docs/runSNPAnalysis.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # This is no longer supported.  It is recommended that the pythin script of the same name be used instead.
   4 #
   5 # runSNPAnalysis.sh
   6 #
   7 # Usages: $ERANGEPATH/runSNPAnalysis.sh mouse rdsfile label rmaskdbfile dbsnpfile uniqStartMin totalRatio rpkmfile cachepages
   8 # Example: /getSNPs.sh mouse /woldlab/trog/sdc/alim/24T4spike_10212/24T4spike.rds 24Tspike /woldlab/trog/data1/wlee/db/rmask.db /woldlab/trog/data1/wlee/db/dbSNP128.db 5 0.75 ~/proj/c2c12rna24R/c2c12rna.24R.final.rpkm 5000000
   9
  10 # set ERANGEPATH to the absolute or relative path to ERANGE, if it's not in the environment
  11
  12 if [ -z "$ERANGEPATH" ]
  13 then
  14     ERANGEPATH='../erange'
  15 fi
  16
  17 echo 'runSNPAnalysis.sh: version 3.2'
  18
  19 cachepages=""
  20 if [ $# -eq 9 ]; then
  21     cachepages="--cache "$9
  22 fi
  23
  24 nosplices=""
  25 if [ $# -eq 10 ]; then
  26     nosplices=" --nosplices "
  27 fi
  28
  29 if [ $# -lt 8 ]; then
  30     echo 'runSNPAnalysis.sh genome rdsfile label rmaskdbfile dbsnpfile uniqStartMin totalRatio rpkmfile [cachepages]'
  31     echo 'where for each position S:'
  32     echo '     uniqStartMin = # independent reads supporting base change at S'
  33     echo '     totalRatio = total # reads supporting base change at S / total # reads that pass through S'
  34 else
  35 # log the parameters
  36 arguments=$1' '$2' '$3' '$4' '$5' '$6' '$7' '$8' '$cachepages$nosplices
  37 echo 'running with settings: ' $arguments
  38 python $ERANGEPATH/recordLog.py snp.log runSNPAnalysis.sh "with parameters: $arguments"
  39
  40 # get all SNPs by extracting it from the RDS
  41 python $ERANGEPATH/getSNPs.py $2 $6 $7 $3.snps.txt --enforceChr $cachepages $nosplices
  42
  43 # get SNPs in non-repeat regions only
  44 python $ERANGEPATH/chkSNPrmask.py $4 $3.snps.txt $3.nr_snps.txt $cachepages
  45
  46 # Check to see if SNPs are found in dbSNP
  47 # if dbSNP128.db is not built yet, build it by running buildsnpdb.py - build snp database using the dbSNP database file downloaded from UCSC
  48 # usage: python2.5 buildsnpdb.py snpdbdir snpdbname
  49 # the database flat file must be in the snpdbdir directory
  50 # To build dbSNP database file, run the following command
  51 # python2.5 buildsnpdb.py snp128.txt dbSNP128
  52
  53 # get dbSNP info for SNPs that are found in the dbSNP database
  54 python $ERANGEPATH/chksnp.py $5 $3.nr_snps.txt $3.nr_dbsnp.txt $cachepages
  55
  56 # get gene info for the snps found in dbSNP
  57 python $ERANGEPATH/getSNPGeneInfo.py $1 $3.nr_dbsnp.txt $8 $3.nr_dbsnp_geneinfo.txt $cachepages
  58
  59 # get gene info for snps that are not found in dbSNP
  60 python $ERANGEPATH/getNovelSNPs.py $1 $3.nr_dbsnp_geneinfo.txt $3.nr.final.txt
  61
  62 # make bed file for displaying the snps on UCSC genome browser
  63 python $ERANGEPATH/makeSNPtrack.py $3.nr_snps.txt $3 $3.nr_snps.bed
  64 fi