featureIntersects.py

   1 #
   2 #  featureIntersects.py
   3 #  ENRAGE
   4 #
   5
   6 try:
   7     import psyco
   8     psyco.full()
   9 except:
  10     pass
  11
  12 import sys, optparse
  13 from cistematic.core import featuresIntersecting
  14
  15 print "%prog: version 1.0"
  16
  17
  18 def main(argv=None):
  19     if not argv:
  20         argv = sys.argv
  21
  22     usage = "usage: python %s tabfile [--cistype type] [--radius radius]"
  23
  24     parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
  25     parser.add_option("--cistype", action="store_false", dest="cistype")
  26     parser.add_option("--radius", type="int", dest="radius")
  27     parser.set_defaults(cistype="TFBSCONSSITES", radius=100)
  28     (options, args) = parser.parse_args(argv[1:])
  29
  30     if len(args) < 1:
  31         print usage
  32         sys.exit(1)
  33
  34     tabfile = args[0]
  35
  36     featureIntersects(tabfile, options.cistype, options.radius)
  37
  38
  39 def featureIntersects(tabFileName, cistype="TFBSCONSSITES", radius=100):
  40     tabfile = open(tabFileName)
  41     previous = ""
  42
  43     posList = []
  44     for line in tabfile:
  45         fields = line.split("\t")
  46         current = fields[0]
  47         if previous == current:
  48             continue
  49
  50         previous = current
  51         chrom = fields[1][3:]
  52         posList.append((chrom, (int(fields[2]) + int(fields[3]))/2))
  53
  54     feats = featuresIntersecting("human", posList, radius, cistype)
  55     featkeys = feats.keys()
  56     featkeys.sort()
  57     for (chrom, pos) in featkeys:
  58         print "chr%s:%d-%d\t%s" % (chrom, pos, pos + 20, str(feats[(chrom, pos)]))
  59
  60
  61 if __name__ == "__main__":
  62     main(sys.argv)