifdef _WIN32
478                 /* In windows, O_BINARY is necessary. In Linux/Mac, O_BINARY may
479                  * be undefined on some systems, although it is defined on my
480                  * Mac and the Linux I have tested on. */
481                 int fd = open(fn, O_RDONLY | O_BINARY);
482 #else           
483                 int fd = open(fn, O_RDONLY);
484 #endif
485                 if (fd == -1) {
486                         perror("open");
487                         return 0;
488                 }
489                 fp = (knetFile*)calloc(1, sizeof(knetFile));
490                 fp->type = KNF_TYPE_LOCAL;
491                 fp->fd = fd;
492                 fp->ctrl_fd = -1;
493         }
494         if (fp && fp->fd == -1) {
495                 knet_close(fp);
496                 return 0;
497         }
498         return fp;
499 }
500
501 knetFile *knet_dopen(int fd, const char *mode)
502 {
503         knetFile *fp = (knetFile*)calloc(1, sizeof(knetFile));
504         fp->type = KNF_TYPE_LOCAL;
505         fp->fd = fd;
506         return fp;
507 }
508
509 off_t knet_read(knetFile *fp, void *buf, off_t len)
510 {
511         off_t l = 0;
512         if (fp->fd == -1) return 0;
513         if (fp->type == KNF_TYPE_FTP) {
514                 if (fp->is_ready == 0) {
515                         if (!fp->no_reconnect) kftp_reconnect(fp);
516                         kftp_connect_file(fp);
517                 }
518         } else if (fp->type == KNF_TYPE_HTTP) {
519                 if (fp->is_ready == 0)
520                         khttp_connect_file(fp);
521         }
522         if (fp->type == KNF_TYPE_LOCAL) { // on Windows, the following block is necessary; not on UNIX
523                 off_t rest = len, curr;
524                 while (rest) {
525                         do {
526                                 curr = read(fp->fd, buf + l, rest);
527                         } while (curr < 0 && EINTR == errno);
528                         if (curr < 0) return -1;
529                         if (curr == 0) break;
530                         l += curr; rest -= curr;
531                 }
532         } else l = my_netread(fp->fd, buf, len);
533         fp->offset += l;
534         return l;
535 }
536
537 off_t knet_seek(knetFile *fp, int64_t off, int whence)
538 {
539         if (whence == SEEK_SET && off == fp->offset) return 0;
540         if (fp->type == KNF_TYPE_LOCAL) {
541                 /* Be aware that lseek() returns the offset after seeking,
542                  * while fseek() returns zero on success. */
543                 off_t offset = lseek(fp->fd, off, whence);
544                 if (offset == -1) {
545             // Be silent, it is OK for knet_seek to fail when the file is streamed
546             // fprintf(stderr,"[knet_seek] %s\n", strerror(errno));
547                         return -1;
548                 }
549                 fp->offset = offset;
550                 return 0;
551         }
552     else if (fp->type == KNF_TYPE_FTP) 
553     {
554         if (whence==SEEK_CUR)
555             fp->offset += off;
556         else if (whence==SEEK_SET)
557             fp->offset = off;
558         else if ( whence==SEEK_END)
559             fp->offset = fp->file_size+off;
560                 fp->is_ready = 0;
561                 return 0;
562         } 
563     else if (fp->type == KNF_TYPE_HTTP) 
564     {
565                 if (whence == SEEK_END) { // FIXME: can we allow SEEK_END in future?
566                         fprintf(stderr, "[knet_seek] SEEK_END is not supported for HTTP. Offset is unchanged.\n");
567                         errno = ESPIPE;
568                         return -1;
569                 }
570         if (whence==SEEK_CUR)
571             fp->offset += off;
572         else if (whence==SEEK_SET)
573             fp->offset = off;
574                 fp->is_ready = 0;
575                 return 0;
576         }
577         errno = EINVAL;
578     fprintf(stderr,"[knet_seek] %s\n", strerror(errno));
579         return -1;
580 }
581
582 int knet_close(knetFile *fp)
583 {
584         if (fp == 0) return 0;
585         if (fp->ctrl_fd != -1) netclose(fp->ctrl_fd); // FTP specific
586         if (fp->fd != -1) {
587                 /* On Linux/Mac, netclose() is an alias of close(), but on
588                  * Windows, it is an alias of closesocket(). */
589                 if (fp->type == KNF_TYPE_LOCAL) close(fp->fd);
590                 else netclose(fp->fd);
591         }
592         free(fp->host); free(fp->port);
593         free(fp->response); free(fp->retr); // FTP specific
594         free(fp->path); free(fp->http_host); // HTTP specific
595         free(fp);
596         return 0;
597 }
598
599 #ifdef KNETFILE_MAIN
600 int main(void)
601 {
602         char *buf;
603         knetFile *fp;
604         int type = 4, l;
605 #ifdef _WIN32
606         knet_win32_init();
607 #endif
608         buf = calloc(0x100000, 1);
609         if (type == 0) {
610                 fp = knet_open("knetfile.c", "r");
611                 knet_seek(fp, 1000, SEEK_SET);
612         } else if (type == 1) { // NCBI FTP, large file
613                 fp = knet_open("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/NA12878/alignment/NA12878.chrom6.SLX.SRP000032.2009_06.bam", "r");
614                 knet_seek(fp, 2500000000ll, SEEK_SET);
615                 l = knet_read(fp, buf, 255);
616         } else if (type == 2) {
617                 fp = knet_open("ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/treefam/tmp/index.shtml", "r");
618                 knet_seek(fp, 1000, SEEK_SET);
619         } else if (type == 3) {
620                 fp = knet_open("http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/index.shtml", "r");
621                 knet_seek(fp, 1000, SEEK_SET);
622         } else if (type == 4) {
623                 fp = knet_open("http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/ex1.bam", "r");
624                 knet_read(fp, buf, 10000);
625                 knet_seek(fp, 20000, SEEK_SET);
626                 knet_seek(fp, 10000, SEEK_SET);
627                 l = knet_read(fp, buf+10000, 10000000) + 10000;
628         }
629         if (type != 4 && type != 1) {
630                 knet_read(fp, buf, 255);
631                 buf[255] = 0;
632                 printf("%s\n", buf);
633         } else write(fileno(stdout), buf, l);
634         knet_close(fp);
635         free(buf);
636         return 0;
637 }
638 #endif