findMotifs.py

   1 #
   2 #  findMotifs.py
   3 #  ENRAGE
   4 #
   5 try:
   6     import psyco
   7     psyco.full()
   8 except:
   9     pass
  10
  11 import sys, os, optparse
  12 from cistematic.experiments.fasta import Fasta
  13 from cistematic.programs.meme import Meme
  14 from cistematic.programs.cisGreedy import CisGreedy
  15 #TODO: cisSampler is not supported yet!
  16 #from cistematic.programs.cisSampler import CisSampler
  17
  18 print "%prog: version 3.4"
  19
  20 def main(argv=None):
  21     if not argv:
  22         argv = sys.argv
  23
  24     usage = "usage: python %prog explabel regions.fsa [options]"
  25
  26     parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
  27     parser.add_option("--meme", action="store_true", dest="doMeme")
  28     parser.add_option("--cisGreedy", action="store_true", dest="doCisGreedy")
  29     parser.add_option("--logo", action="store_true", dest="saveLogo")
  30     parser.add_option("--threshold", type="float", dest="threshold")
  31     parser.add_option("--prefix", dest="motifPrefix")
  32     parser.add_option("--numMotifs", dest="numMotifs")
  33     parser.add_option("--maxWidth", type="int", dest="maxWidth")
  34     parser.add_option("--maskLower", action="store_true", dest="maskLower")
  35     parser.set_defaults(doMeme=False, doCisGreedy=False, saveLogo=False,
  36                         threshold=75., numMotifs="10", maxWidth=28, maskLower=False)
  37
  38     (options, args) = parser.parse_args(argv[1:])
  39
  40     if len(args) < 2:
  41         print usage
  42         print "\n\twhere at least one of the motif finders (meme or cisGreedy) must be specified\n"
  43         sys.exit(1)
  44
  45     expbase = args[0]
  46     fsafile = args[1]
  47
  48     doCisSampler = False
  49     if "--cisSampler" in sys.argv:
  50         print "cisSampler is not supported yet! avoid using it for now"
  51         doCisSampler = True
  52
  53     findMotifs(expbase, fsafile, options.doMeme, options.doCisGreedy, options.saveLogo,
  54                options.threshold, options.numMotifs, options.maxWidth, options.maskLower,
  55                doCisSampler)
  56
  57
  58 def findMotifs(expbase, fsafile, doMeme=False, doCisGreedy=False, saveLogo=False, threshold=75.,
  59                numMotifs="10", maxWidth=28, maskLower=False, doCisSampler=False):
  60
  61     motifPrefix = expbase
  62
  63     #TODO: cisSampler is not supported yet!
  64     #if doMeme or doCisGreedy or doCisSampler:
  65     if not (doMeme or doCisGreedy):
  66         print "error: must specify at least one motif finder - exiting"
  67         sys.exit(1)
  68
  69     exp = Fasta(expbase, "%s.db" % expbase)
  70
  71     exp.initialize()
  72     if maskLower:
  73         exp.setMaskLowerCase(True)
  74
  75     if doMeme:
  76         prog4 = Meme()
  77         prog4.setMaxWidth(maxWidth)
  78         prog4.setNumMotifs(numMotifs)
  79         prog4.setModel("zoops")
  80         exp.appendProgram(prog4)
  81
  82     if doCisGreedy:
  83         prog5 = CisGreedy()
  84         prog5.setGenExpOptions([])
  85         prog5.setMaxWidth(maxWidth)
  86         prog5.setNumMotifs(numMotifs)
  87         exp.appendProgram(prog5)
  88
  89     #TODO: cisSampler is not supported yet!
  90     #if doCisSampler:
  91     #    prog6 = CisSampler()
  92     #    prog6.setGenExpOptions([])
  93     #    prog6.setMaxWidth(maxWidth)
  94     #    prog6.setNumMotifs(numMotifs)
  95     #    exp.appendProgram(prog6)
  96
  97     exp.run(fsafile)
  98     exp.createAnalysis()
  99     exp.loadAnalysis()
 100     exp.mapMotifs(threshold, verbose=False)
 101     exp.exportMotifs(prefix = motifPrefix)
 102     if saveLogo:
 103         exp.exportLogos(prefix = motifPrefix)
 104
 105     exp.draw("%s.png" % expbase, maxOccurences=4000)
 106     print "deleting database..."
 107     del exp
 108     os.remove("%s.db" % expbase)
 109
 110
 111 if __name__ == "__main__":
 112     main(sys.argv)