htswanalysis/INSTALL_NOTES

   1 First: LibrariesMakefile
   2
   3 i) Set up sequence repository
   4 ii) Build binaries
   5 iii) Perl packages: XML::Simple, Statistics::Descriptive
   6 iv) Build reference data
   7
   8 1) Set ROOT_DIR, DATA_DIR, and HTML_DIR in LibrariesMakefile
   9
  10 Second: Projects/Tasks: ConfigureTasks.pm
  11
  12 i) Build QuEST
  13 ii) NEED (TODO): Platform Version of BioProspector/genomebg
  14 iii) MACS installation. Make sure MACS is installed in your PATH, and it should be found automatically using "which macs"
  15 iv) WingWong's Peak Caller (TODO: Need License)
  16 v) Primer3 must be installed in your PATH
  17
  18 Parameters:
  19 my $root_dir = shift; (htswanalysis)
  20 my $data_dir = shift; (data repository base)
  21 my $parm = shift; ("all")
  22
  23 Set url for getProjects in scripts/analys_track_comm.py
  24
  25 .
  26 .
  27 . (this is where the felcat server crashed and burned)