docs/runSNPAnalysis.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # runSNPAnalysis.sh
   4 #
   5 # Usages: $ERANGEPATH/runSNPAnalysis.sh mouse rdsfile label rmaskdbfile dbsnpfile uniqStartMin totalRatio rpkmfile cachepages
   6 # Example: /getSNPs.sh mouse /woldlab/trog/sdc/alim/24T4spike_10212/24T4spike.rds 24Tspike /woldlab/trog/data1/wlee/db/rmask.db /woldlab/trog/data1/wlee/db/dbSNP128.db 5 0.75 ~/proj/c2c12rna24R/c2c12rna.24R.final.rpkm 5000000
   7
   8 # set ERANGEPATH to the absolute or relative path to ERANGE, if it's not in the environment
   9
  10 if [ -z "$ERANGEPATH" ]
  11 then
  12     ERANGEPATH='../erange'
  13 fi
  14
  15 echo 'runSNPAnalysis.sh: version 3.2'
  16
  17 cachepages=""
  18 if [ $# -eq 9 ]; then
  19     cachepages="--cache "$9
  20 fi
  21
  22 nosplices=""
  23 if [ $# -eq 10 ]; then
  24     nosplices=" --nosplices "
  25 fi
  26
  27 if [ $# -lt 8 ]; then
  28     echo 'runSNPAnalysis.sh genome rdsfile label rmaskdbfile dbsnpfile uniqStartMin totalRatio rpkmfile [cachepages]'
  29     echo 'where for each position S:'
  30     echo '     uniqStartMin = # independent reads supporting base change at S'
  31     echo '     totalRatio = total # reads supporting base change at S / total # reads that pass through S'
  32 else
  33 # log the parameters
  34 arguments=$1' '$2' '$3' '$4' '$5' '$6' '$7' '$8' '$cachepages$nosplices
  35 echo 'running with settings: ' $arguments
  36 python $ERANGEPATH/recordLog.py snp.log runSNPAnalysis.sh "with parameters: $arguments"
  37
  38 # get all SNPs by extracting it from the RDS
  39 python $ERANGEPATH/getSNPs.py $2 $6 $7 $3.snps.txt --enforceChr $cachepages $nosplices
  40
  41 # get SNPs in non-repeat regions only
  42 python $ERANGEPATH/chkSNPrmask.py $4 $3.snps.txt $3.nr_snps.txt $cachepages
  43
  44 # Check to see if SNPs are found in dbSNP
  45 # if dbSNP128.db is not built yet, build it by running buildsnpdb.py - build snp database using the dbSNP database file downloaded from UCSC
  46 # usage: python2.5 buildsnpdb.py snpdbdir snpdbname
  47 # the database flat file must be in the snpdbdir directory
  48 # To build dbSNP database file, run the following command
  49 # python2.5 buildsnpdb.py snp128.txt dbSNP128
  50
  51 # get dbSNP info for SNPs that are found in the dbSNP database
  52 python $ERANGEPATH/chksnp.py $5 $3.nr_snps.txt $3.nr_dbsnp.txt $cachepages
  53
  54 # get gene info for the snps found in dbSNP
  55 python $ERANGEPATH/getSNPGeneInfo.py $1 $3.nr_dbsnp.txt $8 $3.nr_dbsnp_geneinfo.txt $cachepages
  56
  57 # get gene info for snps that are not found in dbSNP
  58 python $ERANGEPATH/getNovelSNPs.py $1 $3.nr_dbsnp_geneinfo.txt $3.nr.final.txt
  59
  60 # make bed file for displaying the snps on UCSC genome browser
  61 python $ERANGEPATH/makeSNPtrack.py $3.nr_snps.txt $3 $3.nr_snps.bed
  62 fi