debian/patches/use-dpkg-buildflags.patch

   1 Author: Simon Ruderich <simon@ruderich.org>
   2 Date: Sat, 28 Apr 2012 19:09:02 UTC
   3 Description: Fix build system to enable hardening flags
   4
   5 --- tabix.orig/Makefile
   6 +++ tabix/Makefile
   7 @@ -1,5 +1,8 @@
   8  CC=                    gcc
   9 -CFLAGS=                -g -Wall -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc
  10 +# Use flags when CFLAGS is not already defined in the environment.
  11 +CFLAGS?=               -g -Wall -O2
  12 +# But always append special flags we need.
  13 +CFLAGS+= -fPIC #-m64 #-arch ppc
  14  DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE
  15  LOBJS=         bgzf.o kstring.o knetfile.o index.o bedidx.o
  16  AOBJS=         main.o
  17 @@ -12,7 +15,7 @@
  18  .SUFFIXES:.c .o
  19
  20  .c.o:
  21 -               $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  22 +               $(CC) -c $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  23
  24  all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  25                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  26 @@ -29,19 +32,19 @@
  27  lib:libtabix.a
  28
  29  libtabix.so.1:$(LOBJS)
  30 -               $(CC) -shared -Wl,-soname,libtabix.so -o $@ $(LOBJS) -lc -lz
  31 +               $(CC) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -shared -Wl,-soname,libtabix.so -o $@ $(LOBJS) -lc -lz
  32
  33  libtabix.1.dylib:$(LOBJS)
  34 -               libtool -dynamic $(LOBJS) -o $@ -lc -lz
  35 +               libtool $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -dynamic $(LOBJS) -o $@ -lc -lz
  36
  37  libtabix.a:$(LOBJS)
  38                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  39
  40  tabix:lib $(AOBJS)
  41 -               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) -lz -L. -ltabix
  42 +               $(CC) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) -lz -L. -ltabix
  43
  44  bgzip:bgzip.o bgzf.o knetfile.o
  45 -               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzip.o bgzf.o knetfile.o -lz
  46 +               $(CC) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@ bgzip.o bgzf.o knetfile.o -lz
  47
  48  TabixReader.class:TabixReader.java
  49                 javac -cp .:sam.jar TabixReader.java