projects / tabix.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Imported Upstream version 0.1.6
[tabix.git] / ChangeLog
diff --git a/ChangeLog b/ChangeLog
new file mode 100644 (file)
index 0000000..19d4f3e
--- /dev/null
+++ b/ChangeLog
@@ -0,0 +1,253 @@
+------------------------------------------------------------------------
+r562 | lh3lh3 | 2010-05-09 19:43:56 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/index.c
+
+Fixed a bug
+
+------------------------------------------------------------------------
+r560 | lh3lh3 | 2010-05-05 10:59:09 -0400 (Wed, 05 May 2010) | 3 lines
+Changed paths:
+   A /trunk/tabix/NEWS
+   M /trunk/tabix/TabixReader.java
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+   M /trunk/tabix/tabix.1
+   M /trunk/tabix/tabix.h
+
+ * Release tabix-0.1.5 (r560)
+ * Improve seeking efficiency. Index file needs to be rebuilt.
+
+------------------------------------------------------------------------
+r559 | lh3lh3 | 2010-05-04 23:11:42 -0400 (Tue, 04 May 2010) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/main.c
+
+Release tabix-0.1.4 (r559)
+
+------------------------------------------------------------------------
+r558 | lh3lh3 | 2010-05-01 12:48:01 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/TabixReader.java
+
+implement SAM/VCF support; NOT tested yet
+
+------------------------------------------------------------------------
+r557 | lh3lh3 | 2010-05-01 00:42:34 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
+Changed paths:
+   A /trunk/tabix/TabixReader.java
+
+The Java implementation of tabix.
+
+------------------------------------------------------------------------
+r556 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:34:07 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/knetfile.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+
+ * tabix-0.1.3-3 (r556)
+ * fixed a small memory leak in knetfile
+ * fixed a minor bug for remote downloading
+
+------------------------------------------------------------------------
+r555 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:15:12 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/Makefile
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+
+ * tabix-0.1.3-2 (r555)
+ * do not overwrite index file by default
+ * a little code cleanup
+
+------------------------------------------------------------------------
+r554 | lh3lh3 | 2010-04-30 21:44:31 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/index.c
+
+fixed a potential bug for UCSC-like coordinate
+
+------------------------------------------------------------------------
+r553 | lh3lh3 | 2010-04-28 17:43:41 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/tabix.tex
+
+minor clarification to the format spec
+
+------------------------------------------------------------------------
+r552 | lh3lh3 | 2010-04-28 16:33:07 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 3 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/Makefile
+   M /trunk/tabix/bgzip.c
+   A /trunk/tabix/tabix.tex
+
+ * added the format specification
+ * fixed a typo in bgzip
+
+------------------------------------------------------------------------
+r550 | petulda | 2010-04-22 11:03:24 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/bgzip.c
+
+The behaviour changed slightly to mimic gzip. Detect if std descriptors are connected to the terminal.
+------------------------------------------------------------------------
+r549 | petulda | 2010-04-22 09:46:10 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/bgzip.c
+
+Fix in src/dst file detection and slight change of behaviour
+------------------------------------------------------------------------
+r548 | petulda | 2010-04-19 04:39:46 -0400 (Mon, 19 Apr 2010) | 1 line
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/index.c
+
+Close file descriptor in ti_list_chromosomes
+------------------------------------------------------------------------
+r547 | petulda | 2010-04-16 09:27:11 -0400 (Fri, 16 Apr 2010) | 1 line
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+   M /trunk/tabix/tabix.h
+
+Added the -l option for listing chromosomes
+------------------------------------------------------------------------
+r544 | lh3lh3 | 2010-03-29 10:58:48 -0400 (Mon, 29 Mar 2010) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/main.c
+
+removed a line of debugging code
+
+------------------------------------------------------------------------
+r543 | lh3lh3 | 2010-03-19 12:29:16 -0400 (Fri, 19 Mar 2010) | 3 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+   M /trunk/tabix/tabix.1
+
+ * tabix-0.1.3 (r543)
+ * fixed another off-by-one bug
+
+------------------------------------------------------------------------
+r542 | lh3lh3 | 2010-03-16 22:35:52 -0400 (Tue, 16 Mar 2010) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+   M /trunk/tabix/tabix.1
+
+Release tabix-0.1.1
+
+------------------------------------------------------------------------
+r506 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:20:12 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/main.c
+
+Release tabix-0.1.0
+
+------------------------------------------------------------------------
+r505 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:15:49 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
+Changed paths:
+   A /trunk/tabix/tabix.1
+
+documentation
+
+------------------------------------------------------------------------
+r504 | lh3lh3 | 2009-11-02 11:08:18 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 5 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/Makefile
+   M /trunk/tabix/bgzip.c
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+   M /trunk/tabix/tabix.h
+
+ * tabix-0.0.0-5 (r504)
+ * fixed a critical bug in fetching data (a typo in fact)
+ * support SAM (tested on ex1.sam) and VCF (not tested)
+ * improve the command-line interface
+
+------------------------------------------------------------------------
+r503 | lh3lh3 | 2009-11-02 10:04:43 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 3 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/Makefile
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+
+ * tabix-0.0.0-4 (r503)
+ * index files are bgzf compressed
+
+------------------------------------------------------------------------
+r502 | lh3lh3 | 2009-11-02 09:47:25 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 4 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+   M /trunk/tabix/tabix.h
+
+ * tabix-0.0.0-3 (r502)
+ * support meta lines (not tested)
+ * I am going to make the index file in the BGZF format
+
+------------------------------------------------------------------------
+r501 | lh3lh3 | 2009-11-01 22:03:07 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/Makefile
+   M /trunk/tabix/bgzf.h
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+
+ * tabix-0.0.0-2 (r501)
+ * accelerate ti_readline()
+
+------------------------------------------------------------------------
+r500 | lh3lh3 | 2009-11-01 20:49:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/Makefile
+   M /trunk/tabix/bgzip.c
+   M /trunk/tabix/index.c
+   M /trunk/tabix/main.c
+
+ * tabix-0.0.0-1 (r500)
+ * apparently working
+
+------------------------------------------------------------------------
+r499 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
+Changed paths:
+   D /trunk/tabix/parser.c
+
+obsolete file
+
+------------------------------------------------------------------------
+r498 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:08 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
+Changed paths:
+   M /trunk/tabix/bgzip.c
+
+bgzip is more like gzip in its command-line interface
+
+------------------------------------------------------------------------
+r497 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:43:35 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
+Changed paths:
+   A /trunk/tabix/Makefile
+   A /trunk/tabix/bam_endian.h
+   A /trunk/tabix/bgzf.c
+   A /trunk/tabix/bgzf.h
+   A /trunk/tabix/bgzip.c
+   A /trunk/tabix/index.c
+   A /trunk/tabix/khash.h
+   A /trunk/tabix/knetfile.c
+   A /trunk/tabix/knetfile.h
+   A /trunk/tabix/ksort.h
+   A /trunk/tabix/kstring.c
+   A /trunk/tabix/kstring.h
+   A /trunk/tabix/main.c
+   A /trunk/tabix/parser.c
+   A /trunk/tabix/tabix.h
+
+initial source code. It is BUGGY!
+
+------------------------------------------------------------------------
+r496 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:42:39 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
+Changed paths:
+   A /trunk/tabix
+
+A generic indexer for TAB-delimited genome position files
+
+------------------------------------------------------------------------
woldlab customizations of tabix