transcripts.py

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   2 #  transcripts.py
   3 #  ENRAGE
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   5 #  Created by Ali Mortazavi on 1/25/08.
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   7 """ usage: python %s rpkmFile outFile [--transcriptome size] [--cells count] [--efficiency fraction]
   8            where transcriptome size is in Gbp, cell count is in arbitrary units and efficiency is a fraction
   9 """
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  11 import sys, optparse
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  13 def main(argv=None):
  14     if not argv:
  15         argv = sys.argv
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  17     print "%prog: version 3.0"
  18     usage = "usage: python %prog rpkmFile outFile [options]"
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  20     parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
  21     parser.add_option("--transcriptome", type="float", dest="tSize",
  22                       help="transcriptome size in Gbp [default 200000.0]")
  23     parser.add_option("--cells", type="float", dest="cellCount",
  24                       help="arbitrary units [default 1e6]")
  25     parser.add_option("--efficiency", type="float", dest="efficiency",
  26                       help="fraction [default 0.3]")
  27     parser.set_defaults(tSize=200000.0, cellCount=1e6, efficiency=0.3)
  28     (options, args) = parser.parse_args(argv[1:])
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  30     if len(args) < 2:
  31         print usage
  32         sys.exit(1)
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  34     infile = args[0]
  35     outfile = args[1]
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  37     transcripts(infile, outfile, options.tSize, options.cellCount, options.efficiency)
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  40 def transcripts(infilename, outfilename, tSize=200000, cellCount=1e6, efficiency=0.3):
  41     infile = open(infilename)
  42     outfile = open(outfilename, "w")
  43     for line in infile:
  44         fields = line.strip().split()
  45         rpkm = float(fields[-1])
  46         transcripts = rpkm * tSize
  47         transPerCell = transcripts / cellCount / efficiency
  48         outfile.write("%s\t%.1f\t%.1f\n" % (fields[0], transcripts, transPerCell))
  49     infile.close()
  50     outfile.close()
  51
  52 if __name__ == "__main__":
  53     main(sys.argv)