test/testBedToRegion.py

   1 '''
   2 Created on Dec 2, 2010
   3
   4 @author: sau
   5 '''
   6 import unittest
   7 import os
   8 from erange import bedtoregion
   9
  10
  11 class TestBedToRegion(unittest.TestCase):
  12
  13     testBedFile = "erangeTestBedFile"
  14     testRegionFile = "erangeTestRegionFile"
  15
  16
  17     def setUp(self):
  18         bedfile = open(self.testBedFile, "w")
  19         bedfile.write("tab\tdelimited\tfields\n")
  20         bedfile.write("space delimited fields\n")
  21         bedfile.write("track\n")
  22         bedfile.write("line after track will not be processed\n")
  23         bedfile.close()
  24
  25
  26     def tearDown(self):
  27         try:
  28             os.remove(self.testBedFile)
  29         except OSError:
  30             print "bed file does not exist"
  31
  32         try:
  33             os.remove(self.testRegionFile)
  34         except OSError:
  35             print "region file does not exist"
  36
  37
  38     def testBedToRegion(self):
  39         bedtoregion.bedToRegion("regionLabel", self.testBedFile, self.testRegionFile)
  40         resultFile = open(self.testRegionFile)
  41         regionList = resultFile.readlines()
  42         self.assertEquals(2, len(regionList))
  43         self.assertEquals("regionLabel1\ttab\tdelimited\tfields\n", regionList[0])
  44         self.assertEquals("regionLabel2\tspace\tdelimited\tfields\n", regionList[1])
  45
  46
  47     def testMain(self):
  48         argv = ["bedtoregion"]
  49         self.assertRaises(SystemExit, bedtoregion.main, argv)
  50         argv = ["bedtoregion", "regionLabel", self.testBedFile, self.testRegionFile]
  51         bedtoregion.main(argv)
  52         resultFile = open(self.testRegionFile)
  53         self.assertEquals(2, len(resultFile.readlines()))
  54
  55
  56 def suite():
  57     suite = unittest.TestSuite()
  58     suite.addTest(unittest.makeSuite(TestBedToRegion))
  59
  60     return suite
  61
  62
  63 if __name__ == "__main__":
  64     #import sys;sys.argv = ['', 'Test.testName']
  65     unittest.main()