+++ /dev/null
-Index: samtools-0.1.17/Makefile
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---- samtools-0.1.17.orig/Makefile 2011-07-25 21:00:44.145494440 -0700
-+++ samtools-0.1.17/Makefile 2011-07-25 21:09:46.265494761 -0700
-@@ -1,5 +1,5 @@
- CC= gcc
--CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
-+CFLAGS= -g -Wall -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc
- DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
- KNETFILE_O= knetfile.o
- LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
-@@ -35,13 +35,13 @@
- .PHONY:all lib clean cleanlocal
- .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
-
--lib:libbam.a
-+lib:libbam.so.1
-
- libbam.a:$(LOBJS)
- $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
-
- samtools:lib-recur $(AOBJS)
-- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
-+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) -L. -lbam -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
-
- razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
-@@ -75,8 +75,9 @@
- libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
- libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
-
--libbam.so.1-local:$(LOBJS)
-+libbam.so.1:$(LOBJS)
- $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
-+ ln -s $@ libbam.so
-
- dylib:
- @$(MAKE) cleanlocal; \