AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
- cut_target.o phase.o bam2depth.o
+ cut_target.o phase.o bam2depth.o bam_calnh.o
PROG= samtools
INCLUDES= -I.
SUBDIRS= . bcftools misc
bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
+bam_calnh:lib-recur $(AOBJS)
+ rm -fr bam_calnh.o; \
+ $(CC) $(CFLAGS) -D_STANDALONE -o $@ bam_calnh.c -lbam -lm
+
razip.o:razf.h
bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
sam.o:sam.h bam.h