htsworkflow/pipeline/recipe_parser.py

   1 from xml import sax
   2
   3
   4 def get_cycles(recipe_xml_filepath):
   5   """
   6   returns the number of cycles found in Recipe*.xml
   7   """
   8   handler = CycleXmlHandler()
   9   sax.parse(recipe_xml_filepath, handler)
  10   return handler.cycle_count
  11
  12
  13
  14 class CycleXmlHandler(sax.ContentHandler):
  15
  16   def __init__(self):
  17     self.cycle_count = 0
  18     self.in_protocol = False
  19     sax.ContentHandler.__init__(self)
  20
  21
  22   def startDocument(self):
  23     self.cycle_count = 0
  24     self.in_protocol = False
  25
  26
  27   def startElement(self, name, attrs):
  28
  29     #Only count Incorporations as cycles if within
  30     # the protocol section of the xml document.
  31     if name == "Incorporation" and self.in_protocol:
  32       #print 'Found a cycle!'
  33       self.cycle_count += 1
  34       return
  35
  36     elif name == 'Protocol':
  37       #print 'In protocol'
  38       self.in_protocol = True
  39       return
  40
  41     #print 'Skipping: %s' % (name)
  42
  43
  44   def endElement(self, name):
  45
  46     if name == 'Protocol':
  47       #print 'End protocol'
  48       self.in_protocol = False