docs/regionCounts.sh

   1 #!/bin/bash
   2 echo 'regionCounts.sh: version 1.0'
   3
   4 cachepages=""
   5 if [ $# -eq 3 ]; then
   6     cachepages="--cache "$3
   7 fi
   8
   9 if [ $# -lt 2 ]; then
  10         echo 'usage: regionCounts.sh partitionfile datalist.file [cachevalue]'
  11         echo
  12         echo 'where the datalist file is a comma-delimited list of prefix and rds-files'
  13         echo
  14 else
  15         arguments=$1' '$2' '$cachepages
  16         python $ERANGEPATH/recordLog.py regionCounts.log regionCounts.sh "with parameters: $arguments"
  17         while read line
  18         do
  19                 prefix=`echo $line | cut -f 1 -d ','`
  20                 rds=`echo $line | cut -f 2 -d ','`
  21                 if [ -e $rds ]; then
  22                         python $ERANGEPATH/regionCounts.py $1 $rds $prefix.partcount --force --nomerge --rpkm $cachepages
  23                 else
  24                         echo "could not find $rds - skipping"
  25                         python $ERANGEPATH/recordLog.py regionCounts.log regionCounts.sh "could not find $rds - skipping"
  26                 fi
  27         done < $2
  28 fi