htswanalysis/src/GetReadsInSnps/chrom_list.cpp

   1 #include <iostream>
   2 #include <fstream>
   3 #include <string>
   4 #include <vector>
   5
   6 #include "chrom_list.h"
   7 #include "util.h"
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 ChromList::ChromList(char* filename) {
  12   char buffer[1024]; string delim("\t");
  13   ifstream chrom_file(filename);
  14   while(chrom_file.getline(buffer, 1024)) {
  15     string temp(buffer);
  16     vector<string> words;
  17     split(temp, delim,words);
  18     if(words.size() != 2) { cerr << "Error in chrom list." << endl; exit(1); }
  19     (*this)[ words[0] ] = words[1];
  20   }
  21   chrom_file.close();
  22 }