getmers.py

   1 #
   2 #  getmers.py
   3 #  ENRAGE
   4 #
   5
   6 import sys
   7 try:
   8     import psyco
   9     psyco.full()
  10 except:
  11     print 'psyco not running'
  12
  13 from cistematic.genomes import Genome
  14
  15 def main(argv=None):
  16     if not argv:
  17         argv = sys.argv
  18
  19     print "getmers: version 1.2"
  20
  21     if len(sys.argv) < 5:
  22         print 'usage: python %s genome merlen chrAny:start-stop outfile' % argv[0]
  23         exit(1)
  24
  25     genome = argv[1]
  26     merlen = int(argv[2])
  27     location = argv[3]
  28     outfilename = argv[4]
  29
  30     getmers(genome, merlen, location, outfilename)
  31
  32
  33 def getmers(genome, merlen, location, outfilename):
  34     (chrom, pos) = location.split(':')
  35     chrom = chrom[3:]
  36     (start, stop) = pos.split('-')
  37     start = int(start)
  38     regionlength = int(stop) - start + 1
  39
  40     hg = Genome(genome)
  41
  42     seq = hg.sequence(chrom, start, regionlength)
  43
  44     outfile = open(outfilename,'w')
  45     print 'writing %d %d-mers' % (regionlength - merlen, merlen)
  46     for index in range(regionlength - merlen):
  47         outfile.write(seq[index:index + merlen].upper() + '\n')
  48
  49     outfile.close()
  50
  51 if __name__ == "__main__":
  52     main(sys.argv)