plotbardist.py

   1 #
   2 #  plotbardist.py
   3 #  ENRAGE
   4 #
   5 #  Created by Ali Mortazavi on 12/13/07.
   6
   7 try:
   8     import psyco
   9     psyco.full()
  10 except:
  11     pass
  12
  13 import sys
  14 import optparse
  15 import matplotlib
  16 from pylab import *
  17 from math import *
  18 from commoncode import getConfigParser, getConfigOption, getConfigIntOption, getConfigFloatOption
  19
  20
  21 print "plotbardist: version 3.3"
  22
  23
  24 def main(argv=None):
  25     if not argv:
  26         argv = sys.argv
  27
  28     usage = "usage: python %prog infile1 [infile2] [infile3] [options] outfile.png"
  29
  30     parser = makeParser(usage)
  31     (options, args) = parser.parse_args(argv[1:])
  32
  33
  34     if len(args) < 2 or len(args) > 4:
  35         print usage
  36         print "where labelList and legendList are comma delimited strings of the form 'labelA,labelB,...,labelN'"
  37         sys.exit(1)
  38
  39     fileList = args[:-1]
  40     pngfilename = args[-1]
  41
  42     plotbardist(fileList, pngfilename, options.bins, options.binnedField, options.binLength,
  43                 options.logBase, options.maxY, options.xLabel, options.yLabel, options.binLabels,
  44                 options.figTitle, options.barsLegend, options.pointOffset, options.figSizes)
  45
  46
  47 def makeParser(usage=""):
  48     parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
  49     parser.add_option("--bins", type="int", dest="bins")
  50     parser.add_option("--field", type="int", dest="binnedField")
  51     parser.add_option("--binSize", type="float", dest="binLength")
  52     parser.add_option("--doLog", type="int", dest="logBase")
  53     parser.add_option("--ymax", type="int", dest="maxY")
  54     parser.add_option("--xlabel", dest="xLabel")
  55     parser.add_option("--ylabel", dest="yLabel")
  56     parser.add_option("--binLabels", dest="binLabels", help="comma separated list")
  57     parser.add_option("--title", dest="figTitle")
  58     parser.add_option("--legend", dest="barsLegend", help="comma separated list")
  59     parser.add_option("--xoffset", type="float", dest="pointOffset")
  60     parser.add_option("--figsize", dest="figSizes", help="x,y pair")
  61
  62     configParser = getConfigParser()
  63     section = "plotbardist"
  64     bins = getConfigIntOption(configParser, section, "bins", 10)
  65     binnedField = getConfigIntOption(configParser, section, "binnedField", -1)
  66     binLength = getConfigIntOption(configParser, section, "binLength", -1)
  67     logBase = getConfigOption(configParser, section, "logBase", None)
  68     maxY = getConfigIntOption(configParser, section, "maxY", 0)
  69     xLabel = getConfigOption(configParser, section, "xLabel", "bins")
  70     yLabel = getConfigOption(configParser, section, "yLabel", "count")
  71     binLabels = getConfigOption(configParser, section, "binLabels", None)
  72     figTitle = getConfigOption(configParser, section, "figTitle", "")
  73     barsLegend = getConfigOption(configParser, section, "barsLegend", None)
  74     pointOffset = getConfigFloatOption(configParser, section, "pointOffset", 0.)
  75     figSizes = getConfigOption(configParser, section, "figSizes", None)
  76
  77     parser.set_defaults(bins=bins, binnedField=binnedField, binLength=binLength, logBase=logBase, maxY=maxY,
  78                         xLabel=xLabel, yLabel=yLabel, binLabels=binLabels, figTitle=figTitle,
  79                         barsLegend=barsLegend, pointOffset=pointOffset, figSizes=figSizes)
  80
  81     return parser
  82
  83
  84 def plotbardist(fileList, pngfilename, bins=10, binnedField=-1, binLength=-1, logBase=None,
  85                 maxY=0, xLabel="bins", yLabel="count", binLabels=None, figTitle="",
  86                 barsLegend=None, pointOffset=0., figSizes=None):
  87
  88     matplotlib.use("Agg")
  89     plotParameters = {1: {"width": 0.5,
  90                           "offset": [-0.25]},
  91                       2: {"width": 0.3,
  92                           "offset": [-0.3, 0]},
  93                       3: {"width": 0.2,
  94                           "offset": [-0.2, 0., 0.2]}
  95     }
  96
  97     colorList = ["b", "r", "c"]
  98     width = plotParameters[len(fileList)]["width"]
  99     offset = plotParameters[len(fileList)]["offset"]
 100
 101     doLog = False
 102     if logBase is not None:
 103         doLog = True
 104         print "taking log%d of x datapoints" % logBase
 105         xLabel = "log%d(%s)" % (logBase, xLabel)
 106     else:
 107         logBase = 10
 108
 109     if figSizes is not None:
 110         sizes = figSizes.strip().split(",")
 111         figure(figsize=(float(sizes[0]),float(sizes[1])))
 112
 113     doLabels = False
 114     if binLabels is not None:
 115         binLabels = binLabels.strip().split(",")
 116         doLabels = True
 117     else:
 118         binLabels = []
 119
 120     if barsLegend is not None:
 121         barsLegend = barsLegend.strip().split(",")
 122     else:
 123         barsLegend = []
 124
 125     ind2 = arange(bins)
 126
 127     bars = []
 128     barsColors = []
 129     index = 0
 130     for fileName in fileList:
 131         aFile = open(fileName)
 132         distbin = bins * [0]
 133
 134         dataList = []
 135         for line in aFile:
 136             fields = line.strip().split()
 137             try:
 138                 point = float(fields[binnedField]) + pointOffset
 139                 if doLog:
 140                     if point < 1:
 141                         point = 1
 142
 143                     point = log(point, logBase)
 144
 145                 dataList.append(point)
 146             except:
 147                 continue
 148
 149         print "%d data points" % len(dataList)
 150
 151         dataList.sort()
 152         print "low = %f high = %f" % (dataList[0], dataList[-1])
 153
 154         if binLength < 0:
 155             binLength = abs(dataList[-1] - dataList[0]) / bins
 156
 157         for point in dataList:
 158             try:
 159                 distbin[int(round(point/binLength))] += 1
 160             except:
 161                 distbin[-1] += 1
 162
 163         print binLength, int(round(point/binLength))
 164
 165         bars.append(bar(ind2 + offset[index], distbin, width, color=colorList[index]))
 166         barsColors.append(bars[-1][0])
 167
 168         print distbin
 169         halfCount = sum(distbin) / 2
 170         median = 0
 171         foundMedian = False
 172         while not foundMedian:
 173             if sum(distbin[:median]) < halfCount:
 174                 median += 1
 175             else:
 176                 foundMedian = True
 177
 178         print median
 179         index += 1
 180
 181     xlim(-1 * width - 0.2, bins + 0.2)
 182
 183     if len(barsLegend) > 0:
 184         legend(barsColors, barsLegend)
 185
 186     ylabel(yLabel)
 187     xlabel(xLabel)
 188
 189     if doLabels:
 190         setp(gca(), "xticklabels", binLabels)
 191
 192     if maxY > 0:
 193         ylim(0, maxY)
 194
 195     if len(figTitle) > 0:
 196         title(figTitle)
 197
 198     gca().get_xaxis().tick_bottom()
 199     gca().get_yaxis().tick_left()
 200
 201     savefig(pngfilename)
 202
 203
 204 if __name__ == "__main__":
 205     main(sys.argv)