test/testRnaAToIFilter.py

   1 '''
   2 Created on Aug 25, 2010
   3
   4 @author: sau
   5 '''
   6 import unittest
   7 from erange import rnaAToIFilter
   8
   9
  10 class TestRnaAToIFilter(unittest.TestCase):
  11
  12
  13     def setUp(self):
  14         pass
  15
  16
  17     def tearDown(self):
  18         pass
  19
  20
  21     def testRnaAToIFilter(self):
  22         snpPropertiesList = []
  23         self.assertEquals([], rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  24
  25         snpPropertiesList = ["0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13"]
  26         result = []
  27         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  28
  29         snpPropertiesList = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F"]
  30         result = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F"]
  31         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  32
  33         snpPropertiesList = ["0\t1\t2\t3\t4\t5\t6\tA-G\t8\t9\t10\t11\t12\tF"]
  34         result = ["0\t1\t2\t3\t4\t5\t6\tA-G\t8\t9\t10\t11\t12\tF"]
  35         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  36
  37         snpPropertiesList = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 R"]
  38         result = []
  39         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  40
  41         snpPropertiesList = ["0 1 2 3 4 5 6 T-C 8 9 10 11 12 R"]
  42         result = ["0 1 2 3 4 5 6 T-C 8 9 10 11 12 R"]
  43         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  44
  45         snpPropertiesList = ["0 1 2 3 4 5 6 T-C 8 9 10 11 12 F"]
  46         result = []
  47         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  48
  49         snpPropertiesList = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F",
  50                              "0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13"
  51         ]
  52         result = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F"]
  53         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  54
  55         snpPropertiesList = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F",
  56                              "0 1 2 3 4 5 6 T-C 8 9 10 11 12 R"
  57         ]
  58         result = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F",
  59                   "0 1 2 3 4 5 6 T-C 8 9 10 11 12 R"
  60         ]
  61         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  62
  63         snpPropertiesList = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F",
  64                              "0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F"
  65         ]
  66         result = ["0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F",
  67                   "0 1 2 3 4 5 6 A-G 8 9 10 11 12 F"
  68         ]
  69         self.assertEquals(result, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter(snpPropertiesList))
  70
  71         snpPropertiesList = ["invalid entry"]
  72         self.assertRaises(IndexError, rnaAToIFilter.rnaAToIFilter, snpPropertiesList)
  73
  74
  75 def suite():
  76     suite = unittest.TestSuite()
  77     suite.addTest(unittest.makeSuite(TestRnaAToIFilter))
  78
  79     return suite
  80
  81
  82 if __name__ == "__main__":
  83     #import sys;sys.argv = ['', 'Test.testRnaAToIFilter']
  84     unittest.main()