htswanalysis/scripts/Flowcell_QC_Makefile

   1 EXPTRACK_DIR=$(HTSW_ANALYSIS_ROOT)
   2 DATA_DIR=/Users/Data
   3
   4 FLOWCELL=$(shell pwd | awk -F/ '{print $$NF}')
   5 FILES=$(shell ls -1d *.align*.txt)
   6 QPCR_FILES=$(shell ls -1d *.align*.txt | sed -e s/txt/txt.qPCR/)
   7 COUNT_FILES=$(shell ls -1d *.align*.txt | sed -e s/txt/txt.count/)
   8 CMPLX_FILES=$(shell ls -1d *.align*.txt | sed -e s/txt/txt.complexity/)
   9 PROFILE_FILES=$(shell ls -1d *.align*.txt | sed -e s/txt/txt.profile/)
  10 PROFILE_IMAGES=$(shell ls -1d *.align*.txt | sed -e s/txt/txt.profile.png/)
  11 PERCENT_BASE_IMAGES=$(shell ls -1d *.pf.txt.gz | sed -e s/pf.txt.gz/percent_base.png/)
  12
  13 all: $(QPCR_FILES) $(PROFILE_FILES) $(CMPLX_FILES) $(PROFILE_IMAGES) $(PERCENT_BASE_IMAGES) $(COUNT_FILES) $(FILES) $(FLOWCELL)_qPCR_summary.txt $(FLOWCELL)_qPCR_summary.html $(FLOWCELL)_LibraryInfo.xml $(FLOWCELL)_SequencingSummary.html $(FLOWCELL)_QC_Summary.html
  14
  15 %.txt.complexity: %.txt
  16         $(EXPTRACK_DIR)/bin/complexity_count `basename $<` $< > $@
  17
  18 %.txt.count: %.txt
  19         grep -v contam $< | awk '{if(NF > 3) {print $$1} }' | wc -l > $@;
  20
  21 %.txt.qPCR: %.txt
  22         echo $(EXPTRACK_DIR)/bin/qPCR $< $(EXPTRACK_DIR)/reference_data/GenericBackground $(EXPTRACK_DIR)/reference_data/qPCR_Tests/ | sort -k 2 -g -r | awk -F\/ '{print $$NF}'
  23         $(EXPTRACK_DIR)/bin/qPCR $< $(EXPTRACK_DIR)/reference_data/GenericBackground $(EXPTRACK_DIR)/reference_data/qPCR_Tests/ | sort -k 2 -g -r | awk -F\/ '{print $$NF}' > $@
  24
  25 %.txt.profile: %.txt
  26         $(EXPTRACK_DIR)/bin/profile_reads_against_features $< $(EXPTRACK_DIR)/reference_data/`basename $< | awk -F\. '{ print $$3 }'`_tx_start_sites > $@
  27
  28 %.txt.profile.png: %.txt.profile
  29         cat $(EXPTRACK_DIR)/conf/TSSProfileFormat.gnuplot | sed -e s#FILENAME#$<#g -e s#OUTNAME#$@# | gnuplot;
  30
  31 # new software to profile base composition .
  32 %.percent_base: %.pf.txt.gz
  33         cat $< | gzip -d | $(EXPTRACK_DIR)/scripts/count_bases.pm > $@
  34
  35 %.percent_base.png: %.percent_base
  36         cat $(EXPTRACK_DIR)/conf/PercentBaseFormat.gnuplot | sed -e s#FILENAME#$<#g -e s#OUTNAME#$@# | gnuplot;
  37
  38 $(FLOWCELL)_qPCR_summary.txt: $(QPCR_FILES)
  39         rm -f $@;
  40         for f in $^; do echo `echo $$f`       `cat $$f | head -n 1` >> $@; echo `echo $$f`       `cat $$f | head -n 2 | tail -n 1` >> $@; done;
  41
  42 $(FLOWCELL)_qPCR_summary.html: $(FLOWCELL)_qPCR_summary.txt;
  43         cat $< | $(EXPTRACK_DIR)/scripts/QC_Summarize_qPCR.pm > $@
  44
  45 $(FLOWCELL)_LibraryInfo.xml: $(COUNT_FILES)
  46         $(EXPTRACK_DIR)/scripts/CollectLibraries.pm `ls *.align*.txt` > $@
  47
  48 $(FLOWCELL)_SequencingSummary.html: $(FLOWCELL)_LibraryInfo.xml
  49         $(EXPTRACK_DIR)/scripts/SummarizeLibrary.pm $< > $@
  50
  51 $(FLOWCELL)_QC_Summary.html: $(FLOWCELL)_SequencingSummary.html $(FLOWCELL)_qPCR_summary.html $(PROFILE_IMAGES) $(PERCENT_BASE_IMAGES)
  52         $(EXPTRACK_DIR)/scripts/WriteQCSummary.pm $(FLOWCELL)_LibraryInfo.xml $(FLOWCELL)_qPCR_summary.txt > $@;