rdsmetadata.py

   1 #
   2 #  rdsmetadata.py
   3 #  ENRAGE
   4 #
   5 try:
   6     import psyco
   7     psyco.full()
   8 except:
   9     pass
  10
  11 import sys
  12 import optparse
  13 from commoncode import readDataset
  14
  15 print "%prog: version 2.7"
  16
  17
  18 def main(argv=None):
  19     if not argv:
  20         argv = sys.argv
  21
  22     usage = "usage: python %prog rdsfile [propertyName1::propertyValue1] ... [propertyNameN::propertyValueN] [options]"
  23
  24     parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
  25     parser.add_option("--defaultcache", type="int", dest="cacheVal")
  26     parser.add_option("--index", action="store_true", dest="buildIndex")
  27     parser.add_option("--dropindex", action="store_true", dest="dropIndex")
  28     parser.add_option("--nocount", action="store_false", dest="doCount")
  29     parser.add_option("--complexity", action="store_true", dest="doComplexity")
  30     parser.add_option("--reset", action="store_true", dest="resetFlags")
  31     parser.add_option("--initrna", action="store_true", dest="rnaDataType")
  32     parser.add_option("--cache", type="int", dest="cachePages")
  33     parser.set_defaults(cacheVal=0, buildIndex=False, dropIndex=False, doCount=True,
  34                         doComplexity=False, resetFlags=False, rnaDataType=False,
  35                         cachePages=-1)
  36
  37     (options, args) = parser.parse_args(argv[1:])
  38
  39     if len(args) < 1:
  40         print usage
  41         print "where the optional metadata name::value pairs are added to the existing dataset"
  42         sys.exit(1)
  43
  44     datafile = args[0]
  45
  46     propertyList=[]
  47     for arg in args:
  48         if "::" in arg:
  49             (pname, pvalue) = arg.strip().split("::")
  50             print "adding %s : %s" % (pname, pvalue)
  51             propertyList.append((pname, pvalue))
  52
  53     rdsmetadata(datafile, propertyList, options.cacheVal, options.buildIndex,
  54                 options.dropIndex, options.doCount, options.doComplexity,
  55                 options.resetFlags, options.rnaDataType, options.cachePages)
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  58 def rdsmetadata(datafile, propertyList=[], cacheVal=0, buildIndex=False,
  59                 dropIndex=False, doCount=True, doComplexity=False, resetFlags=False,
  60                 rnaDataType=False, cachePages=-1):
  61
  62     doCache = False
  63     if cachePages != -1:
  64         doCache = True
  65
  66     if rnaDataType:
  67         rds = readDataset(datafile, initialize=True, datasetType="RNA", verbose=True, cache=doCache)
  68     else:
  69         rds = readDataset(datafile, verbose=True, reportCount=doCount, cache=doCache)
  70
  71     if cachePages > rds.getDefaultCacheSize():
  72         rds.setDBcache(cachePages)
  73
  74     if cacheVal > 0:
  75         rds.setDBcache(cacheVal, default=True)
  76         print "set default cache size to %d pages" % cacheVal
  77
  78     if resetFlags:
  79         print "clearing read flags"
  80         rds.resetFlags()
  81
  82     if dropIndex:
  83         try:
  84             rds.dropIndex()
  85         except:
  86             print "could not drop index"
  87
  88     if buildIndex:
  89         print "building index...."
  90         if cacheVal > 0:
  91             rds.buildIndex(cacheVal)
  92         else:
  93             rds.buildIndex()
  94
  95     if doComplexity:
  96         print "calculating uniq read complexity..."
  97         uniqs = rds.getUniqsCount(distinct=False)
  98         distincts = rds.getUniqsCount(distinct=True)
  99         print "%d distincts / %d uniqs = %.2f" % (distincts, uniqs, float(distincts) / uniqs)
 100
 101     if len(propertyList) > 0:
 102         rds.insertMetadata(propertyList)
 103
 104
 105 if __name__ == "__main__":
 106     main(sys.argv)